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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11592 | |||||||||
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タイトル | 3D cryoEM map of ex vivo Ena1 from Bacillus cereus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Endospore appendages core / Endospore appendages / DUF3992 domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | |||||||||
データ登録者 | Pradhan B / Sleutel M / Liedtke J / Lindback T / Llarena AK / Brynildsrud O / Aspholm M / Remaut H | |||||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Endospore Appendages: a novel pilus superfamily from the endospores of pathogenic Bacilli. 著者: Brajabandhu Pradhan / Janine Liedtke / Mike Sleutel / Toril Lindbäck / Ephrem Debebe Zegeye / Kristin O Sullivan / Ann-Katrin Llarena / Ola Brynildsrud / Marina Aspholm / Han Remaut / 要旨: Bacillus cereus sensu lato is a group of Gram-positive endospore-forming bacteria with high ecological diversity. Their endospores are decorated with micrometer-long appendages of unknown identity ...Bacillus cereus sensu lato is a group of Gram-positive endospore-forming bacteria with high ecological diversity. Their endospores are decorated with micrometer-long appendages of unknown identity and function. Here, we isolate endospore appendages (Enas) from the food poisoning outbreak strain B. cereus NVH 0075-95 and find proteinaceous fibers of two main morphologies: S- and L-Ena. By using cryoEM and 3D helical reconstruction of S-Enas, we show these to represent a novel class of Gram-positive pili. S-Enas consist of single domain subunits with jellyroll topology that are laterally stacked by β-sheet augmentation. S-Enas are longitudinally stabilized by disulfide bonding through N-terminal connector peptides that bridge the helical turns. Together, this results in flexible pili that are highly resistant to heat, drought, and chemical damage. Phylogenomic analysis reveals a ubiquitous presence of the ena-gene cluster in the B. cereus group, which include species of clinical, environmental, and food importance. We propose Enas to represent a new class of pili specifically adapted to the harsh conditions encountered by bacterial spores. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Bacillus endospore appendages form a novel family of disulfide-linked pili 著者: Pradhan B / Liedtke J / Sleutel M / Lindback T / Llarena AK / Brynildsrud O / Aspholm M / Remaut H | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11592.map.gz | 14.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11592-v30.xml emd-11592.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11592_fsc.xml | 7.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11592.png | 137.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11592 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11592 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11592_validation.pdf.gz | 282.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11592_full_validation.pdf.gz | 281.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11592_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11592_validation.cif.gz | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11592 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11592 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ex vivo S-type Ena
全体 | 名称: Ex vivo S-type Ena |
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要素 |
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-超分子 #1: Ex vivo S-type Ena
超分子 | 名称: Ex vivo S-type Ena / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus cereus (バクテリア) / 株: NVH 0075-95 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2000 / 平均電子線量: 62.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 60000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |