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- EMDB-11596: Shotgun EM of Mycobacterial protein complexes during stationary p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11596
タイトルShotgun EM of Mycobacterial protein complexes during stationary phase stress
マップデータ
試料
  • 複合体: Bacterioferritin A
    • タンパク質・ペプチド: Bacterioferritin A
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Woodward JD / Kirykowicz AM
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Science and Technology Funding CouncilST/R002754/1 英国
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Shotgun EM of mycobacterial protein complexes during stationary phase stress.
著者: Angela M Kirykowicz / Jeremy D Woodward /
要旨: There is little structural information about the protein complexes conferring resistance in to anti-microbial oxygen and nitrogen radicals in the phagolysosome. Here, we expose the model ...There is little structural information about the protein complexes conferring resistance in to anti-microbial oxygen and nitrogen radicals in the phagolysosome. Here, we expose the model Mycobacterium, to simulated oxidative-stress conditions and apply a shotgun EM method for the structural detection of the resulting protein assemblies. We identified: glutamine synthetase I, essential for virulence; bacterioferritin A, critical for iron regulation; aspartyl aminopeptidase M18, a protease; and encapsulin, which produces a cage-like structure to enclose cargo proteins. After further investigation, we found that encapsulin carries dye-decolourising peroxidase, a protein antioxidant, as its primary cargo under the conditions tested.
履歴
登録2020年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2021年7月21日-
現状2021年7月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0377
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0377
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11596.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.11 Å/pix.
x 120 pix.
= 253.2 Å		2.11 Å/pix.
x 120 pix.
= 253.2 Å		2.11 Å/pix.
x 120 pix.
= 253.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0377 / ムービー #1: 0.0377
最小 - 最大-0.039228242 - 0.10079287
平均 (標準偏差)0.0017257717 (±0.013410742)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 253.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.112.112.11
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z253.200253.200253.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.0390.1010.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacterioferritin A

全体名称: Bacterioferritin A
要素
  • 複合体: Bacterioferritin A
    • タンパク質・ペプチド: Bacterioferritin A

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超分子 #1: Bacterioferritin A

超分子名称: Bacterioferritin A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: produced by Mycobacterium smegmatis under stationary phase stress
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 440 KDa

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分子 #1: Bacterioferritin A

分子名称: Bacterioferritin A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列:
MQGDPDVLKL LNEQLTSELT AINQYFLHSK MQDNWGFTEL AEHTRAESFE EMRHAETITD RILLLDGLPN YQRLFSLRVG QTLREQFEAD LAIEYEVLER LKPGIVLCRE KQDATSARLL EQILADEETH IDYLETQLQL MDKLGDALYA AQCVSRPPGS A

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3TRIS-HCl
300.0 mMNaClSodium Chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate
グリッドモデル: Homemade / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.1 kPa
詳細Partially fractionated cell lysate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 139 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The images were assessed for drift and astigmatism. No CTF correction was applied.
粒子像選択選択した数: 2941
詳細: Laplacian of Gaussian Autopicking was used with a wide diameter range 10 nm - 30 nm to select a large number of different particles. These were 2D classified and sorted.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was generated by stochastic gradient descent.
最終 再構成使用したクラス数: 6 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 551
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 60 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Classes belonging to this particle were sorted using SLICEM and selected.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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