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タイトルSubstrate recognition and cryo-EM structure of the ribosome-bound TAC toxin of Mycobacterium tuberculosis.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 2641, Year 2022
掲載日2022年5月12日
著者Moise Mansour / Emmanuel Giudice / Xibing Xu / Hatice Akarsu / Patricia Bordes / Valérie Guillet / Donna-Joe Bigot / Nawel Slama / Gaetano D'urso / Sophie Chat / Peter Redder / Laurent Falquet / Lionel Mourey / Reynald Gillet / Pierre Genevaux /
PubMed 要旨Toxins of toxin-antitoxin systems use diverse mechanisms to control bacterial growth. Here, we focus on the deleterious toxin of the atypical tripartite toxin-antitoxin-chaperone (TAC) system of ...Toxins of toxin-antitoxin systems use diverse mechanisms to control bacterial growth. Here, we focus on the deleterious toxin of the atypical tripartite toxin-antitoxin-chaperone (TAC) system of Mycobacterium tuberculosis, whose inhibition requires the concerted action of the antitoxin and its dedicated SecB-like chaperone. We show that the TAC toxin is a bona fide ribonuclease and identify exact cleavage sites in mRNA targets on a transcriptome-wide scale in vivo. mRNA cleavage by the toxin occurs after the second nucleotide of the ribosomal A-site codon during translation, with a strong preference for CCA codons in vivo. Finally, we report the cryo-EM structure of the ribosome-bound TAC toxin in the presence of native M. tuberculosis cspA mRNA, revealing the specific mechanism by which the TAC toxin interacts with the ribosome and the tRNA in the P-site to cleave its mRNA target.
リンクNat Commun / PubMed:35552387 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.91 - 3.11 Å
構造データ

12261

7nbu

EMDB-12261, PDB-7nbu:
Structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuberculosis (Rv1955) and its target, the cspA mRNA, on the E. coli Ribosome.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

PDB-7awk:
Crystal structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuberculosis (Rv1955)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • mycobacterium tuberculosis h37rv (結核菌)
  • mycobacterium tuberculosis (strain atcc 25618 / h37rv) (結核菌)
キーワードTOXIN / Mycobacterium tuberculosis / Toxin-Antitoxin-Chaperone / RNase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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