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- EMDB-12128: AVP-V2R-Galphas-beta1-gamma2-Nb35 (L state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12128
タイトルAVP-V2R-Galphas-beta1-gamma2-Nb35 (L state)
マップデータ
試料
  • 複合体: AVP-V2R-Galphas-beta1-gamma2-Nb35 (L state)
    • 複合体: V2R and Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T)
      • タンパク質・ペプチド: Vasopressin V2 receptor
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: arginine-vasopressin
      • タンパク質・ペプチド: arginine-vasopressin
    • 複合体: Nanobody 35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
キーワードSignaling protein / G protein-coupled receptor / Hormone / Vasopressin / V2R / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / hemostasis / telencephalon development / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of intracellular signal transduction ...renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / hemostasis / telencephalon development / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of intracellular signal transduction / PKA activation in glucagon signalling / developmental growth / endocytic vesicle / hair follicle placode formation / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / activation of adenylate cyclase activity / renal water homeostasis / cellular response to hormone stimulus / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / response to cytokine / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / bone development / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet aggregation / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / cognition / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / sensory perception of smell / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Clathrin-mediated endocytosis / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of cold-induced thermogenesis / retina development in camera-type eye / G protein activity / GTPase binding / Ca2+ pathway / fibroblast proliferation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / lysosomal membrane / GTPase activity / positive regulation of cell population proliferation / synapse / positive regulation of gene expression / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. ...Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Vasopressin V2 receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Bous J / Mouillac B
資金援助 フランス, 2件
OrganizationGrant number国
Foundation for Medical Research (France)DEQ20150331736 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0014 フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the antidiuretic hormone arginine-vasopressin V2 receptor signaling complex.
著者: Julien Bous / Hélène Orcel / Nicolas Floquet / Cédric Leyrat / Joséphine Lai-Kee-Him / Gérald Gaibelet / Aurélie Ancelin / Julie Saint-Paul / Stefano Trapani / Maxime Louet / Rémy ...著者: Julien Bous / Hélène Orcel / Nicolas Floquet / Cédric Leyrat / Joséphine Lai-Kee-Him / Gérald Gaibelet / Aurélie Ancelin / Julie Saint-Paul / Stefano Trapani / Maxime Louet / Rémy Sounier / Hélène Déméné / Sébastien Granier / Patrick Bron / Bernard Mouillac /
要旨: The antidiuretic hormone arginine-vasopressin (AVP) forms a signaling complex with the V2 receptor (V2R) and the G protein, promoting kidney water reabsorption. Molecular mechanisms underlying ...The antidiuretic hormone arginine-vasopressin (AVP) forms a signaling complex with the V2 receptor (V2R) and the G protein, promoting kidney water reabsorption. Molecular mechanisms underlying activation of this critical G protein-coupled receptor (GPCR) signaling system are still unknown. To fill this gap of knowledge, we report here the cryo-electron microscopy structure of the AVP-V2R-G complex. Single-particle analysis revealed the presence of three different states. The two best maps were combined with computational and nuclear magnetic resonance spectroscopy constraints to reconstruct two structures of the ternary complex. These structures differ in AVP and G binding modes. They reveal an original receptor-G interface in which the Gα subunit penetrates deep into the active V2R. The structures help to explain how V2R R137H or R137L/C variants can lead to two severe genetic diseases. Our study provides important structural insights into the function of this clinically relevant GPCR signaling complex.
履歴
登録2020年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月2日-
マップ公開2021年6月2日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7bb6
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12128.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.81 Å/pix.
x 181 pix.
= 146.61 Å		0.81 Å/pix.
x 127 pix.
= 102.87 Å		0.81 Å/pix.
x 145 pix.
= 117.45 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-2.2831519 - 3.1301532
平均 (標準偏差)-0.000000000002919 (±0.15445293)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin9710072
サイズ127145181
Spacing181127145
セルA: 146.61 Å / B: 102.87 Å / C: 117.45 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.810.810.81
M x/y/z181127145
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z146.610102.870117.450
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ7297100
NX/NY/NZ181127145
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS1009772
NC/NR/NS145127181
D min/max/mean-2.2833.130-0.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_12128_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_12128_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_12128_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_12128_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : AVP-V2R-Galphas-beta1-gamma2-Nb35 (L state)

全体名称: AVP-V2R-Galphas-beta1-gamma2-Nb35 (L state)
要素
  • 複合体: AVP-V2R-Galphas-beta1-gamma2-Nb35 (L state)
    • 複合体: V2R and Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T)
      • タンパク質・ペプチド: Vasopressin V2 receptor
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: arginine-vasopressin
      • タンパク質・ペプチド: arginine-vasopressin
    • 複合体: Nanobody 35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35

+
超分子 #1: AVP-V2R-Galphas-beta1-gamma2-Nb35 (L state)

超分子名称: AVP-V2R-Galphas-beta1-gamma2-Nb35 (L state) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 156 KDa

+
超分子 #2: V2R and Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T)

超分子名称: V2R and Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T)
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: arginine-vasopressin

超分子名称: arginine-vasopressin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Nanobody 35

超分子名称: Nanobody 35 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

+
分子 #1: Vasopressin V2 receptor

分子名称: Vasopressin V2 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.886191 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAENLYFQ GASMASTTSA VPGHPSLPSL PSQSSQERPL DLEVLFQGPT RDPLLARAEL ALLSIVFVA VALSNGLVLA ALARRGRRGH WAPIHVFIGH LCLADLAVAL FQVLPQLAWK ATDRFRGPDA LCRAVKYLQM V GMYASSYM ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAENLYFQ GASMASTTSA VPGHPSLPSL PSQSSQERPL DLEVLFQGPT RDPLLARAEL ALLSIVFVA VALSNGLVLA ALARRGRRGH WAPIHVFIGH LCLADLAVAL FQVLPQLAWK ATDRFRGPDA LCRAVKYLQM V GMYASSYM ILAMTLDRHR AICRPMLAYR HGSGAHWNRP VLVAWAFSLL LSLPQLFIFA QRNVEGGSGV TDCWACFAEP WG RRTYVTW IALMVFVAPT LGIAACQVLI FREIHASLVP GPSERPGGRR RGRRTGSPGE GAHVSAAVAK TVRMTLVIVV VYV LCWAPF FLVQLWAAWD PEAPLEGAPF VLLMLLASLN SCTNPWIYAS FSSSVSSELR SLLCCARGLE VLFQGPQDES ATTA SSSLA KDTSSLEWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEK

UniProtKB: Vasopressin V2 receptor

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.507102 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGSGGGS WSHPQFEKGS SGSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKI YAMHWGTDSR LLVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT R EGNVRVSR ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGSGGGS WSHPQFEKGS SGSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKI YAMHWGTDSR LLVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT R EGNVRVSR ELAGHTGYLS CCRFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AK LWDVREG MCRQTFTGHE SDINAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGY DDFNCN VWDALKADRA GVLAGHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.72552 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ EALNLFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCA VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

+
分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

+
分子 #5: arginine-vasopressin

分子名称: arginine-vasopressin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: C-terminal 9-glycinamide / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.086248 KDa
配列文字列:
CYFQNCPRG(NH2)

+
分子 #6: Nanobody 35

分子名称: Nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 15.140742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSH HHHHHEPEA

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClSodium chloride
20.0 mMHEPES
0.0011 %LMNG
0.001 %GDN
0.002 %CHS
10.0 microMAVP
0.001 %A8-35
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 17290 / #0 - 平均電子線量: 41.19 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 検出モード: COUNTING / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 8490 / #1 - 平均電子線量: 50.19 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 3566007
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 147524
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 6
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 87.61
得られたモデル

PDB-7bb6:
AVP-V2R-Galphas-beta1-gamma2-Nb35 (L state)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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