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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12034 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the contractile injection system cap complex from Anabaena PCC7120 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Eisenstein F / Weiss GL / Pilhofer M | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a thylakoid-anchored contractile injection system in multicellular cyanobacteria. 著者: Gregor L Weiss / Fabian Eisenstein / Ann-Katrin Kieninger / Jingwei Xu / Hannah A Minas / Milena Gerber / Miki Feldmüller / Iris Maldener / Karl Forchhammer / Martin Pilhofer / ![]() ![]() ![]() 要旨: Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 ...Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 secretion systems (T6SSs) are attached to the cytoplasmic membrane and function upon cell-cell contact. Here, we characterized a CIS in the multicellular cyanobacterium Anabaena, with features distinct from extracellular CISs and T6SSs. Cryo-electron tomography of focused ion beam-milled cells revealed that CISs were anchored in thylakoid membrane stacks, facing the cell periphery. Single particle cryo-electron microscopy showed that this unique in situ localization was mediated by extensions of tail fibre and baseplate components. On stress, cyanobacteria induced the formation of ghost cells, presenting thylakoid-anchored CISs to the environment. Functional assays suggest that these CISs may mediate ghost cell formation and/or interactions of ghost cells with other organisms. Collectively, these data provide a framework for understanding the evolutionary re-engineering of CISs and potential roles of these CISs in cyanobacterial programmed cell death. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 479.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 213.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 407.8 MB 407.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 530.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 530.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12034_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12034_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cap complex of the Anabaena PCC7120 contractile injection system
全体 | 名称: Cap complex of the Anabaena PCC7120 contractile injection system |
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要素 |
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-超分子 #1: Cap complex of the Anabaena PCC7120 contractile injection system
超分子 | 名称: Cap complex of the Anabaena PCC7120 contractile injection system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: All3327 protein
分子 | 名称: All3327 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 |
分子量 | 理論値: 21.935064 KDa |
配列 | 文字列: MISDAMRLIQ VALQRYILEF EPELGLSQVV IIENIAMAEE LGGQNNQING HVVMSLVNLQ EETTLKNSPH YRLDNGRTIY QNPPVNLNL FILFSALHNQ YETSLRLLSR VVEFFQWQKE LSFTTTPGIG GISRDLRILP DLYSLTFEQL NHLWGALGGK Q VPFVLYRA ...文字列: MISDAMRLIQ VALQRYILEF EPELGLSQVV IIENIAMAEE LGGQNNQING HVVMSLVNLQ EETTLKNSPH YRLDNGRTIY QNPPVNLNL FILFSALHNQ YETSLRLLSR VVEFFQWQKE LSFTTTPGIG GISRDLRILP DLYSLTFEQL NHLWGALGGK Q VPFVLYRA RILSLEAPKR QAEGSTITEI YINE |
-分子 #2: All3326 protein
分子 | 名称: All3326 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 |
分子量 | 理論値: 45.348633 KDa |
配列 | 文字列: MKILYKKILN LELWHDFYLG QPNTPGSLPN NYDISRTLAL VPTQECLRVL ANLRWVFRPQ LYGASLFANV NAAPSGQFPT IFPIDRVYR LTFWLVVSDR YFANFTNLSL INSRNQIYYF SNLSGNEGHA LFLTQPLSAY TTNNEYQLGQ LVTHADKTLE S LTYQGNAT ...文字列: MKILYKKILN LELWHDFYLG QPNTPGSLPN NYDISRTLAL VPTQECLRVL ANLRWVFRPQ LYGASLFANV NAAPSGQFPT IFPIDRVYR LTFWLVVSDR YFANFTNLSL INSRNQIYYF SNLSGNEGHA LFLTQPLSAY TTNNEYQLGQ LVTHADKTLE S LTYQGNAT NIPNPSDWDS LPASQYVSEL DHLPRQGTYR TQVITNANPD NTYNFTLVNT NEQESWAIDV IVPDTHKSGE PF STSLNFV GQTPGHYRLL ENDTQVAEFV LVDNSLPEAF ALVEVILNPE LVPSAFSLLQ ASAGQTFIQP KTYVIRFKNR ATR WRYRYE QPHGCSAANL PSYFNLIDTH TYATARPIGL RQRPDSLLND CQDRPLPAPS ITLIQPETDG SQRIARIFSD IYL |
-分子 #3: All3325 protein
分子 | 名称: All3325 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 |
分子量 | 理論値: 53.23616 KDa |
配列 | 文字列: MPSTYKTPGV YIEEISKFPP SIAQVETAIP AFIGYTQIAK VGVENFHTDA DNLILRPVRI TSLLEYEQFF GKAINETTIQ VVIQDTTDS RGNLTERKAS ARITSPSPHN LYYSMQAYFA NGGGPCYIVS VGPMSNTGTI QLEALQNGLA EVAKEDEVTL L VFPESQSL ...文字列: MPSTYKTPGV YIEEISKFPP SIAQVETAIP AFIGYTQIAK VGVENFHTDA DNLILRPVRI TSLLEYEQFF GKAINETTIQ VVIQDTTDS RGNLTERKAS ARITSPSPHN LYYSMQAYFA NGGGPCYIVS VGPMSNTGTI QLEALQNGLA EVAKEDEVTL L VFPESQSL SDENYAALMS AALEQCANLQ DRFTVMDLKL PATRPIPANA IVGASNAFRD LSLPQDNLKY GACYAPDIET IF NYFYQED AVTIFRSVNG GAEEQDTLTM AGYNPANGGD GIQYALIESA IDQLPLILPP SPLVVGQYAR TDNTRGVWKA PAN VALSSV IKPVLKITNE QQNNLNVHPT GKSINAIRAF TGKGTLIWGA RTLAGNDNEW RYVSVRRFFN MAEESIKKGS EPFV FEPND ANTWTKVKAM IENFLTLQWR AGALAGAKPE QAFYVKIGLN ETMTALDILE GRMIVEIGMA VVRPAEFIIL KFSHK MQES |
-分子 #4: All3324 protein
分子 | 名称: All3324 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 |
分子量 | 理論値: 16.459543 KDa |
配列 | 文字列: MAEYPLPKFH FQVDWGGSRL GFTEVSGLDV ETEVIEYREG NLPQYHKLKM PGMQKFSNIT MKRGTFQGDN DFYKWWNTVA LNTIERRDL TISLLNEKHE PVVVWKVNRA WPTKVQSTDL KGDGNEVAIE SIEVAHEGLT IQNG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 19000 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.9 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |