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- EMDB-11824: Atomic structure of the poxvirus transcription pre-initiation com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11824
タイトルAtomic structure of the poxvirus transcription pre-initiation complex in the initially melted state
マップデータComposite map from Phenix.combine_focused_maps
試料
  • 複合体: Vaccinia transcription pre-initiation complex
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription termination / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription termination / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poxvirus early transcription factor, large subunit / Poxvirus early transcription factor (VETF), large subunit / RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 7kDa polypeptide, chordopoxviral / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type ...Poxvirus early transcription factor, large subunit / Poxvirus early transcription factor (VETF), large subunit / RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 7kDa polypeptide, chordopoxviral / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type / RNA polymerase, 132kDa subunit, poxvirus-type / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type, N-terminal / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 18 kD subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 35 kD subunit / Poxvirus RNA polymerase 22 kDa subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / Chordopoxvirus DNA-directed RNA polymerase 7 kDa polypeptide (RPO7) / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase 30kDa subunit / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RPB6/omega subunit-like superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / Early transcription factor 82 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / Early transcription factor 70 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Grimm C / Bartuli J / Fischer U
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)Fi-573/20-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the complete poxvirus transcription initiation process.
著者: Clemens Grimm / Julia Bartuli / Bettina Boettcher / Aladar A Szalay / Utz Fischer /
要旨: Poxviruses express their genes in the cytoplasm of infected cells using a virus-encoded multi-subunit polymerase (vRNAP) and unique transcription factors. We present cryo-EM structures that uncover ...Poxviruses express their genes in the cytoplasm of infected cells using a virus-encoded multi-subunit polymerase (vRNAP) and unique transcription factors. We present cryo-EM structures that uncover the complete transcription initiation phase of the poxvirus vaccinia. In the pre-initiation complex, the heterodimeric early transcription factor VETFs/l adopts an arc-like shape spanning the polymerase cleft and anchoring upstream and downstream promoter elements. VETFI emerges as a TBP-like protein that inserts asymmetrically into the DNA major groove, triggers DNA melting, ensures promoter recognition and enforces transcription directionality. The helicase VETFs fosters promoter melting and the phospho-peptide domain (PPD) of vRNAP subunit Rpo30 enables transcription initiation. An unprecedented upstream promoter scrunching mechanism assisted by the helicase NPH-I probably fosters promoter escape and transition into elongation. Our structures shed light on unique mechanisms of poxviral gene expression and aid the understanding of thus far unexplained universal principles in transcription.
履歴
登録2020年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月6日-
マップ公開2021年10月6日-
更新2021年10月20日-
現状2021年10月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7amv
  • 表面レベル: 1.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11824.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11824.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map from Phenix.combine_focused_maps
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
0.84 Å/pix.
x 194 pix.
= 180.583 Å		0.84 Å/pix.
x 236 pix.
= 163.706 Å		0.84 Å/pix.
x 214 pix.
= 199.147 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84385 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.35 / ムービー #1: 1.35
最小 - 最大-7.4238253 - 15.6117
平均 (標準偏差)0.010195286 (±1.0086262)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-118-107-97
サイズ236214194
Spacing194214236
セルA: 163.70595 Å / B: 180.58284 Å / C: 199.14743 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.843845360824740.843845794392520.84384322033898
M x/y/z194214236
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z163.706180.583199.147
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-118-97-107
NX/NY/NZ236194214
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-107-118-97
NC/NR/NS214236194
D min/max/mean-7.42415.6120.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Vaccinia transcription pre-initiation complex

全体名称: Vaccinia transcription pre-initiation complex
要素
  • 複合体: Vaccinia transcription pre-initiation complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Protein H4
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: ETF large subunit
    • DNA: Synthetic promoter DNA oligomer, non-template strand
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide
    • DNA: Synthetic promoter DNA oligomer, template strand
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent helicase VETFS
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Vaccinia transcription pre-initiation complex

超分子名称: Vaccinia transcription pre-initiation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 670 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 146.995703 KDa
配列文字列: MAVISKVTYS LYDQKEINAT DIIISHVKND DDIGTVKDGR LGAMDGALCK TCGKTELECF GHWGKVSIYK THIVKPEFIS EIIRLLNHI CIHCGLLRSR EPYSDDINLK ELSGHALRRL KDKILSKKKS CWNSECMQPY QKITFSKKKV CFVNKLDDIN V PNSLIYQK ...文字列:
MAVISKVTYS LYDQKEINAT DIIISHVKND DDIGTVKDGR LGAMDGALCK TCGKTELECF GHWGKVSIYK THIVKPEFIS EIIRLLNHI CIHCGLLRSR EPYSDDINLK ELSGHALRRL KDKILSKKKS CWNSECMQPY QKITFSKKKV CFVNKLDDIN V PNSLIYQK LISIHEKFWP LLEIHQYPAN LFYTDYFPIP PLIIRPAISF WIDSIPKETN ELTYLLGMIV KNCNLNADEQ VI QKAVIEY DDIKIISNNT TSINLSYITS GKNNMIRSYI VARRKDQTAR SVIGPSTSIT VNEVGMPAYI RNTLTEKIFV NAF TVDKVK QLLASNQVKF YFNKRLNQLT RIRQGKFIKN KIHLLPGDWV EVAVQEYTSI IFGRQPSLHR YNVIASSIRA TEGD TIKIS PGIANSQNAD FDGDEEWMIL EQNPKAVIEQ SILMYPTTLL KHDIHGAPVY GSIQDEIVAA YSLFRIQDLC LDEVL NILG KYGREFDPKG KCKFSGKDIY TYLIGEKINY PGLLKDGEII ANDVDSNFVV AMRHLSLAGL LSDHKSNVEG INFIIK SSY VFKRYLSIYG FGVTFKDLRP NSTFTNKLEA INVEKIELIK EAYAKYLNDV RDGKIVPLSK ALEADYVESM LSNLTNL NI REIEEHMRQT LIDDPDNNLL KMAKAGYKVN PTELMYILGT YGQQRIDGEP AETRVLGRVL PYYLPDSKDP EGRGYILN S LTKGLTGSQY YFSMLVARSQ STDIVCETSR TGTLARKIIK KMEDMVVDGY GQVVIGNTLI KYAANYTKIL GSVCKPVDL IYPDESMTWY LEISALWNKI KQGFVYSQKQ KLAKKTLAPF NFLVFVKPTT EDNAIKVKDL YDMIHNVIDD VREKYFFTVS NIDFMEYIF LTHLNPSRIR ITKETAITIF EKFYEKLNYT LGGGTPIGII SAQVLSEKFT QQALSSFHTT EKSGAVKQKL G FNEFNNLT NLSKNKTEII TLVSDDISKL QSVKINFEFV CLGELNPNIT LRKETDKYVV DIIVNRLYIK RAEITELVVE YM IERFISF SVIVKEWGME TFIEDEDNIR FTVYLNFVEP EELNLSKFMM VLPGAANKGK ISKFKIPISD YTGYDDFNQT KKL NKMTVE LMNLKELGSF DLENVNVYPG VWNTYDIFGI EAAREYLCEA MLNTYGEGFD YLYQPCDLLA SLLCASYEPE SVNK FKFGA ASTLKRATFG DNKALLNAAL HKKSEPINDN SSCHFFSKVP NIGTGYYKYF IDLGLLMRME RKLSDKISSQ KIKEM EETE DF

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase

分子名称: DNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 133.526859 KDa
配列文字列: MKKNTNSEMD QRLGYKFLVP DPKAGVFYRP LHFQYVSYSN FILHRLHEIL TVKRPLLSFK NNTERIMIEI SNVKVTPPDY SPIIASIKG KSYDALATFT VNIFKEVMTK EGISITKISS YEGKDSHLIK IPLLIGYGNK NPLDTAKYLV PNVIGGVFIN K QSVEKVGI ...文字列:
MKKNTNSEMD QRLGYKFLVP DPKAGVFYRP LHFQYVSYSN FILHRLHEIL TVKRPLLSFK NNTERIMIEI SNVKVTPPDY SPIIASIKG KSYDALATFT VNIFKEVMTK EGISITKISS YEGKDSHLIK IPLLIGYGNK NPLDTAKYLV PNVIGGVFIN K QSVEKVGI NLVEKITTWP KFRVVKPNSF TFSFSSVSPP NVLPTRYRHY KISLDISQLE ALNISSTKTF ITVNIVLLSQ YL SRVSLEF IRRSLSYDMP PEVVYLVNAI IDSAKRITES ITDFNIDTYI NDLVEAEHIK QKSQLTINEF KYEMLHNFLP HMN YTPDQL KGFYMISLLR KFLYCIFHTS RYPDRDSMVC HRILTYGKYF ETLAHDELEN YIGNIRNDIM NNHKNRGTYA VNIH VLTTP GLNHAFSSLL SGKFKKSDGS YRTHPHYSWM QNISIPRSVG FYPDQVKISK MFSVRKYHPS QYLYFCSSDV PERGP QVGL VSQLSVLSSI TNILTSEYLD LEKKICEYIR SYYKDDISYF ETGFPITIEN ALVASLNPNM ICDFVTDFRR RKRMGF FGN LEVGITLVRD HMNEIRINIG AGRLVRPFLV VDNGELMMDV CPELESRLDD MTFSDIQKEF PHVIEMVDIE QFTFSNV CE SVQKFRMMSK DERKQYDLCD FPAEFRDGYV ASSLVGINHN SGPRAILGCA QAKQAISCLS SDIRNKIDNG IHLMYPER P IVISKALETS KIAANCFGQH VTIALMSYKG INQEDGIIIK KQFIQRGGLD IVTAKKHQVE IPLENFNNKE RDRSNAYSK LESNGLVRLN AFLESGDAMA RNISSRTLED DFARDNQISF DVSEKYTDMY KSRVERVQVE LTDKVKVRVL TMKERRPILG DKFTTRTSQ KGTVAYVADE TELPYDENGI TPDVIINSTS IFSRKTISML IEVILTAAYS AKPYNNKGEN RPVCFPSSNE T SIDTYMQF AKQCYEHSNP KLSDEELSDK IFCEKILYDP ETDKPYASKV FFGPIYYLRL RHLTQDKATV RCRGKKTKLI RQ ANEGRKR GGGIKFGEME RDCLIAHGAA NTITEVLKDS EEDYQDVYVC ENCGDIAAQI KGINTCLRCS KLNLSPLLTK IDT THVSKV FLTQMNARGV KVKLDFERRP PSFYKPLDKV DLKPSFLV

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 35.430676 KDa
配列文字列: MQHPREENSI VVELEPSLAT FIKQGFNNLV KWPLLNIGIV LSNTSTAVNE EWLTAVEHIP TMKIFYKHIH KILTREMGFL VYLKRSQSE RDNYITLYDF DYYIIDKDTN SVTMVDKPTE LKETLLHVFQ EYRLKSSQTI ELIAFSSGTV INEDIVSKLT F LDVEVFNR ...文字列:
MQHPREENSI VVELEPSLAT FIKQGFNNLV KWPLLNIGIV LSNTSTAVNE EWLTAVEHIP TMKIFYKHIH KILTREMGFL VYLKRSQSE RDNYITLYDF DYYIIDKDTN SVTMVDKPTE LKETLLHVFQ EYRLKSSQTI ELIAFSSGTV INEDIVSKLT F LDVEVFNR EYNNVKTIID PDFVFRSPFI VISPMGKLTF FVEVYSWFDF KSCFKDIIDF LEGALIANIH NHMIKVGNCD ET VSSYNPE SGMLFVNDLM TMNIVNFFGC NSRLESYHRF DMTKVDVELF IKALSDACKK ILSASNRL

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 21.36574 KDa
配列文字列:
MNQYNVKYLA KILCLKTEIA RDPYAVINRN VLLRYTTDIE YNDLVTLITV RHKIDSMKTV FQVFNESSIN YTPVDDDYGE PIIITSYLQ KGHNKFPVNF LYIDVVISDL FPSFVRLDTT ETNIVNSVLQ TGDGKKTLRL PKMLETEIVV KILYRPNIPL K IVRFFRNN MVTGVEIADR SVISVAD

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 19.020088 KDa
配列文字列:
MADTDDIIDY ESDDLTEYED DEEEEEDGES LETSDIDPKS SYKIVESAST HIEDAHSNLK HIGNHISALK RRYTRRISLF EIAGIIAES YNLLQRGRLP LVSEFSDETM KQNMLHVIIQ EIEEGSCPIV IEKNGELLSV NDFDKDGLKF HLDYIIKIWK L QKRY

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 17.917195 KDa
配列文字列:
MSSFVTNGYL SVTLEPHELT LDIKTNIRNA VYKTYLHREI SGKMAKKIEI REDVELPLGE IVNNSVVINV PCVITYAYYH VGDIVRGTL NIEDESNVTI QCGDLICKLS RDSGTVSFSD SKYCFFRNGN AYDNGSEVTA VLMEAQQGIE SSFVFLANIV D S

+
分子 #7: Protein H4

分子名称: Protein H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 93.667633 KDa
配列文字列: MDSKETILIE IIPKIKAYLL DANISPKSYD DFISRNKNIF VINLYNVSTI TEEDIRLLYT TIEQNIDADD QTLVAIFSYI GYKFEQAVK EEISTSLSFN DKNTTDEMTY NLYDLFFNTL DMYLRQKKIS ILVNDDVRGD VIVSYKNSDL VSSFNAELEP E IKKIPFNM ...文字列:
MDSKETILIE IIPKIKAYLL DANISPKSYD DFISRNKNIF VINLYNVSTI TEEDIRLLYT TIEQNIDADD QTLVAIFSYI GYKFEQAVK EEISTSLSFN DKNTTDEMTY NLYDLFFNTL DMYLRQKKIS ILVNDDVRGD VIVSYKNSDL VSSFNAELEP E IKKIPFNM KNLLPYLEKN LDQLRFSKKY LDFAYLCRHI GIPISKKKYN VRYVFLYKID GLSIPIIIKD FLDVKYVYLE NT GKIYKNS FSEDHNNSLS DWGKVIIPLL KDRHLYSYIF LSSYHLHSYY TDLIARDEPV FVKRKKLDII EIDEPEAWKR DVR VEFAPC EHQIRLKEAM KVDANYFTKI NNFANEFIYY EDGVAYCRVC GINIPIFNLD AADVIKNTVI VSTFNKTIFL SEPY SYFVH SQRFIFNIIM SFDNIMKSQT WVMKYNINRL ILNFLIDINS RRQEYEKKFS SEIKRGLFFL RLSANLFESQ VSSTE LFYV SKMLNLNYIV ALVIILNSSA DFIVSYMTSK NKTVEESTLK YAISVVIYDF LVKTRICEKG SLDTIVLFTD VYTSIM PEE LDLHFQRITL ELRKLVSIQR SALEPNYDVE SRGEELPLSA LKFFDTSTII VKTMAPVHTC VEQKIVAPTP SVEPTDA SL KNFKELTCDE DIKILIRVHD TNATKLVIFP SHLKIEIERK KLIIPLKSLY ITNTLKYYYS NSYLYVFRFG DPMPFEEE L IDHEHVQYKI NCYNILRYHL LPDSDVFVYF SNSLNREALE YAFYIFLSKY VNVKQWIDEN ITRIKELYMI NFNN

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分子 #8: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 7.299715 KDa
配列文字列:
MVFQLVCSTC GKDISHERYK LIIRKKSLKD VLVSVKNECC RLKLSTQIEP QRNLTVQPLL DIN

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分子 #9: ETF large subunit

分子名称: ETF large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 82.398906 KDa
配列文字列: MRYIVSPQLV LQVGKGQEVE RALYLTPYDY IDEKSPIYYF LRSHLNIQQP EIVKRHILLT LRMTQLKGYL GNLLDIKDDI IIYSHKNNL EYSYVDNTIF NPFVYTQKKT LLKNDSFLYN VYPGACDFLV IWVARACDTS IPEFGSYEDV DNNIIKFETM L MEVFPQLD ...文字列:
MRYIVSPQLV LQVGKGQEVE RALYLTPYDY IDEKSPIYYF LRSHLNIQQP EIVKRHILLT LRMTQLKGYL GNLLDIKDDI IIYSHKNNL EYSYVDNTIF NPFVYTQKKT LLKNDSFLYN VYPGACDFLV IWVARACDTS IPEFGSYEDV DNNIIKFETM L MEVFPQLD LDITVESKFN NIFRTNLKLT GLKKIIQRVQ DLDINYKSLL SRYDEHFINM TGNHFILNDE QLNLSIWDLD GT LALSSDG DTVMINNVKL FTDLVSDIDT QMERIKGDIT YKVHLATPIN SRIKLDIETS FIFIETATNN ILLSSDKKIS IIL AKNHIS IKVKNHIPNI EKYFTFLVIA INAMFNSVQK SADFTKVETV YWSRICQNTK NKNRKPIIIN YLDPGMKKIS NNFY RSDEK EVFINDNGIM FTCMDPLGKY NKVGFLNIFH DMRKYCIPCC FLHDQSHRST FSSCVHQIDV EKKIVSPYIL NFGKV VTES KMSFLPIIFD AFLNDGMTAN MEQDNKRLKE TSGYHIVRCC AGDDIVRLRT TSDIIQFVNE DKNILIVNDM VYFPMN ASD IGKKIHILIQ EIVHEVMIVK KKESSDKIDF FPPNYKLLKD LFPKQTIQTP IQSDAGMVLT TDGFYIDGKL FNEDLSS KY VTFTKNVIAS DAVAKYFSPL FKYVISEAKD RFIKTWMINI MIHMNVDPNN IIPTLEKYYP NSGRAQIN

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分子 #11: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide

分子名称: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 29.834359 KDa
配列文字列: MENVYISSYS SNEQTSMAVA ATDIRELLSQ YVDDANLEDL IEWAMEKSSK YYIKNIGNTK SNIEETKFES KNNIGIEYSK DSRNKLSYR NKPSIATNLE YKTLCDMIKG TSGTEKEFLR YLLFGIKCIK KGVEYNIDKI KDVSYNDYFN VLDEKYNTPC P NCKSRNTT ...文字列:
MENVYISSYS SNEQTSMAVA ATDIRELLSQ YVDDANLEDL IEWAMEKSSK YYIKNIGNTK SNIEETKFES KNNIGIEYSK DSRNKLSYR NKPSIATNLE YKTLCDMIKG TSGTEKEFLR YLLFGIKCIK KGVEYNIDKI KDVSYNDYFN VLDEKYNTPC P NCKSRNTT PMMIQTRAAD EPPLVRHACR DCKQHFKPPK FRAFRNLNVT TQSIHENKEI TEILPDNNPS PPESPEPASP ID DGLIRAT FDRNDEPPED DE

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分子 #13: ATP-dependent helicase VETFS

分子名称: ATP-dependent helicase VETFS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 73.923562 KDa
配列文字列: MNTGIIDLFD NHVDSIPTIL PHQLATLDYL VRTIIDENRS VLLFHIMGSG KTIIALLFAL VASRFKKVYI LVPNINILKI FNYNMGVAM NLFNDEFIAE NIFIHSTTSF YSLNYNDNVI NYNGLSRYNN SIFIVDEAHN IFGNNTGELM TVIKNKNKIP F LLLSGSPI ...文字列:
MNTGIIDLFD NHVDSIPTIL PHQLATLDYL VRTIIDENRS VLLFHIMGSG KTIIALLFAL VASRFKKVYI LVPNINILKI FNYNMGVAM NLFNDEFIAE NIFIHSTTSF YSLNYNDNVI NYNGLSRYNN SIFIVDEAHN IFGNNTGELM TVIKNKNKIP F LLLSGSPI TNTPNTLGHI IDLMSEETID FGEIISRGKK VIQTLLNERG VNVLKDLLKG RISYYEMPDK DLPTIRYHGR KF LDTRVVY CHMSKLQERD YMITRRQLCY HEMFDKNMYN VSMAVLGQLN LMNNLDTLFQ EQDKELYPNL KINNGVLYGE ELV TLNISS KFKYFINRIQ TLNGKHFIYF SNSTYGGLVI KYIMLSNGYS EYNGSQGTNP HMINGKPKTF AIVTSKMKSS LEDL LDVYN SPENDDGSQL MFLFSSNIMS ESYTLKEVRH IWFMTIPDTF SQYNQILGRS IRKFSYADIS EPVNVYLLAA VYSDF NDEV TSLNDYTQDE LINVLPFDIK KLLYLKFKTK ETNRIYSILQ EMSETYSLPP HPSIVKVLLG ELVRQFFYNN SRIKYN DTK LLKMVTSVIK NKEDARNYID DIVNGHFFVS NKVFDKSLLY KYENDIITVP FRLSYEPFVW GVNFRKEYNV VSSP

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分子 #10: Synthetic promoter DNA oligomer, non-template strand

分子名称: Synthetic promoter DNA oligomer, non-template strand
タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 18.417867 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC) ...文字列:
(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DG)(DG)

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分子 #12: Synthetic promoter DNA oligomer, template strand

分子名称: Synthetic promoter DNA oligomer, template strand / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
分子量理論値: 18.547941 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DC)(DA) ...文字列:
(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)

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分子 #14: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #15: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE
詳細monodisperse sample prepared by sucrose gradient centrifugation

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 3 / 平均露光時間: 74.99 sec. / 平均電子線量: 78.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ric

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 181788
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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