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- EMDB-12227: Photosystem I of a temperature sensitive mutant Chlamydomonas rei... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12227
タイトルPhotosystem I of a temperature sensitive mutant Chlamydomonas reinhardtii
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I of temperature sensitive Chlamydomonas reinhardtii
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 25種
キーワードchlamydomonas / photosystem I / temperature sensitive / water molecules / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding ...chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily ...Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / : / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI subunit V / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center ...Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI subunit V / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Caspy I / Nelson N
資金援助 イスラエル, 2件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentG-1483-207/2018 イスラエル
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Dimeric and high-resolution structures of Chlamydomonas Photosystem I from a temperature-sensitive Photosystem II mutant.
著者: Ido Caspy / Tom Schwartz / Vinzenz Bayro-Kaiser / Mariia Fadeeva / Amit Kessel / Nir Ben-Tal / Nathan Nelson /
要旨: Water molecules play a pivotal functional role in photosynthesis, primarily as the substrate for Photosystem II (PSII). However, their importance and contribution to Photosystem I (PSI) activity ...Water molecules play a pivotal functional role in photosynthesis, primarily as the substrate for Photosystem II (PSII). However, their importance and contribution to Photosystem I (PSI) activity remains obscure. Using a high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) PSI structure from a Chlamydomonas reinhardtii temperature-sensitive photoautotrophic PSII mutant (TSP4), a conserved network of water molecules - dating back to cyanobacteria - was uncovered, mainly in the vicinity of the electron transport chain (ETC). The high-resolution structure illustrated that the water molecules served as a ligand in every chlorophyll that was missing a fifth magnesium coordination in the PSI core and in the light-harvesting complexes (LHC). The asymmetric distribution of the water molecules near the ETC branches modulated their electrostatic landscape, distinctly in the space between the quinones and FX. The data also disclosed the first observation of eukaryotic PSI oligomerisation through a low-resolution PSI dimer that was comprised of PSI-10LHC and PSI-8LHC.
履歴
登録2021年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月15日-
マップ公開2021年12月15日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7blx
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12227.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.64 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.64 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.03777304 - 0.060399882
平均 (標準偏差)0.00018954901 (±0.0047281384)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8270.8270.827
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.640264.640264.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0380.0600.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I of temperature sensitive Chlamydomonas reinhardtii

全体名称: Photosystem I of temperature sensitive Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • 複合体: Photosystem I of temperature sensitive Chlamydomonas reinhardtii
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)
  • リガンド: LAURIC ACID
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
  • リガンド: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: SPHINGOSINE
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Photosystem I of temperature sensitive Chlamydomonas reinhardtii

超分子名称: Photosystem I of temperature sensitive Chlamydomonas reinhardtii
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 890 KDa

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 82.121938 KDa
配列文字列: KKVKIAVDRN PVETSFEKWA KPGHFSRTLS KGPNTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLSG MYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL YTTAIGGLVM A AAMFFAGW ...文字列:
KKVKIAVDRN PVETSFEKWA KPGHFSRTLS KGPNTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLSG MYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL YTTAIGGLVM A AAMFFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESML NHHLGGLLGL GSLAWAGHQI HVSLPVNKLL DAGVDPKEIP LPHDLLLNRA IM ADLYPSF AKGIAPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDTAHH HVAIAVLFLV AGHMYRTNWG IGHSMKEILE AHR GPFTGE GHVGLYEILT TSWHAQLAIN LALFGSLSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHTW IGGFCIVGAG AHAA IFMVR DYDPTNNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQPVFAQ WIQNT HFLA PQLTAPNALA ATSLTWGGDL VAVGGKVAMM PISLGTSDFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSSRLIP DKANLG FRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGTVT ASGVSHITGG NFAQSANTIN GWLRDFL WA QSSQVIQSYG SALSAYGLIF LGAHFVWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKVAPA IQPRALSITQ GRAVGVAH Y LLGGIATTWS FFLARIISVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 81.996016 KDa
配列文字列: ATKLFPKFSQ GLAQDPTTRR IWYGLAMAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGQLSIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVTD PVHIRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA SGPVNISTSG VYQWWYTIGM RTNQDLYVGS VFLALVSAIF LFAGWLHLQP N FQPSLSWF ...文字列:
ATKLFPKFSQ GLAQDPTTRR IWYGLAMAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGQLSIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVTD PVHIRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA SGPVNISTSG VYQWWYTIGM RTNQDLYVGS VFLALVSAIF LFAGWLHLQP N FQPSLSWF KDAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPESRGQHVG WDNFLSVLPH PQGLTPFFTG NWAAYAQSPD TA SHVFGTA QGSGQAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVIFIVA GHMYRTNFGI GHRMQAILEA HTPPSGSLGA GHK GLFDTV NNSLHFQLGL ALASVGTITS LVAQHMYSLP PYAFQAIDFT TQAALYTHHQ YIAGFIMCGA FAHGAIFFIR DYDP EQNKG NVLARMLDHK EALISHLSWV SLFLGFHTLG LYVHNDVMQA FGTPEKQILI EPVFAQWIQA AHGKALYGFD FLLSS KTSA AFANGQSLWL PGWLDAINNN QNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAY DAFYLAVFWM LNTIGWVTFY WHWKHLTLWQ GNVAQFDESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWTFLF GHLIYATGFM FLISWRGYWQ ELIETLVWAH EKTPLANLVY WKDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG RF

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.73813 KDa
配列文字列:
AHIVKIYDTC IGCTQCVRAC PLDVLEMVPW DGCKASQMAS APRTEDCVGC KRCETACPTD FLSVRVYLGS ESTRSMGLSY

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 16.152684 KDa
配列文字列:
WTVPTLNPDT PSPIFGGSTG GLLRKAQTEE FYVITWEAKK EQIFEMPTGG AAIMRQGPNL LKFGKKEQCL ALTTQLRNKF KLTP(SNC)FYRV FPDGKVQYLH PADGVYPEKV NAGRVGANQN MRRIGQNVNP IKVKFSGRMM SPAEI

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 7.021877 KDa
配列文字列:
EVGPKRGSLV KILRPESYWF NQVGKVVSVD QSGVRYPVVV RFENQNYAGV TTNNYALDEV VAA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 17.957773 KDa
配列文字列:
DIAGLTPCSE SKAYAKLEKK ELKTLEKRLK QYEADSAPAV ALKATMERTK ARFANYAKAG LLCGNDGLPH LIADPGLALK YGHAGEVFI PTFGFLYVAG YIGYVGRQYL IAVKGEAKPT DKEIIIDVPL ATKLAWQGAG WPLAAVQELQ RGTLLEKEEN I TVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.572677 KDa
配列文字列:
LDPQIVISGS TAAFLAIGRF VFLGYQRREA NFDSTVGPKT TGATYFDDLQ KNSTIFATND PAGFNIIDVA GWGALGHAVG FAVLAINSL QG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.970731 KDa
配列文字列:
PFVPPSWAPS VFVPLTGLVL PAIAMATLFV YIEKEAP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.516257 KDa
配列文字列:
MKDFTTYLST APVIATIWFT FTAGLLIEIN RYFPDPLVF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.146467 KDa
配列文字列:
FIGSSTNLIM VASTTATLAA ARFGLAPTVK KNTTAGLKLV DSKNSAGVIS NDPAGFTIVD VLAMGAAGHG LGVGIVLGLK GIGA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

+
分子 #11: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 12.944871 KDa
配列文字列:
GMLETPVTSA PIVATYLSNL PAYRTGVAPV LRGVEIGLAH GFLLAGPFIK LGPLRNVPET AEIAGSLSAA GLVLILALCL SIYGSAQFQ STVARDPLFS ADGWSEFAAG FLVGGEAGVA WAYVCTQ

UniProtKB: PSI subunit V

+
分子 #12: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 20.368023 KDa
配列文字列: KAGNWLPGSD APAWLPDDLP GNYGFDPLSL GKEPASLKRF TESEVIHGRW AMLGVAGSLA VELLGYGNWY DAPLWAVNGG KATWFGIEV PFDLNALLAF EFVAMAAAEG QRGDAGGVVY PGGAFDPLGF AKDSSKSGEL KLKEIKNGRL AMVAFLGFVA Q HAATGKGP ...文字列:
KAGNWLPGSD APAWLPDDLP GNYGFDPLSL GKEPASLKRF TESEVIHGRW AMLGVAGSLA VELLGYGNWY DAPLWAVNGG KATWFGIEV PFDLNALLAF EFVAMAAAEG QRGDAGGVVY PGGAFDPLGF AKDSSKSGEL KLKEIKNGRL AMVAFLGFVA Q HAATGKGP IAALGEHLAN PWGANFATNG ISVPFF

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.689025 KDa
配列文字列: LYVGASQSSL AYLDGSLPGD FGFDPLGLLD PVNSGGFIEP KWLQYSEVIH ARWAMLGAAG CIAPEVLGAA GLIPDATNIK WFESGVIPP AGSYNGYWAD PYTIFFVEIV AMQFAELRRL QDFRYPGSMG QQYFLGLEAI FKGSGDAAYP GGPFFNLFNL G KTEAAMKE ...文字列:
LYVGASQSSL AYLDGSLPGD FGFDPLGLLD PVNSGGFIEP KWLQYSEVIH ARWAMLGAAG CIAPEVLGAA GLIPDATNIK WFESGVIPP AGSYNGYWAD PYTIFFVEIV AMQFAELRRL QDFRYPGSMG QQYFLGLEAI FKGSGDAAYP GGPFFNLFNL G KTEAAMKE LKLKEIKNGR LAMLAMLGYG AQAVMTGKGP FQNLVEHLAD PVNNNILTNF G

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.304396 KDa
配列文字列: VRPVWFPGNP PPAHLDGSLA GDYGFDPLFL GQEPQTLKWY VQAELVHGRF AMLGAAGIIL TSIGAKVGLG FPEWYDAGKV VVEKNNIDF PTLMVIQFYL MGWAETKRWY DFKNPGSQAD GSFLGFTEEF KGLENGYPGG RFFDPMGLSR GDAAKYQEYK Q KEVKNGRL ...文字列:
VRPVWFPGNP PPAHLDGSLA GDYGFDPLFL GQEPQTLKWY VQAELVHGRF AMLGAAGIIL TSIGAKVGLG FPEWYDAGKV VVEKNNIDF PTLMVIQFYL MGWAETKRWY DFKNPGSQAD GSFLGFTEEF KGLENGYPGG RFFDPMGLSR GDAAKYQEYK Q KEVKNGRL AMIACLGFAA QYAATGKGPL DNLADHLADP NHVNFATNGV SIPIA

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.293613 KDa
配列文字列: RQSWLPGSQI PAHLDTPAAQ ALAGNFGFDP LGLGKDPVAL RWYQQAELIH CRTAMAGVAG ILIPGLLTKA GALNVPEWYD AGKVAIENS FAPWGSLLAV QLFLCGFVEA KRWQDIRKPG SQGEPGSFLG FEASLKGTSE LGYPGGPFDP LGLSKEADKW A DWKLKEVK ...文字列:
RQSWLPGSQI PAHLDTPAAQ ALAGNFGFDP LGLGKDPVAL RWYQQAELIH CRTAMAGVAG ILIPGLLTKA GALNVPEWYD AGKVAIENS FAPWGSLLAV QLFLCGFVEA KRWQDIRKPG SQGEPGSFLG FEASLKGTSE LGYPGGPFDP LGLSKEADKW A DWKLKEVK NGRLAMLAFL GFVAQKYATG AGPVDNLAAH LKDPWHVNYA TNGVSLPFL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.018188 KDa
配列文字列: DAALPSWMPG ADLPGYLNGT LPGDFGFDPL YLGQDPVKLK WYAQAELMNA RFAMLAVAGI LVPELLSNIG FSWPGAGVAW YDAGKFEYF APASSLFGVQ MLLFAWVEIR RYQDFVKPGS ANQDPIFTNN KLPDGNEPGY PGGIFDPFGW SKGDIKSLKL K EIKNGRLA ...文字列:
DAALPSWMPG ADLPGYLNGT LPGDFGFDPL YLGQDPVKLK WYAQAELMNA RFAMLAVAGI LVPELLSNIG FSWPGAGVAW YDAGKFEYF APASSLFGVQ MLLFAWVEIR RYQDFVKPGS ANQDPIFTNN KLPDGNEPGY PGGIFDPFGW SKGDIKSLKL K EIKNGRLA MLAFAGFIGQ AYTTGTTPLK NLSTHLADPW STTVWQNDLA RL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.122805 KDa
配列文字列: DRKLWAPGVV APEYLKGDLA GDYGWDPLGL GADPTALKWY RQSELQHARW AMLGVAGVLV QEIVKPDVYF YEAGLPQNLP EPFTNINMG GLLAWEFILM HWVEVRRWQD YKNFGSVNED PIFKGNKVPN PEMGYPGGIF DPFGFSKGNL KELQTKEIKN G RLAMIAYM ...文字列:
DRKLWAPGVV APEYLKGDLA GDYGWDPLGL GADPTALKWY RQSELQHARW AMLGVAGVLV QEIVKPDVYF YEAGLPQNLP EPFTNINMG GLLAWEFILM HWVEVRRWQD YKNFGSVNED PIFKGNKVPN PEMGYPGGIF DPFGFSKGNL KELQTKEIKN G RLAMIAYM AFILQAQATG KGPLAALSAH LSNPFGNNIL KNIGTCTVPH SVDVQGLTIP LTCLWPGSQ

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 24.937922 KDa
配列文字列: RPLWLPGSTP PAHLKGDLPG DFGFDPLGLG ANAESLKWFK ESELVHSRWA MAAVAGILVQ EIVRPDVFWY NAGKEVESPL GPLGLLAVE FFLMHWVEVR RWQDLRKPGS VDQDPIFSQY KLPPHEVGYP GGVFAPFIPG DLAELKVKEI KNGRLAMLAF V GFVMAAQV ...文字列:
RPLWLPGSTP PAHLKGDLPG DFGFDPLGLG ANAESLKWFK ESELVHSRWA MAAVAGILVQ EIVRPDVFWY NAGKEVESPL GPLGLLAVE FFLMHWVEVR RWQDLRKPGS VDQDPIFSQY KLPPHEVGYP GGVFAPFIPG DLAELKVKEI KNGRLAMLAF V GFVMAAQV TGKGPIAALQ EHLADPWGTT IFSKAAVVPG QAVAPPCKIP ASVSYKGIEI PTPCFLQGLW P

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #20: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 197 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #21: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #22: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #23: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 31 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #24: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 14 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #25: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate

分子名称: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 3 / 式: NKP
分子量理論値: 436.52 Da
Chemical component information

ChemComp-NKP:
(2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate / 1-オレオイルリゾホスファチジン酸

+
分子 #26: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 7 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #27: OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)

分子名称: OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: OCA
分子量理論値: 144.211 Da
Chemical component information

ChemComp-OCA:
OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸

+
分子 #28: LAURIC ACID

分子名称: LAURIC ACID / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: DAO
分子量理論値: 200.318 Da
Chemical component information

ChemComp-DAO:
LAURIC ACID / ラウリン酸

+
分子 #29: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #30: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #31: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #32: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #33: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol

分子名称: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: RRX
分子量理論値: 552.872 Da
Chemical component information

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン

+
分子 #34: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...

分子名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 3 / 式: C7Z
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-C7Z:
(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル

+
分子 #35: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 3 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

+
分子 #36: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 17 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #37: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 20 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #38: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #39: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl...

分子名称: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: QTB
分子量理論値: 260.414 Da
Chemical component information

ChemComp-QTB:
(3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one

+
分子 #40: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 4 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

+
分子 #41: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #42: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypro...

分子名称: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate
タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 1 / 式: LPX
分子量理論値: 453.55 Da
Chemical component information

ChemComp-LPX:
(2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル

+
分子 #43: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 331 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 12418 / 平均電子線量: 46.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1208518
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ijo

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用した粒子像数: 17311
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6jo5


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7blx:
Photosystem I of a temperature sensitive mutant Chlamydomonas reinhardtii

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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