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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11591 | |||||||||
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タイトル | Bacillus endospore appendages form a novel family of disulfide-linked pili | |||||||||
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機能・相同性 | Endospore appendages core / Endospore appendages / DUF3992 domain-containing protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
![]() | Pradhan B / Liedtke J / Sleutel M / Lindback T / Llarena AK / Brynildsrud O / Aspholm M / Remaut H | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Endospore Appendages: a novel pilus superfamily from the endospores of pathogenic Bacilli. 著者: Brajabandhu Pradhan / Janine Liedtke / Mike Sleutel / Toril Lindbäck / Ephrem Debebe Zegeye / Kristin O Sullivan / Ann-Katrin Llarena / Ola Brynildsrud / Marina Aspholm / Han Remaut / ![]() ![]() 要旨: Bacillus cereus sensu lato is a group of Gram-positive endospore-forming bacteria with high ecological diversity. Their endospores are decorated with micrometer-long appendages of unknown identity ...Bacillus cereus sensu lato is a group of Gram-positive endospore-forming bacteria with high ecological diversity. Their endospores are decorated with micrometer-long appendages of unknown identity and function. Here, we isolate endospore appendages (Enas) from the food poisoning outbreak strain B. cereus NVH 0075-95 and find proteinaceous fibers of two main morphologies: S- and L-Ena. By using cryoEM and 3D helical reconstruction of S-Enas, we show these to represent a novel class of Gram-positive pili. S-Enas consist of single domain subunits with jellyroll topology that are laterally stacked by β-sheet augmentation. S-Enas are longitudinally stabilized by disulfide bonding through N-terminal connector peptides that bridge the helical turns. Together, this results in flexible pili that are highly resistant to heat, drought, and chemical damage. Phylogenomic analysis reveals a ubiquitous presence of the ena-gene cluster in the B. cereus group, which include species of clinical, environmental, and food importance. We propose Enas to represent a new class of pili specifically adapted to the harsh conditions encountered by bacterial spores. #1: ![]() タイトル: Bacillus endospore appendages form a novel family of disulfide-linked pili 著者: Pradhan B / Liedtke J / Sleutel M / Lindback T / Llarena AK / Brynildsrud O / Aspholm M / Remaut H | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 13.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 60.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.784 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Ena1B
全体 | 名称: Ena1B |
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要素 |
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-超分子 #1: Ena1B
超分子 | 名称: Ena1B / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: In vitro assembled Bacillus endospore appendage comprising the subunit Ena1B |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: DUF3992 domain-containing protein
分子 | 名称: DUF3992 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 23 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.162675 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGNCSTNLSC CANGQKTIVQ DKVCIDWTAA ATAAIIYADN ISQDIYASGY LKVDTGTGPV TIVFYSGGVT GTAVETIVVA TGSSASFTV RRFDTVTILG TAAAETGEFC MTIRYTLS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 構成要素 - 式: H2O |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3000 / 平均電子線量: 64.66 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 60000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 27.4 |
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得られたモデル | ![]() PDB-7a02: |