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万見
- EMDB-12347: Human ATM Spiral domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12347
タイトルHuman ATM Spiral domain
マップデータHuman ATM, Spiral domain, LAFTER filtered
試料
  • 複合体: ATM dimer with bound KU-55933
    • タンパク質・ペプチド: Human ATM Spiral domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA catabolic process / establishment of RNA localization to telomere / positive regulation of telomerase catalytic core complex assembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / establishment of protein-containing complex localization to telomere / cellular response to nitrosative stress / negative regulation of telomere capping / Sensing of DNA Double Strand Breaks / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of microglial cell activation ...positive regulation of DNA catabolic process / establishment of RNA localization to telomere / positive regulation of telomerase catalytic core complex assembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / establishment of protein-containing complex localization to telomere / cellular response to nitrosative stress / negative regulation of telomere capping / Sensing of DNA Double Strand Breaks / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of microglial cell activation / meiotic telomere clustering / pre-B cell allelic exclusion / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / male meiotic nuclear division / histone mRNA catabolic process / female meiotic nuclear division / pexophagy / cellular response to X-ray / regulation of telomere maintenance via telomerase / peptidyl-serine autophosphorylation / DNA double-strand break processing / lipoprotein catabolic process / V(D)J recombination / regulation of autophagosome assembly / oocyte development / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / reciprocal meiotic recombination / DNA repair complex / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / response to ionizing radiation / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of B cell proliferation / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / peroxisomal matrix / replicative senescence / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / signal transduction in response to DNA damage / somitogenesis / regulation of cellular response to heat / ovarian follicle development / cellular response to retinoic acid / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / telomere maintenance / positive regulation of cell adhesion / Pexophagy / post-embryonic development / thymus development / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / regulation of autophagy / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Stabilization of p53 / double-strand break repair via homologous recombination / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / G2/M DNA damage checkpoint / brain development / multicellular organism growth / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDR through Homologous Recombination (HRR) / cellular response to gamma radiation / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Meiotic recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / spindle / cellular response to reactive oxygen species / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular senescence / Regulation of TP53 Degradation / double-strand break repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / heart development / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / peptidyl-serine phosphorylation / cytoplasmic vesicle / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / response to hypoxia / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of cell migration
類似検索 - 分子機能
Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain ...Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine-protein kinase ATM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bartho JD / Stakyte K / Rotheneder M / Lammens K / Hopfner KP
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)CRC1054 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1064 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1361 ドイツ
Leibniz Association ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Molecular basis of human ATM kinase inhibition.
著者: K Stakyte / M Rotheneder / K Lammens / J D Bartho / U Grädler / T Fuchß / U Pehl / A Alt / E van de Logt / K P Hopfner /
要旨: Human checkpoint kinase ataxia telangiectasia-mutated (ATM) plays a key role in initiation of the DNA damage response following DNA double-strand breaks. ATM inhibition is a promising approach in ...Human checkpoint kinase ataxia telangiectasia-mutated (ATM) plays a key role in initiation of the DNA damage response following DNA double-strand breaks. ATM inhibition is a promising approach in cancer therapy, but, so far, detailed insights into the binding modes of known ATM inhibitors have been hampered due to the lack of high-resolution ATM structures. Using cryo-EM, we have determined the structure of human ATM to an overall resolution sufficient to build a near-complete atomic model and identify two hitherto unknown zinc-binding motifs. We determined the structure of the kinase domain bound to ATPγS and to the ATM inhibitors KU-55933 and M4076 at 2.8 Å, 2.8 Å and 3.0 Å resolution, respectively. The mode of action and selectivity of the ATM inhibitors can be explained by structural comparison and provide a framework for structure-based drug design.
履歴
登録2021年2月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2021年10月20日-
現状2021年10月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0284
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0284
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12347.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human ATM, Spiral domain, LAFTER filtered
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.53 Å/pix.
x 416 pix.
= 220.272 Å		0.53 Å/pix.
x 416 pix.
= 220.272 Å		0.53 Å/pix.
x 416 pix.
= 220.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5295 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0284 / ムービー #1: 0.0284
最小 - 最大-0.14194995 - 0.23202032
平均 (標準偏差)8.5360014e-05 (±0.004302878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 220.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.52950.52950.5295
M x/y/z416416416
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z220.272220.272220.272
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS416416416
D min/max/mean-0.1420.2320.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12347_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_12347_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_12347_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_12347_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ATM dimer with bound KU-55933

全体名称: ATM dimer with bound KU-55933
要素
  • 複合体: ATM dimer with bound KU-55933
    • タンパク質・ペプチド: Human ATM Spiral domain

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超分子 #1: ATM dimer with bound KU-55933

超分子名称: ATM dimer with bound KU-55933 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Human ATM Spiral domain

分子名称: Human ATM Spiral domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG TDYKDDDDKS GSLEVLFQGP MSLVLNDLLI CCRQLEHDRA TERKKEVEKF KRLIRDPETI KHLDRHSDSK QGKYLNWDAV FRFLQKYIQK ETECLRIAKP NVSASTQASR QKKMQEISSL VKYFIKCANR RAPRLKCQEL LNYIMDTVKD SSNGAIYGAD ...文字列:
MDYKDDDDKG TDYKDDDDKS GSLEVLFQGP MSLVLNDLLI CCRQLEHDRA TERKKEVEKF KRLIRDPETI KHLDRHSDSK QGKYLNWDAV FRFLQKYIQK ETECLRIAKP NVSASTQASR QKKMQEISSL VKYFIKCANR RAPRLKCQEL LNYIMDTVKD SSNGAIYGAD CSNILLKDIL SVRKYWCEIS QQQWLELFSV YFRLYLKPSQ DVHRVLVARI IHAVTKGCCS QTDGLNSKFL DFFSKAIQCA RQEKSSSGLN HILAALTIFL KTLAVNFRIR VCELGDEILP TLLYIWTQHR LNDSLKEVII ELFQLQIYIH HPKGAKTQEK GAYESTKWRS ILYNLYDLLV NEISHIGSRG KYSSGFRNIA VKENLIELMA DICHQVFNED TRSLEISQSY TTTQRESSDY SVPCKRKKIE LGWEVIKDHL QKSQNDFDLV PWLQIATQLI SKYPASLPNC ELSPLLMILS QLLPQQRHGE RTPYVLRCLT EVALCQDKRS NLESSQKSDL LKLWNKIWCI TFRGISSEQI QAENFGLLGA IIQGSLVEVD REFWKLFTGS ACRPSCPAVC CLTLALTTSI VPGTVKMGIE QNMCEVNRSF SLKESIMKWL LFYQLEGDLE NSTEVPPILH SNFPHLVLEK ILVSLTMKNC KAAMNFFQSV PECEHHQKDK EELSFSEVEE LFLQTTFDKM DFLTIVRECG IEKHQSSIGF SVHQNLKESL DRCLLGLSEQ LLNNYSSEIT NSETLVRCSR LLVGVLGCYC YMGVIAEEEA YKSELFQKAK SLMQCAGESI TLFKNKTNEE FRIGSLRNMM QLCTRCLSNC TKKSPNKIAS GFFLRLLTSK LMNDIADICK SLASFIKKPF DRGEVESMED DTNGNLMEVE DQSSMNLFND YPDSSVSDAN EPGESQSTIG AINPLAEEYL SKQDLLFLDM LKFLCLCVTT AQTNTVSFRA ADIRRKLLML IDSSTLEPTK SLHLHMYLML LKELPGEEYP LPMEDVLELL KPLSNVCSLY RRDQDVCKTI LNHVLHVVKN LGQSNMDSEN TRDAQGQFLT VIGAFWHLTK ERKYIFSVRM ALVNCLKTLL EADPYSKWAI LNVMGKDFPV NEVFTQFLAD NHHQVRMLAA ESINRLFQDT KGDSSRLLKA LPLKLQQTAF ENAYLKAQEG MREMSHSAEN PETLDEIYNR KSVLLTLIAV VLSCSPICEK QALFALCKSV KENGLEPHLV KKVLEKVSET FGYRRLEDFM ASHLDYLVLE WLNLQDTEYN LSSFPFILLN YTNIEDFYRS CYKVLIPHLV IRSHFDEVKS IANQIQEDWK SLLTDCFPKI LVNILPYFAY EGTRDSGMAQ QRETATKVYD MLKSENLLGK QIDHLFISNL PEIVVELLMT LHEPANSSAS QSTDLCDFSG DLDPAPNPPH FPSHVIKATF AYISNCHKTK LKSILEILSK SPDSYQKILL AICEQAAETN NVYKKHRILK IYHLFVSLLL KDIKSGLGGA WAFVLRDVIY TLIHYINQRP SCIMDVSLRS FSLCCDLLSQ VCQTAVTYCK DALENHLHVI VGTLIPLVYE QVEVQKQVLD LLKYLVIDNK DNENLYITIK LLDPFPDHVV FKDLRITQQK IKYSRGPFSL LEEINHFLSV SVYDALPLTR LEGLKDLRRQ LELHKDQMVD IMRASQDNPQ DGIMVKLVVN LLQLSKMAIN HTGEKEVLEA VGSCLGEVGP IDFSTIAIQH SKDASYTKAL KLFEDKELQW TFIMLTYLNN TLVEDCVKVR SAAVTCLKNI LATKTGHSFW EIYKMTTDPM LAYLQPFRTS RKKFLEVPRF DKENPFEGLD DINLWIPLSE NHDIWIKTLT CAFLDSGGTK CEILQLLKPM CEVKTDFCQT VLPYLIHDIL LQDTNESWRN LLSTHVQGFF TSCLRHFSQT SRSTTPANLD SESEHFFRCC LDKKSQRTML AVVDYMRRQK RPSSGTIFND AFWLDLNYLE VAKVAQSCAA HFTALLYAEI YADKKSMDDQ EKRSLAFEEG SQSTTISSLS EKSKEETGIS LQDLLLEIYR SIGEPDSLYG CGGGKMLQPI TRLRTYEHEA MWGKALVTYD LETAIPSSTR QAGIIQALQN LGLCHILSVY LKGLDYENKD WCPELEELHY QAAWRNMQWD HCTSVSKEVE GTSYHESLYN ALQSLRDREF STFYESLKYA RVKEVEEMCK RSLESVYSLY PTLSRLQAIG ELESIGELFS RSVTHRQLSE VYIKWQKHSQ LLKDSDFSFQ EPIMALRTVI LEILMEKEMD NSQRECIKDI LTKHLVELSI LARTFKNTQL PERAIFQIKQ YNSVSCGVSE WQLEEAQVFW AKKEQSLALS ILKQMIKKLD ASCAANNPSL KLTYTECLRV CGNWLAETCL ENPAVIMQTY LEKAVEVAGN YDGESSDELR NGKMKAFLSL ARFSDTQYQR IENYMKSSEF ENKQALLKRA KEEVGLLREH KIQTNRYTVK VQRELELDEL ALRALKEDRK RFLCKAVENY INCLLSGEEH DMWVFRLCSL WLENSGVSEV NGMMKRDGMK IPTYKFLPLM YQLAARMGTK MMGGLGFHEV LNNLISRISM DHPHHTLFII LALANANRDE FLTKPEVARR SRITKNVPKQ SSQLDEDRTE AANRIICTIR SRRPQMVRSV EALCDAYIIL ANLDATQWKT QRKGINIPAD QPITKLKNLE DVVVPTMEIK VDHTGEYGNL VTIQSFKAEF RLAGGVNLPK IIDCVGSDGK ERRQLVKGRD DLRQDAVMQQ VFQMCNTLLQ RNTETRKRKL TICTYKVVPL SQRSGVLEWC TGTVPIGEFL VNNEDGAHKR YRPNDFSAFQ CQKKMMEVQK KSFEEKYEVF MDVCQNFQPV FRYFCMEKFL DPAIWFEKRL AYTRSVATSS IVGYILGLGD RHVQNILINE QSAELVHIDL GVAFEQGKIL PTPETVPFRL TRDIVDGMGI TGVEGVFRRC CEKTMEVMRN SQETLLTIVE VLLYDPLFDW TMNPLKALYL QQRPEDETEL HPTLNADDQE CKRNLSDIDQ SFNKVAERVL MRLQEKLKGV EEGTVLSVGG QVNLLIQQAI DPKNLSRLFP GWKAWV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1035906
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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