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- EMDB-11718: Structure of post-translocated trans-translation complex on E. co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11718
タイトルStructure of post-translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
マップデータPhenix sharpened map (not masked)
試料
  • 複合体: Structure of post-translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
    • 複合体: Ribosome
      • RNA: x 3種
      • タンパク質・ペプチド: x 50種
    • 複合体: tmRNA
      • RNA: x 1種
    • 複合体: SsrA-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードTrans-translation / tmRNA / SmpB / Ribosome / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-translation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...trans-translation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / translational initiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A ...SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16
類似検索 - ドメイン・相同性
SsrA-binding protein / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 ...SsrA-binding protein / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Guyomar C / D'Urso G
資金援助 フランス, 4件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyRIBOTARGET - 18-JAM2-0005-03 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05 フランス
European Union (EU)Erasmus+ フランス
French Ministry of Armed Forces フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structures of tmRNA and SmpB as they transit through the ribosome.
著者: Charlotte Guyomar / Gaetano D'Urso / Sophie Chat / Emmanuel Giudice / Reynald Gillet /
要旨: In bacteria, trans-translation is the main rescue system, freeing ribosomes stalled on defective messenger RNAs. This mechanism is driven by small protein B (SmpB) and transfer-messenger RNA (tmRNA), ...In bacteria, trans-translation is the main rescue system, freeing ribosomes stalled on defective messenger RNAs. This mechanism is driven by small protein B (SmpB) and transfer-messenger RNA (tmRNA), a hybrid RNA known to have both a tRNA-like and an mRNA-like domain. Here we present four cryo-EM structures of the ribosome during trans-translation at resolutions from 3.0 to 3.4 Å. These include the high-resolution structure of the whole pre-accommodated state, as well as structures of the accommodated state, the translocated state, and a translocation intermediate. Together, they shed light on the movements of the tmRNA-SmpB complex in the ribosome, from its delivery by the elongation factor EF-Tu to its passage through the ribosomal A and P sites after the opening of the B1 bridges. Additionally, we describe the interactions between the tmRNA-SmpB complex and the ribosome. These explain why the process does not interfere with canonical translation.
履歴
登録2020年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月18日-
マップ公開2021年8月18日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7acr
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11718.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phenix sharpened map (not masked)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.04 Å/pix.
x 480 pix.
= 499.2 Å		1.04 Å/pix.
x 480 pix.
= 499.2 Å		1.04 Å/pix.
x 480 pix.
= 499.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-9.722369 - 21.821729999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000001304 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 499.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z499.200499.200499.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-9.72221.822-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11718_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Relion unfiltered full map

ファイルemd_11718_additional_1.map
注釈Relion unfiltered full map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Relion Multibody map of the 50S subunit, sharpened with phenix

ファイルemd_11718_additional_2.map
注釈Relion Multibody map of the 50S subunit, sharpened with phenix
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Relion Multibody map of the 30S Body domain, sharpened with phenix

ファイルemd_11718_additional_3.map
注釈Relion Multibody map of the 30S Body domain, sharpened with phenix
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Relion Multibody map of the 30S Head domain, sharpened with phenix

ファイルemd_11718_additional_4.map
注釈Relion Multibody map of the 30S Head domain, sharpened with phenix
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Relion unfiltered half map 1

ファイルemd_11718_half_map_1.map
注釈Relion unfiltered half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Relion unfiltered half map 2

ファイルemd_11718_half_map_2.map
注釈Relion unfiltered half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of post-translocated trans-translation complex on E. co...

全体名称: Structure of post-translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
要素
  • 複合体: Structure of post-translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
    • 複合体: Ribosome
      • RNA: 23S ribosomal RNA
      • RNA: 16S ribosomal RNA
      • RNA: 5S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: Nascent peptide
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • 複合体: tmRNA
      • RNA: transfer-messenger RNA (tmRNA)
    • 複合体: SsrA-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: SsrA-binding protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Structure of post-translocated trans-translation complex on E. co...

超分子名称: Structure of post-translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#55

+
超分子 #2: Ribosome

超分子名称: Ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #6-#55
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)

+
超分子 #3: tmRNA

超分子名称: tmRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #4: SsrA-binding protein

超分子名称: SsrA-binding protein / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 941.526438 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAU(1MG)(PSU)(5MU)GAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCA AU CAAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACU G UUUCGGCAAG GGGGUCAACC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACAC GGCGGG(PSU)GCU AACGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUG GGA AACGAUGUGG GAAGGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCAC UG GUCGAGUCGG CCUGCGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUU G GGUAGGGGAG CGUUCUGUAA GCCUGCGAAG GUGUGCUGUG AGGCAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUA AGUAACGAUA AAGCGGGUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUA AGGCGAGGCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG G GGACGGAG AAGGCUAUGU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AA AUCAAGG CUGAGGCGUG AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAU CAGGUA ACAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACAC(6MZ)GG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAA CUAGGCAAAA UGGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAGGUCCCU CGCGGAUGGA G CUGAAAUC AGUCGAAGAU ACCAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AU ACGGUGU GACGCCU(2MG)CC CGGUGCCGGA AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCG GUAAACGGCG GCCG(PSU)AAC(3TD)A (PSU)AACGGUCCU AAGGUAGCGA AA(5MU)UCCUUGU CGGGUAAGUU CCGA C(5MC)UGC ACGAAUGGCG UAAUGAUGGC CAGGCUGUCU CCACCCGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCGC UGUG(6MZ)AG AU GCAGUGUACC CGCGGCAAGA CGGAAAGACC CCGU(G7M)AACCU UUACUAUAGC UUGACACUGA ACAUUGAGCC UUGA UGUGU AGGAUAGGUG GGAGGCUUUG AAGUGUGGAC GCCAGUCUGC AUGGAGCCGA CCUUGAAAUA CCACCCUUUA AUGUU UGAU GUUCUAACGU UGACCCGUAA UCCGGGUUGC GGACAGUGUC UGGUGGGUAG UUUGACUG(OMG)G GCGGUCUCCU CC UAAAGAG UAACGGAGGA GCACGAAGGU UGGCUAAUCC UGGUCGGACA UCAGGAGGUU AGUGCAAUGG CAUAAGCCAG CUU GACUGC GAGCGUGACG GCGCGAGCAG GUGCGAAAGC AGGUCAUAGU GAUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUC AACGG AUAAAAGGUA CUCCG(2MG)GGAU AACAGGC(PSU)GA UACCGCCCAA GAGUUCAUAU CGACGGCGGU GUUUGGC A(OMC) CUCG(2MA)(PSU)GUCG GCUCAUCACA UCCUGGGGCU GAAGUAGGUC CCAAGGGUAU GGC(OMU)GUUCGC CA UUUAAAG UGGUACGCGA GC(PSU)GGGUUUA GAACGUCGUG AGACAGU(PSU)CG GUCCCUAUCU GCCGUGGGCG CUGGA GAAC UGAGGGGGGC UGCUCCUAGU ACGAGAGGAC CGGAGUGGAC GCAUCACUGG UGUUCGGGUU GUCAUGCCAA UGGCAC UGC CCGGUAGCUA AAUGCGGAAG AGAUAAGUGC UGAAAGCAUC UAAGCACGAA ACUUGCCCCG AGAUGAGUUC UCCCUGA CC CUUUAAGGGU CCUGAAGGAA CGUUGAAGAC GACGACGUUG AUAGGCCGGG UGUGUAAGCG CAGCGAUGCG UUGAGCUA A CCGGUACUAA UGAACCGUGA GGCUUAACCU

+
分子 #2: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 497.388969 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAAGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAAGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG CUAAUACCGC AUAACGUCGC AAGACCAAAG AGGGGGACCU UCGGGCCUCU UGCCAUCGGA UGUGCCCAGA UG GGAUUAG CUAGUAGGUG GGGUAACGGC UCACCUAGGC GACGAUCCCU AGCUGGUCUG AGAGGAUGAC CAGCCACACU GGA ACUGAG ACACGGUCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCC AUGC CGCGU GUAUGAAGAA GGCCUUCGGG UUGUAAAGUA CUUUCAGCGG GGAGGAAGGG AGUAAAGUUA AUACCUUUGC UCAUU GACG UUACCCGCAG AAGAAGCACC GGCUAACUCC G(PSU)GCCAGCAG CC(G7M)CGGUAAU ACGGAGGGUG CAAGCGUU A AUCGGAAUUA CUGGGCGUAA AGCGCACGCA GGCGGUUUGU UAAGUCAGAU GUGAAAUCCC CGGGCUCAAC CUGGGAACU GCAUCUGAUA CUGGCAAGCU UGAGUCUCGU AGAGGGGGGU AGAAUUCCAG GUGUAGCGGU GAAAUGCGUA GAGAUCUGGA GGAAUACCG GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACGAAGACU GACGCUCAGG UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUAG A UACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCGACUUGG AGGUUGUGCC CUUGAGGCGU GGCUUCCGGA GCUAACGCGU UA AGUCGAC CGCCUGGGGA GUACGGCCGC AAGGUUAAAA CUCAAAUGAA UUGACGGGGG CCCGCACAAG CGGUGGAGCA UGU GGUUUA AUUCGAU(2MG)(5MC)A ACGCGAAGAA CCUUACCUGG UCUUGACAUC CACGGAAGUU UUCAGAGAUG AGAAUG UGC CUUCGGGAAC CGUGAGACAG GUGCUGCAUG GCUGUCGUCA GCUCGUGUUG UGAAAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACG AG CGCAACCCUU AUCCUUUGUU GCCAGCGGUC CGGCCGGGAA CUCAAAGGAG ACUGCCAGUG AUAAACUGGA GGAAGGUG G GGAUGACGUC AAGUCAUCAU G(2MG)CCCUUACG ACCAGGGCUA CACACGUGCU ACAAUGGCGC AUACAAAGAG AAGCG ACCU CGCGAGAGCA AGCGGACCUC AUAAAGUGCG UCGUAGUCCG GAUUGGAGUC UGCAACUCGA CUCCAUGAAG UCGGAA UCG CUAGUAAUCG UGGAUCAGAA UGCCACGGUG AAUACGUUCC CGGGCCUUGU ACACACCG(4OC)C CGU(5MC)ACACC AUGGGAGUGG GUUGCAAAAG AAGUAGGUAG CUUAACCUUC GGGAGGGCGC UUACCACUUU GUGAUUCAUG ACUGGGGUGA AGUCG(UR3)AAC AAGGUAACCG UAGG(2MG)G(MA6)(MA6)CC UGCGGUUGGA UCA

+
分子 #3: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 38.79009 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA U

+
分子 #4: transfer-messenger RNA (tmRNA)

分子名称: transfer-messenger RNA (tmRNA) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 117.212297 KDa
配列文字列: GGGGCUGAUU CUGGAUUCGA CGGGAUUUGC GAAACCCAAG GUGCAUGCCG AGGGGCGGUU GGCCUCGUAA AAAGCCGCAA AAAAUAGUC GCAAACGACG AAAACUACGC UUUAGCAGCU UAAUAACCUG CUUAGAGCCC UCUCUCCCUA GCCUCCGCUC U UAGGACGG ...文字列:
GGGGCUGAUU CUGGAUUCGA CGGGAUUUGC GAAACCCAAG GUGCAUGCCG AGGGGCGGUU GGCCUCGUAA AAAGCCGCAA AAAAUAGUC GCAAACGACG AAAACUACGC UUUAGCAGCU UAAUAACCUG CUUAGAGCCC UCUCUCCCUA GCCUCCGCUC U UAGGACGG GGAUCAAGAG AGGUCAAACC CAAAAGAGAU CGCGUGGAAG CCCUGCCUGG GGUUGAAGCG UUAAAACUUA AU CAGGCUA GUUUGUUAGU GGCGUGUCCG UCCGCAGCUG GCAAGCGAAU GUAAAGACUG ACUAAGCAUG UAGUACCGAG GAU GUAGGA AUUUCGGACG CGGG(5MU)(PSU)CAAC (PSU)CCCGCCAGC UCCACCA

+
分子 #5: SsrA-binding protein

分子名称: SsrA-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 17.192766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SATIALNKRA RHEYFIEEEF EAGLALQGWE VKSLRAGKAN ISDSYVLLRD GEAFLFGANI TPMAVASTHV VCDPTRTRKL LLNQRELDS LYGRVNREGY TVVALSLYWK NAWCKVKIGV AKGKKQHDKR SDIKEREWQV DKARIMKNAH R

UniProtKB: SsrA-binding protein

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 8.275498 KDa
配列文字列:
TRNGRDSEAK RLGVKRFGGE SVLAGSIIVR QRGTKFHAGA NVGCGRDHTL FAKADGKVKF EVKGPKNRKF ISIEAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 29.663244 KDa
配列文字列: AVVKCKPTSP GRRHVVKVVN PELHKGKPFA PLLEKNSKSG GRNNNGRITT RHIGGGHKQA YRIVDFKRNK DGIPAVVERL EYDPNRSAN IALVLYKDGE RRYILAPKGL KAGDQIQSGV DAAIKPGNTL PMRNIPVGST VHNVEMKPGK GGQLARSAGT Y VQIVARDG ...文字列:
AVVKCKPTSP GRRHVVKVVN PELHKGKPFA PLLEKNSKSG GRNNNGRITT RHIGGGHKQA YRIVDFKRNK DGIPAVVERL EYDPNRSAN IALVLYKDGE RRYILAPKGL KAGDQIQSGV DAAIKPGNTL PMRNIPVGST VHNVEMKPGK GGQLARSAGT Y VQIVARDG AYVTLRLRSG EMRKVEADCR ATLGEVGNAE HMLRVLGKAG AARWRGVRPT VRGTAMNPVD HPHGGGEGRN FG KHPVTPW GVQTKGKKTR SNKRTDKFIV RRRS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 22.277535 KDa
配列文字列: MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE ...文字列:
MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 20.073234 KDa
配列文字列:
AKLHDYYKDE VVKKLMTEFN YNSVMQVPRV EKITLNMGVG EAIADKKLLD NAAADLAAIS GQKPLITKAR KSVAGFKIRQ GYPIGCKVT LRGERMWEFF ERLITIAVPR IRDFRGLSAK SFDGRGNYSM GVREQIIFPE IDYDKVDRVR GLDITITTTA K SDEEGRAL LAAFDFPFR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 18.672418 KDa
配列文字列:
SRVAKAPVVV PAGVDVKING QVITIKGKNG ELTRTLNDAV EVKHADNTLT FGPRDGYADG WAQAGTARAL LNSMVIGVTE GFTKKLQLV GVGYRAAVKG NVINLSLGFS HPVDHQLPAG ITAECPTQTE IVLKGADKQV IGQVAADLRA YRRPEPYKGK G VRYADEVV RTKEAKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 15.78902 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT KKNIEFFEAR RAELEAKLAE VLAAANARAE KINALETVTI ASKAGDEGK LFGSIGTRDI ADAVTAAGVE VAKSEVRLPN GVLRTTGEHE VSFQVHSEVF AKVIVNVVAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.565067 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 15.008471 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 15.327261 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV (4D4)MGKGKGNV EYWVALIQPG KVLYEMDGVP EELAREAFKL AAAKLPIKTT FVTKTVM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.592823 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 12.663471 KDa
配列文字列:
DKKSARIRRA TRARRKLQEL GATRLVVHRT PRHIYAQVIA PNGSEVLVAA STVEKAIAEQ LKYTGNKDAA AAVGKAVAER ALEKGIKDV SFDRSGFQYH GRVQALADAA REAGLQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.028082 KDa
配列文字列:
SNIIKQLEQE QMKQDVPSFR PGDTVEVKVW VVEGSKKRLQ AFEGVVIAIR NRGLHSAFTV RKISNGEGVE RVFQTHSPVV DSISVKRRG AVRKAKLYYL RERTGKAARI KERLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.396828 KDa
配列文字列:
ARVKRGVIAR ARHKKILKQA KGYYGARSRV YRVAFQAVIK AGQYAYRDRR QRKRQFRQLW IARINAAARQ NGISYSKFIN GLKKASVEI DRKILADIAV FDKVAFTALV EKAKAALA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.66156 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNLD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.208054 KDa
配列文字列:
AAKIRRDDEV IVLTGKDKGK RGKVKNVLSS GKVIVEGINL VKKHQKPVPA LNQPGGIVEK EAAIQVSNVA IFNAATGKAD RVGFRFEDG KKVRFFKSNS ETIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #26: Nascent peptide

分子名称: Nascent peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 236.267 Da
配列文字列:
FA

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 8.896354 KDa
配列文字列:
SRVCQVTGKR PVTGNNRSHA LNATKRRFLP NLHSHRFWVE SEKRFVTLRV SAKGMRVIDK KGIDTVLAEL RARGEKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 7.155267 KDa
配列文字列:
KAKELREKSV EELNTELLNL LREQFNLRMQ AASGQLQQSH LLKQVRRDVA RVKTLLNEKA GA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 6.423625 KDa
配列文字列:
AKTIKITQTR SAIGRLPKHK ATLLGLGLRR IGHTVEREDT PAIRGMINAV SFMVKVEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 7.403535 KDa
配列文字列:
MKKDIHPKYE EITASCSCGN VMKIRSTVGH DLNLDVCSKC HPFFTGKQRD VATGGRVDRF NKRFN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 6.332249 KDa
配列文字列:
AVQQNKPTRS KRGMRRSHDA LTAVTSLSVD KTSGEKHLRH HITADGYYRG RKVIAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 6.057179 KDa
配列文字列:
GIREKIKLVS SAGTGHFYTT TKNKRTKPEK LELKKFDPVV RQHVIYKEAK IK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 7.181835 KDa
配列文字列:
PKIKTVRGAA KRFKKTGKGG FKHKHANLRH ILTKKATKRK RHLRPKAMVS KGDLGLVIAC LPYA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36A

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 25.072867 KDa
配列文字列: TVSMRDMLKA GVHFGHQTRY WNPKMKPFIF GARNKVHIIN LEKTVPMFNE ALAELNKIAS RKGKILFVGT KRAASEAVKD AALSCDQFF VNHRWLGGML TNWKTVRQSI KRLKDLETQS QDGTFDKLTK KEALMRTREL EKLENSLGGI KDMGGLPDAL F VIDADHEH ...文字列:
TVSMRDMLKA GVHFGHQTRY WNPKMKPFIF GARNKVHIIN LEKTVPMFNE ALAELNKIAS RKGKILFVGT KRAASEAVKD AALSCDQFF VNHRWLGGML TNWKTVRQSI KRLKDLETQS QDGTFDKLTK KEALMRTREL EKLENSLGGI KDMGGLPDAL F VIDADHEH IAIKEANNLG IPVFAIVDTN SDPDGVDFVI PGNDDAIRAV TLYLGAVAAT VREGRSQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 23.579398 KDa
配列文字列: GQKVHPNGIR LGIVKPWNST WFANTKEFAD NLDSDFKVRQ YLTKELAKAS VSRIVIERPA KSIRVTIHTA RPGIVIGKKG EDVEKLRKV VADIAGVPAQ INIAEVRKPE LDAKLVADSI TSQLERRVMF RRAMKRAVQN AMRLGAKGIK VEVSGRLGGA E IARTEWYR ...文字列:
GQKVHPNGIR LGIVKPWNST WFANTKEFAD NLDSDFKVRQ YLTKELAKAS VSRIVIERPA KSIRVTIHTA RPGIVIGKKG EDVEKLRKV VADIAGVPAQ INIAEVRKPE LDAKLVADSI TSQLERRVMF RRAMKRAVQN AMRLGAKGIK VEVSGRLGGA E IARTEWYR EGRVPLHTLR ADIDYNTSEA HTTYGVIGVK VWIFKGEILG GMAA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 23.383002 KDa
配列文字列: ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT ...文字列:
ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT WLEVDAGKME GTFKRKPERS DLSADINEHL IVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 16.475037 KDa
配列文字列:
ELQEKLIAVN RVSKTVKGGR IFSFTALTVV GDGNGRVGFG YGKAREVPAA IQKAMEKARR NMINVALNNG TLQHPVKGVH TGSRVFMQP ASEGTGIIAG GAMRAVLEVA GVHNVLAKAY GSTNPINVVR ATIDGLENMN SPEMVAAKRG KSVEEIL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 12.125993 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMVK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 16.861523 KDa
配列文字列:
PRRRVIGQRK ILPDPKFGSE LLAKFVNILM VDGKKSTAES IVYSALETLA QRSGKSELEA FEVALENVRP TVEVKSRRVG GSTYQVPVE VRPVRRNALA MRWIVEAARK RGDKSMALRL ANELSDAAEN KGTAVKKRED VHRMAEANKA FA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 14.015361 KDa
配列文字列:
SMQDPIADML TRIRNGQAAN KAAVTMPSSK LKVAIANVLK EEGFIEDFKV EGDTKPELEL TLKYFQGKAV VESIQRVSRP GLRIYKRKD ELPKVMAGLG IAVVSTSKGV MTDRAARQAG LGGEIICYVA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 14.554882 KDa
配列文字列:
NQYYGTGRRK SSAARVFIKP GNGKIVINQR SLEQYFGRET ARMVVRQPLE LVDMVEKLDL YITVKGGGIS GQAGAIRHGI TRALMEYDE SLRSELRKAG FVTRDARQVE RKKVGLRKAR RRPQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.254041 KDa
配列文字列:
RIRIRLKAFD HRLIDQATAE IVETAKRTGA QVRGPIPLPT RKERFTVLIS PHVNKDARDQ YEIRTHLRLV DIVEPTEKTV DALMRLDLA AGVDVQISLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 12.4872 KDa
配列文字列:
RKQVSDGVAH IHASFNNTIV TITDRQGNAL GWATAGGSGF RGSRKSTPFA AQVAAERCAD AVKEYGIKNL EVMVKGPGPG RESTIRALN AAGFRITNIT DVTPIPHNGC RPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.611976 KDa
配列文字列:
ATVNQLVRKP RARKVAKSNV PALEACPQKR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VCRVRLTNGF EVTSYIGGEG HNLQEHSVIL IRGGRVK(0TD)L PGVRYHTVRG ALDCSGVKDR KQARSKYGVK RPK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 12.399458 KDa
配列文字列:
ARIAGINIPD HKHAVIALTS IYGVGKTRSK AILAAAGIAE DVKISELSEG QIDTLRDEVA KFVVEGDLRR EISMSIKRLM DLGCYRGLR HRRGLPVRGQ RTKTNARTRK GPR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 11.475364 KDa
配列文字列:
AKQSMKAREV KRVALADKYF AKRAELKAII SDVNASDEDR WNAVLKLQTL PRDSSPSRQR NRCRQTGRPH GFLRKFGLSR IKVREAAMR GEIPGLKKAS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.159621 KDa
配列文字列:
SLSTEATAKI VSEFGRDAND TGSTEVQVAL LTAQINHLQG HFAEHKKDHH SRRGLLRMVS QRRKLLDYLK RKDVARYTQL IERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.263946 KDa
配列文字列:
KIRTLQGRVV SDKMEKSIVV AIERFVKHPI YGKFIKRTTK LHVHDENNEC GIGDVVEIRE CRPLSKTKSW TLVRVVEKAV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #52: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 7.864076 KDa
配列文字列:
KFCRFTAEGV QEIDYKDIAT LKNYITESGK IVPSRITGTR AKYQRQLARA IKRARYLSLL PYTDRHQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #53: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.421018 KDa
配列文字列:
PRSLKKGPFI DLHLLKKVEK AVESGDKKPL RTWSRRSTIF PNMIGLTIAV HNGRQHVPVF VTDEMVGHKL GEFAPTRTYR GHA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #54: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 9.577268 KDa
配列文字列:
ANIKSAKKRA IQSEKARKHN ASRRSMMRTF IKKVYAAIEA GDKAAAQKAF NEMQPIVDRQ AAKGLIHKNK AARHKANLTA QINKLA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #55: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 8.392844 KDa
配列文字列:
PVIKVRENEP FDVALRRFKR SCEKAGVLAE VRRREFYEKP TTERKRAKAS AVKRHAKKLA RENARRTRLY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #56: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 212 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #57: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
5.0 mMC8H18N2O4S-KOHHepes-KOH
9.0 mMMgOACMagnesium acetate
50.0 mMKClPotassium Chloride
10.0 mMNH4ClAmonium Chloride
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 10mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot for 3.5 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11812 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 29.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: -0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 207135
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4ybb


詳細: low pass filtered to 40A
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 11059
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4ybb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7acr:
Structure of post-translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る