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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11598 | |||||||||
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タイトル | Shotgun EM of Mycobacterial protein complexes during stationary phase stress. | |||||||||
![]() | Low-pass filtered | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 27.0 Å | |||||||||
![]() | Woodward JD / Kirykowicz AM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Shotgun EM of mycobacterial protein complexes during stationary phase stress. 著者: Angela M Kirykowicz / Jeremy D Woodward / ![]() ![]() 要旨: There is little structural information about the protein complexes conferring resistance in to anti-microbial oxygen and nitrogen radicals in the phagolysosome. Here, we expose the model ...There is little structural information about the protein complexes conferring resistance in to anti-microbial oxygen and nitrogen radicals in the phagolysosome. Here, we expose the model Mycobacterium, to simulated oxidative-stress conditions and apply a shotgun EM method for the structural detection of the resulting protein assemblies. We identified: glutamine synthetase I, essential for virulence; bacterioferritin A, critical for iron regulation; aspartyl aminopeptidase M18, a protease; and encapsulin, which produces a cage-like structure to enclose cargo proteins. After further investigation, we found that encapsulin carries dye-decolourising peroxidase, a protein antioxidant, as its primary cargo under the conditions tested. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 46.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 240.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 239.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Low-pass filtered | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Encapsulin containing DyP peroxidase cargo protein.
全体 | 名称: Encapsulin containing DyP peroxidase cargo protein. |
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要素 |
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-超分子 #1: Encapsulin containing DyP peroxidase cargo protein.
超分子 | 名称: Encapsulin containing DyP peroxidase cargo protein. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: produced by Mycobacterium smegmatis under stationary phase stress |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 1.9 MDa |
-分子 #1: Encapsulin
分子 | 名称: Encapsulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MNNLYRDLAP ITESAWAEIE LEATRTFKRH IAGRRVVDVS GPNGPTTASV STGHLLDVSP PGDGVIAHLR DAKPLVRLRV PFTVARRDID DVERGSQDSD WDPVKDAAKK LAFVEDRAIF EGYAAASIEG IRSSSSNPAL ALPDDAREIP DVIAQALSEL RLAGVDGPYS ...文字列: MNNLYRDLAP ITESAWAEIE LEATRTFKRH IAGRRVVDVS GPNGPTTASV STGHLLDVSP PGDGVIAHLR DAKPLVRLRV PFTVARRDID DVERGSQDSD WDPVKDAAKK LAFVEDRAIF EGYAAASIEG IRSSSSNPAL ALPDDAREIP DVIAQALSEL RLAGVDGPYS VLLSAETYTK VSETTAHGYP IREHINRLVD GEIIWAPAID GAFVLSTRGG DFDLQLGTDV SIGYLSHDAE VVHLYMEETM TFLCYTAEAS VALTP |
-分子 #2: DyP-peroxidase
分子 | 名称: DyP-peroxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dye decolorizing peroxidase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MPAPQPQPVL APLTPAAVFL VATIDEGQEA TVYDALPDIS GLVRAIGFRD PAKRLSAITS IGSDAWDRLF SGPRPAELHP FREIDGGRHH APATPGDLLF HLRAESMDVC FELATKLVEA MSGAITIVDE THGFRFFDNR DLMGFVDGTE NPDGNLAVVA TQIGDEDPDF ...文字列: MPAPQPQPVL APLTPAAVFL VATIDEGQEA TVYDALPDIS GLVRAIGFRD PAKRLSAITS IGSDAWDRLF SGPRPAELHP FREIDGGRHH APATPGDLLF HLRAESMDVC FELATKLVEA MSGAITIVDE THGFRFFDNR DLMGFVDGTE NPDGNLAVVA TQIGDEDPDF AGGCYVHVQK YLHDMASWNS LSVEEQERVI GRTKLDDIEL DDDVKPANSH VALNVIEDED GNELKIIRHN MPFGEIGKGE FGTYYIGYSR TPSVTERMLD NMFIGDPPGN TDRILDFSTA ITGGLFFTPT VDFLDDPPPL PSEDDRAEPA SAPSADPVHT DGSLGIGSLK GTR |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate | |||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.1 kPa | |||||||||
詳細 | Partially fractionated cell lysate |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 181 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |