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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11889 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Bacillus subtilis ribosome quality control complex state B. Ribosomal 50S subunit with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO | ||||||||||||||||||
マップデータ | Bacillus subtilis 50S in complex with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO. State B. Map filtered according to local resolution. | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | 50S / tRNA / RQC / RqcH / peptidyl-tRNA / translation / RqcP / YabO / alanine tailing | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RQC complex / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity ...RQC complex / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Crowe-McAuliffe C / Wilson DN | ||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, スウェーデン, 5件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural Basis for Bacterial Ribosome-Associated Quality Control by RqcH and RqcP. 著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Hiraku Takada / Victoriia Murina / Christine Polte / Sergo Kasvandik / Tanel Tenson / Zoya Ignatova / Gemma C Atkinson / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk / 要旨: In all branches of life, stalled translation intermediates are recognized and processed by ribosome-associated quality control (RQC) pathways. RQC begins with the splitting of stalled ribosomes, ...In all branches of life, stalled translation intermediates are recognized and processed by ribosome-associated quality control (RQC) pathways. RQC begins with the splitting of stalled ribosomes, leaving an unfinished polypeptide still attached to the large subunit. Ancient and conserved NEMF family RQC proteins target these incomplete proteins for degradation by the addition of C-terminal "tails." How such tailing can occur without the regular suite of translational components is, however, unclear. Using single-particle cryo-electron microscopy (EM) of native complexes, we show that C-terminal tailing in Bacillus subtilis is mediated by NEMF protein RqcH in concert with RqcP, an Hsp15 family protein. Our structures reveal how these factors mediate tRNA movement across the ribosomal 50S subunit to synthesize polypeptides in the absence of mRNA or the small subunit. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11889.map.gz | 128.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11889-v30.xml emd-11889.xml | 59.3 KB 59.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11889_fsc.xml | 14.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11889.png | 113.5 KB | ||
マスクデータ | emd_11889_msk_1.map | 282.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-11889.cif.gz | 11 KB | ||
その他 | emd_11889_additional_1.map.gz emd_11889_additional_2.map.gz emd_11889_half_map_1.map.gz emd_11889_half_map_2.map.gz | 224.6 MB 38.3 MB 225.7 MB 225.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11889 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11889 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11889_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11889_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11889_validation.xml.gz | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11889_validation.cif.gz | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11889 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11889 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7as8MC 7as9C 7asaC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10540 (タイトル: Affinity-purified RqcH-ribosome-associated quality control complexes from Bacillus subtilis Data size: 514.6 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of affinity-purified RqcH ribosome-associated quality control complexes from Bacillus subtilis [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11889.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bacillus subtilis 50S in complex with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO. State B. Map filtered according to local resolution. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11889_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Bacillus subtilis 50S in complex with P-tRNA, RqcH,...
ファイル | emd_11889_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Bacillus subtilis 50S in complex with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO. State B. Output from RELION Refine3D job. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Bacillus subtilis 50S in complex with P-tRNA, RqcH,...
ファイル | emd_11889_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Bacillus subtilis 50S in complex with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO. State B. Post-processed with automatically estimated b-factor. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Bacillus subtilis 50S in complex with P-tRNA, RqcH,...
ファイル | emd_11889_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Bacillus subtilis 50S in complex with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO. State B. Half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Bacillus subtilis 50S in complex with P-tRNA, RqcH,...
ファイル | emd_11889_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Bacillus subtilis 50S in complex with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO. State B. Half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 50S ribosomal subunit in complex with RqcH, P-tRNA, and YabO/RqcP
+超分子 #1: 50S ribosomal subunit in complex with RqcH, P-tRNA, and YabO/RqcP
+超分子 #2: RqcH
+超分子 #3: 50S ribosomal subunit in complex with P-tRNA, and YabO/RqcP
+分子 #1: Rqc2 homolog RqcH
+分子 #2: Uncharacterized protein YabO
+分子 #6: 50S ribosomal protein L2
+分子 #7: 50S ribosomal protein L3
+分子 #8: 50S ribosomal protein L4
+分子 #9: 50S ribosomal protein L5
+分子 #10: 50S ribosomal protein L6
+分子 #11: 50S ribosomal protein L11
+分子 #12: 50S ribosomal protein L10
+分子 #13: 50S ribosomal protein L13
+分子 #14: 50S ribosomal protein L14
+分子 #15: 50S ribosomal protein L15
+分子 #16: 50S ribosomal protein L16
+分子 #17: 50S ribosomal protein L17
+分子 #18: 50S ribosomal protein L18
+分子 #19: 50S ribosomal protein L19
+分子 #20: 50S ribosomal protein L20
+分子 #21: 50S ribosomal protein L21
+分子 #22: 50S ribosomal protein L22
+分子 #23: 50S ribosomal protein L23
+分子 #24: 50S ribosomal protein L24
+分子 #25: 50S ribosomal protein L27
+分子 #26: 50S ribosomal protein L28
+分子 #27: 50S ribosomal protein L29
+分子 #28: 50S ribosomal protein L30
+分子 #29: 50S ribosomal protein L32
+分子 #30: 50S ribosomal protein L33 1
+分子 #31: 50S ribosomal protein L34
+分子 #32: 50S ribosomal protein L35
+分子 #33: 50S ribosomal protein L36
+分子 #3: tRNA-Ala-1-1
+分子 #4: 23S rRNA
+分子 #5: 5s rRNA
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 29.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |