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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12261 | |||||||||
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タイトル | Structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuberculosis (Rv1955) and its target, the cspA mRNA, on the E. coli Ribosome. | |||||||||
マップデータ | phenix sharpened map of the M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin on the E. coli Ribosome. | |||||||||
試料 |
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キーワード | TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detoxification / negative regulation of growth / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...detoxification / negative regulation of growth / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / RNA endonuclease activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / response to hypoxia / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Escherichia coli (大腸菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | |||||||||
データ登録者 | Giudice E / Mansour M | |||||||||
資金援助 | フランス, スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Substrate recognition and cryo-EM structure of the ribosome-bound TAC toxin of Mycobacterium tuberculosis. 著者: Moise Mansour / Emmanuel Giudice / Xibing Xu / Hatice Akarsu / Patricia Bordes / Valérie Guillet / Donna-Joe Bigot / Nawel Slama / Gaetano D'urso / Sophie Chat / Peter Redder / Laurent ...著者: Moise Mansour / Emmanuel Giudice / Xibing Xu / Hatice Akarsu / Patricia Bordes / Valérie Guillet / Donna-Joe Bigot / Nawel Slama / Gaetano D'urso / Sophie Chat / Peter Redder / Laurent Falquet / Lionel Mourey / Reynald Gillet / Pierre Genevaux / 要旨: Toxins of toxin-antitoxin systems use diverse mechanisms to control bacterial growth. Here, we focus on the deleterious toxin of the atypical tripartite toxin-antitoxin-chaperone (TAC) system of ...Toxins of toxin-antitoxin systems use diverse mechanisms to control bacterial growth. Here, we focus on the deleterious toxin of the atypical tripartite toxin-antitoxin-chaperone (TAC) system of Mycobacterium tuberculosis, whose inhibition requires the concerted action of the antitoxin and its dedicated SecB-like chaperone. We show that the TAC toxin is a bona fide ribonuclease and identify exact cleavage sites in mRNA targets on a transcriptome-wide scale in vivo. mRNA cleavage by the toxin occurs after the second nucleotide of the ribosomal A-site codon during translation, with a strong preference for CCA codons in vivo. Finally, we report the cryo-EM structure of the ribosome-bound TAC toxin in the presence of native M. tuberculosis cspA mRNA, revealing the specific mechanism by which the TAC toxin interacts with the ribosome and the tRNA in the P-site to cleave its mRNA target. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12261.map.gz | 458 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12261-v30.xml emd-12261.xml | 121.9 KB 121.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12261_fsc.xml | 18.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12261.png | 252.8 KB | ||
マスクデータ | emd_12261_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-12261.cif.gz | 16.9 KB | ||
その他 | emd_12261_additional_1.map.gz emd_12261_additional_10.map.gz emd_12261_additional_2.map.gz emd_12261_additional_3.map.gz emd_12261_additional_4.map.gz emd_12261_additional_5.map.gz emd_12261_additional_6.map.gz emd_12261_additional_7.map.gz emd_12261_additional_8.map.gz emd_12261_additional_9.map.gz emd_12261_half_map_1.map.gz emd_12261_half_map_2.map.gz | 390.8 MB 314.4 MB 406.4 MB 393.5 MB 393.5 MB 343.3 MB 345 MB 345 MB 311.1 MB 314.4 MB 410.2 MB 410.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12261 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12261 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12261_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12261_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12261_validation.xml.gz | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12261_validation.cif.gz | 34.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12261 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12261 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12261.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | phenix sharpened map of the M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin on the E. coli Ribosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.893 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
+マスク #1
+追加マップ: Relion Multiboby full map of the E. Coli...
+追加マップ: Relion Multiboby half map of the Head of...
+追加マップ: Relion 3D refined full map of the M....
+追加マップ: Relion Multiboby half map of the E. Coli...
+追加マップ: Relion Multiboby half map of the E. Coli...
+追加マップ: Relion Multiboby full map of the Body of...
+追加マップ: Relion Multiboby half map of the Body of...
+追加マップ: Relion Multiboby half map of the Body of...
+追加マップ: Relion Multiboby full map of the Head of...
+追加マップ: Relion Multiboby half map of the Head of...
+ハーフマップ: Relion half map of the M. tuberculosis HigB1 K95A...
+ハーフマップ: Relion half map of the M. tuberculosis HigB1 K95A...
-試料の構成要素
+全体 : M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin and its target, the CspA ...
+超分子 #1: M. tuberculosis HigB1_K95A mutant toxin and its target, the CspA ...
+超分子 #2: 30S Ribosomal subunit
+超分子 #3: 50S Ribosomal subunit
+超分子 #4: 16S rRNA
+超分子 #5: 30S ribosomal proteins
+超分子 #6: 23S and 5S rRNA
+超分子 #7: 50S ribosomal proteins
+超分子 #8: P-site fMet-tRNA(fMet)
+超分子 #9: E-site tRNA
+超分子 #10: cspA mRNA
+超分子 #11: HigB1 toxin
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #22: P-site fMet-tRNA(fMet)
+分子 #23: E-site tRNA
+分子 #24: cspA mRNA
+分子 #26: 23S ribosomal RNA
+分子 #27: 5S ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #21: 30S ribosomal protein S21
+分子 #25: Probable endoribonuclease HigB1
+分子 #28: 50S ribosomal protein L2
+分子 #29: 50S ribosomal protein L3
+分子 #30: 50S ribosomal protein L4
+分子 #31: 50S ribosomal protein L5
+分子 #32: 50S ribosomal protein L6
+分子 #33: 50S ribosomal protein L9
+分子 #34: 50S ribosomal protein L13
+分子 #35: 50S ribosomal protein L14
+分子 #36: 50S ribosomal protein L15
+分子 #37: 50S ribosomal protein L16,50S ribosomal protein L31
+分子 #38: 50S ribosomal protein L16
+分子 #39: 50S ribosomal protein L17
+分子 #40: 50S ribosomal protein L18
+分子 #41: 50S ribosomal protein L19
+分子 #42: 50S ribosomal protein L20
+分子 #43: 50S ribosomal protein L21
+分子 #44: 50S ribosomal protein L22
+分子 #45: 50S ribosomal protein L23
+分子 #46: 50S ribosomal protein L24
+分子 #47: 50S ribosomal protein L25
+分子 #48: 50S ribosomal protein L27
+分子 #49: 50S ribosomal protein L28
+分子 #50: 50S ribosomal protein L29
+分子 #51: 50S ribosomal protein L30
+分子 #52: 50S ribosomal protein L32
+分子 #53: 50S ribosomal protein L33
+分子 #54: 50S ribosomal protein L34
+分子 #55: 50S ribosomal protein L35
+分子 #56: 50S ribosomal protein L36
+分子 #57: MAGNESIUM ION
+分子 #58: N-FORMYLMETHIONINE
+分子 #59: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot for 2s before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-65 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6381 / 平均露光時間: 6.5 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Initial local fitting was done chain by chain using Chimera. The model was then refine using coot and phenix. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-7nbu: |