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万見
- EMDB-12252: pT=7 laevo quasi-symmetric bacterial microcompartment particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12252
タイトルpT=7 laevo quasi-symmetric bacterial microcompartment particle
マップデータ
試料
  • 複合体: pT=7 laevo quasi-symmetric bacterial microcompartment particles
    • タンパク質・ペプチド: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein
    • タンパク質・ペプチド: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Kalnins G / Cesle EE
資金援助 Latvia, チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
European Regional Development Fund1.1.1.2/VIAA/4/20/705 Latvia
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2021
タイトル: Variety of size and form of GRM2 bacterial microcompartment particles.
著者: Eva Emilija Cesle / Anatolij Filimonenko / Kaspars Tars / Gints Kalnins /
要旨: Bacterial microcompartments (BMCs) are bacterial organelles involved in enzymatic processes, such as carbon fixation, choline, ethanolamine and propanediol degradation, and others. Formed of a semi- ...Bacterial microcompartments (BMCs) are bacterial organelles involved in enzymatic processes, such as carbon fixation, choline, ethanolamine and propanediol degradation, and others. Formed of a semi-permeable protein shell and an enzymatic core, they can enhance enzyme performance and protect the cell from harmful intermediates. With the ability to encapsulate non-native enzymes, BMCs show high potential for applied use. For this goal, a detailed look into shell form variability is significant to predict shell adaptability. Here we present four novel 3D cryo-EM maps of recombinant Klebsiella pneumoniae GRM2 BMC shell particles with the resolution in range of 9 to 22 Å and nine novel 2D classes corresponding to discrete BMC shell forms. These structures reveal icosahedral, elongated, oblate, multi-layered and polyhedral traits of BMCs, indicating considerable variation in size and form as well as adaptability during shell formation processes.
履歴
登録2021年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月3日-
マップ公開2021年2月3日-
更新2021年4月21日-
現状2021年4月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12252.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12252.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.44 Å/pix.
x 300 pix.
= 732. Å		2.44 Å/pix.
x 300 pix.
= 732. Å		2.44 Å/pix.
x 300 pix.
= 732. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.44 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.033 / ムービー #1: 0.033
最小 - 最大-0.030583736 - 0.063000694
平均 (標準偏差)2.1157572e-05 (±0.0060481434)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 732.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.442.442.44
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z732.000732.000732.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0310.0630.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12252_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12252_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : pT=7 laevo quasi-symmetric bacterial microcompartment particles

全体名称: pT=7 laevo quasi-symmetric bacterial microcompartment particles
要素
  • 複合体: pT=7 laevo quasi-symmetric bacterial microcompartment particles
    • タンパク質・ペプチド: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein
    • タンパク質・ペプチド: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein

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超分子 #1: pT=7 laevo quasi-symmetric bacterial microcompartment particles

超分子名称: pT=7 laevo quasi-symmetric bacterial microcompartment particles
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: bacterial microcompartment particle obtained by recombinant expression of pentameric EutN and hexameric cmcC subunits
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #1: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein

分子名称: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MKEALGLIET KGLVACIEAA DAMCKAANVE LIGYENVGSG LVTAMVKGDV GAVNAAVDSG VEAAKRIGKV VSSRVIARPH NDIEKIAGST KHKSLRPHNA

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分子 #2: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein

分子名称: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MILAKVTGHV VATQKCDELR GSNLLLITRL DDKQQPMKDQ TWVAVDNVGA GMHDIVLAEE YFALNKDRYK AMSVVAIVEK VFRDTEQE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度式
300.0 mMNaCl
20.0 mMTris-HCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4s before plunging.
詳細Sample was purified with ultracentrifugation and gel filtration

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 3240 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.7000000000000001 µm
照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 45252
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Made in Relion 3.0 using stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 1681
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 1681 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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