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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12243 | |||||||||
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タイトル | Complete Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state E (+RbfA)(Consensus Refinement) | |||||||||
![]() | consensus map | |||||||||
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![]() | Cryo-EM / 30S biogenesis / ribosome assembly / RbfA / RsgA / YjeQ / RimP / KsgA / RsmA / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / ribosomal small subunit binding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability ...mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / ribosomal small subunit binding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / response to cold / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / maturation of SSU-rRNA / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / DNA damage response / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | |||||||||
![]() | Schedlbauer A / Iturrioz I | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A conserved rRNA switch is central to decoding site maturation on the small ribosomal subunit. 著者: Andreas Schedlbauer / Idoia Iturrioz / Borja Ochoa-Lizarralde / Tammo Diercks / Jorge Pedro López-Alonso / José Luis Lavin / Tatsuya Kaminishi / Retina Çapuni / Neha Dhimole / Elisa de ...著者: Andreas Schedlbauer / Idoia Iturrioz / Borja Ochoa-Lizarralde / Tammo Diercks / Jorge Pedro López-Alonso / José Luis Lavin / Tatsuya Kaminishi / Retina Çapuni / Neha Dhimole / Elisa de Astigarraga / David Gil-Carton / Paola Fucini / Sean R Connell / ![]() ![]() 要旨: While a structural description of the molecular mechanisms guiding ribosome assembly in eukaryotic systems is emerging, bacteria use an unrelated core set of assembly factors for which high- ...While a structural description of the molecular mechanisms guiding ribosome assembly in eukaryotic systems is emerging, bacteria use an unrelated core set of assembly factors for which high-resolution structural information is still missing. To address this, we used single-particle cryo-electron microscopy to visualize the effects of bacterial ribosome assembly factors RimP, RbfA, RsmA, and RsgA on the conformational landscape of the 30 ribosomal subunit and obtained eight snapshots representing late steps in the folding of the decoding center. Analysis of these structures identifies a conserved secondary structure switch in the 16 ribosomal RNA central to decoding site maturation and suggests both a sequential order of action and molecular mechanisms for the assembly factors in coordinating and controlling this switch. Structural and mechanistic parallels between bacterial and eukaryotic systems indicate common folding features inherent to all ribosomes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 193.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 42.9 KB 42.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 144.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() | 244.1 MB 244.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 9.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 193.8 MB 195 MB 194.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7bohMC ![]() 7af3C ![]() 7af5C ![]() 7af8C ![]() 7afaC ![]() 7afdC ![]() 7afhC ![]() 7afiC ![]() 7afkC ![]() 7aflC ![]() 7afnC ![]() 7afoC ![]() 7afqC ![]() 7afrC ![]() 7bodC ![]() 7boeC ![]() 7bofC ![]() 7bogC ![]() 7boiC ![]() 7narC ![]() 7nasC ![]() 7natC ![]() 7nauC ![]() 7navC ![]() 7naxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | consensus map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: composite map
ファイル | emd_12243_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | composite map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_12243_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_12243_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Complete Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state E...
+超分子 #1: Complete Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state E...
+超分子 #2: Complete Bacterial 30S ribosomal subunit assembly
+超分子 #3: 30S ribosome-binding factor
+分子 #1: RNA (1527-MER)
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #21: 30S ribosome-binding factor
+分子 #22: MAGNESIUM ION
+分子 #23: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 38.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |