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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11597 | |||||||||
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タイトル | Shotgun EM of Mycobacterial protein complexes during stationary phase stress. | |||||||||
![]() | Low-pass filtered according to FSC | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
![]() | Woodward JD / Kirykowicz AM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Shotgun EM of mycobacterial protein complexes during stationary phase stress. 著者: Angela M Kirykowicz / Jeremy D Woodward / ![]() ![]() 要旨: There is little structural information about the protein complexes conferring resistance in to anti-microbial oxygen and nitrogen radicals in the phagolysosome. Here, we expose the model ...There is little structural information about the protein complexes conferring resistance in to anti-microbial oxygen and nitrogen radicals in the phagolysosome. Here, we expose the model Mycobacterium, to simulated oxidative-stress conditions and apply a shotgun EM method for the structural detection of the resulting protein assemblies. We identified: glutamine synthetase I, essential for virulence; bacterioferritin A, critical for iron regulation; aspartyl aminopeptidase M18, a protease; and encapsulin, which produces a cage-like structure to enclose cargo proteins. After further investigation, we found that encapsulin carries dye-decolourising peroxidase, a protein antioxidant, as its primary cargo under the conditions tested. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 861.9 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 3.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 43.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Low-pass filtered according to FSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Encapsulin
全体 | 名称: Encapsulin |
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要素 |
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-超分子 #1: Encapsulin
超分子 | 名称: Encapsulin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: produced by Mycobacterium smegmatis under stationary phase stress |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 1.7 MDa |
-分子 #1: Encapsulin
分子 | 名称: Encapsulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MNNLYRDLAP ITESAWAEIE LEATRTFKRH IAGRRVVDVS GPNGPTTASV STGHLLDVSP PGDGVIAHLR DAKPLVRLRV PFTVARRDID DVERGSQDSD WDPVKDAAKK LAFVEDRAIF EGYAAASIEG IRSSSSNPAL ALPDDAREIP DVIAQALSEL RLAGVDGPYS ...文字列: MNNLYRDLAP ITESAWAEIE LEATRTFKRH IAGRRVVDVS GPNGPTTASV STGHLLDVSP PGDGVIAHLR DAKPLVRLRV PFTVARRDID DVERGSQDSD WDPVKDAAKK LAFVEDRAIF EGYAAASIEG IRSSSSNPAL ALPDDAREIP DVIAQALSEL RLAGVDGPYS VLLSAETYTK VSETTAHGYP IREHINRLVD GEIIWAPAID GAFVLSTRGG DFDLQLGTDV SIGYLSHDAE VVHLYMEETM TFLCYTAEAS VALTP |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate | |||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.1 kPa | |||||||||
詳細 | Partially fractionated cell lysate |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 181 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |