[日本語] English
万見
- EMDB-11809: Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11809
タイトルCryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1-exosome, Dhr1-Dim1)
マップデータlocal resolution filtered map
試料
  • 複合体: 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1 sample
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / TRAMP complex / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA wobble cytosine modification / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / CUT catabolic process / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA ...mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / TRAMP complex / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA wobble cytosine modification / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / CUT catabolic process / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / 18S rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / U1 snRNA 3'-end processing / tRNA acetylation / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / box H/ACA snoRNA binding / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / RNA fragment catabolic process / exosome (RNase complex) / cytoplasmic exosome (RNase complex) / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / CURI complex / UTP-C complex / rRNA 2'-O-methylation / Noc4p-Nop14p complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / t-UTP complex / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / Mpp10 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear microtubule / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA binding / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / rRNA modification / histone H2AQ104 methyltransferase activity / septum digestion after cytokinesis / 3'-5' RNA helicase activity / tRNA re-export from nucleus / snRNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / nuclear mRNA surveillance / rRNA methyltransferase activity / rRNA catabolic process / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA folding chaperone / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D methylation guide snoRNP complex / rDNA heterochromatin / U4/U6 snRNP / positive regulation of rRNA processing / tRNA export from nucleus / poly(A) binding / single-stranded telomeric DNA binding / rRNA primary transcript binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / O-methyltransferase activity / : / rRNA base methylation / protein localization to nucleolus / SUMOylation of RNA binding proteins / U4 snRNA binding / rRNA methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / RNA catabolic process / 90S preribosome assembly / U4 snRNP / mRNA modification / U3 snoRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nonfunctional rRNA decay / poly(U) RNA binding / maturation of 5.8S rRNA / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / poly(A)+ mRNA export from nucleus / snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / rRNA metabolic process / establishment of cell polarity / mRNA catabolic process / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / positive regulation of transcription by RNA polymerase I
類似検索 - 分子機能
: / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Regulator of rDNA transcription 14 / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain ...: / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Regulator of rDNA transcription 14 / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Regular of rDNA transcription protein 14 / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / : / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor / NUC153 / Nucleolar protein 10/Enp2 / : / : / NUC153 domain / Nucleolar protein 10-like, second domain / Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain / rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / : / rRNA-processing arch domain / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Ribonuclease II family signature. / Mtr4-like, beta-barrel domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / : / Utp8, N-terminal beta propeller / Utp8, C-terminal / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / RNA cytidine acetyltransferase NAT10/TcmA, helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / GNAT acetyltransferase 2 / : / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / U3 snoRNA associated / U3 snoRNA associated / Sof1-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, C-terminal / : / : / : / : / Sof1-like domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 domain / Small subunit processome component 20 homolog, C-terminal / : / WD repeat-containing protein 75 second beta-propeller / NOL6/Upt22 / BING4, C-terminal domain / Nucleolar complex protein 4 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A ...Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Exosome complex component RRP43 / Ribosomal RNA-processing protein 7 / KRR1 small subunit processome component / Periodic tryptophan protein 2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Small ribosomal subunit protein eS1A / Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / Small ribosomal subunit protein eS27A / Ribosome biogenesis protein UTP30 / Essential nuclear protein 1 / Exosome complex component RRP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / Regulator of rDNA transcription protein 14 / Protein FAF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Exosome complex component SKI6 / ATP-dependent RNA helicase DOB1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / Ribosome biogenesis protein ENP2 / Exosome complex component MTR3 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / Exosome complex component RRP46 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / Exosome complex component CSL4 / RNA cytidine acetyltransferase / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / NET1-associated nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / rRNA biogenesis protein RRP5 / rRNA-processing protein FCF1 / Exosome complex component RRP45 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / Nucleolar complex protein 4 / Protein BFR2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / rRNA processing protein RCL1 / Exosome complex exonuclease DIS3 / Exosome complex component RRP40 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / Ribosome biogenesis protein BMS1 / rRNA-processing protein FCF2 / Something about silencing protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / Exosome complex component RRP42 / Nucleolar protein 56 / Nucleolar protein 58 / Small ribosomal subunit protein eS28A / Nucleolar complex protein 14 / Pre-rRNA-processing protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Cheng J / Lau B / Venuta GL / Berninghausen O / Beckmann R / Hurt E
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of the Maturing 90S Pre-ribosome in Association with the RNA Exosome.
著者: Benjamin Lau / Jingdong Cheng / Dirk Flemming / Giuseppe La Venuta / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Ribosome assembly is catalyzed by numerous trans-acting factors and coupled with irreversible pre-rRNA processing, driving the pathway toward mature ribosomal subunits. One decisive step early in ...Ribosome assembly is catalyzed by numerous trans-acting factors and coupled with irreversible pre-rRNA processing, driving the pathway toward mature ribosomal subunits. One decisive step early in this progression is removal of the 5' external transcribed spacer (5'-ETS), an RNA extension at the 18S rRNA that is integrated into the huge 90S pre-ribosome structure. Upon endo-nucleolytic cleavage at an internal site, A, the 5'-ETS is separated from the 18S rRNA and degraded. Here we present biochemical and cryo-electron microscopy analyses that depict the RNA exosome, a major 3'-5' exoribonuclease complex, in a super-complex with the 90S pre-ribosome. The exosome is docked to the 90S through its co-factor Mtr4 helicase, a processive RNA duplex-dismantling helicase, which strategically positions the exosome at the base of 5'-ETS helices H9-H9', which are dislodged in our 90S-exosome structures. These findings suggest a direct role of the exosome in structural remodeling of the 90S pre-ribosome to drive eukaryotic ribosome synthesis.
履歴
登録2020年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2021年2月3日-
現状2021年2月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11809.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local resolution filtered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.32 Å		1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.32 Å		1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.077466756 - 0.12347478
平均 (標準偏差)0.00076612557 (±0.0045423233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 508.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z508.320508.320508.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0770.1230.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1...

全体名称: 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1 sample
要素
  • 複合体: 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1 sample

-
超分子 #1: 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1...

超分子名称: 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1 sample
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#77
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3892
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6zqd

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る