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- EMDB-11591: Bacillus endospore appendages form a novel family of disulfide-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11591
タイトルBacillus endospore appendages form a novel family of disulfide-linked pili
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Ena1B
    • タンパク質・ペプチド: DUF3992 domain-containing protein
キーワードPilli / Endospore / Gram-Positive / Helical reconstruction / Disulphide bridge / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性Endospore appendages core / Endospore appendages / DUF3992 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Pradhan B / Liedtke J
資金援助 ベルギー, 1件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0818N ベルギー
引用
ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Endospore Appendages: a novel pilus superfamily from the endospores of pathogenic Bacilli.
著者: Brajabandhu Pradhan / Janine Liedtke / Mike Sleutel / Toril Lindbäck / Ephrem Debebe Zegeye / Kristin O Sullivan / Ann-Katrin Llarena / Ola Brynildsrud / Marina Aspholm / Han Remaut /
要旨: Bacillus cereus sensu lato is a group of Gram-positive endospore-forming bacteria with high ecological diversity. Their endospores are decorated with micrometer-long appendages of unknown identity ...Bacillus cereus sensu lato is a group of Gram-positive endospore-forming bacteria with high ecological diversity. Their endospores are decorated with micrometer-long appendages of unknown identity and function. Here, we isolate endospore appendages (Enas) from the food poisoning outbreak strain B. cereus NVH 0075-95 and find proteinaceous fibers of two main morphologies: S- and L-Ena. By using cryoEM and 3D helical reconstruction of S-Enas, we show these to represent a novel class of Gram-positive pili. S-Enas consist of single domain subunits with jellyroll topology that are laterally stacked by β-sheet augmentation. S-Enas are longitudinally stabilized by disulfide bonding through N-terminal connector peptides that bridge the helical turns. Together, this results in flexible pili that are highly resistant to heat, drought, and chemical damage. Phylogenomic analysis reveals a ubiquitous presence of the ena-gene cluster in the B. cereus group, which include species of clinical, environmental, and food importance. We propose Enas to represent a new class of pili specifically adapted to the harsh conditions encountered by bacterial spores.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Bacillus endospore appendages form a novel family of disulfide-linked pili
著者: Pradhan B / Liedtke J / Sleutel M / Lindback T / Llarena AK / Brynildsrud O / Aspholm M / Remaut H
履歴
登録2020年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月28日-
マップ公開2021年4月28日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7a02
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7a02
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11591.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11591.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 14.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.78 Å/pix.
x 152 pix.
= 119.168 Å		0.78 Å/pix.
x 152 pix.
= 119.168 Å		0.78 Å/pix.
x 167 pix.
= 130.928 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.784 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.65 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-5.84897 - 8.823653
平均 (標準偏差)0.000000000009953 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin746674
サイズ152167152
Spacing152152167
セルA: 119.168 Å / B: 119.168 Å / C: 130.928 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.7840.7840.784
M x/y/z152152167
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z119.168119.168130.928
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ747466
NX/NY/NZ152152167
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS667474
NC/NR/NS167152152
D min/max/mean-5.8498.8240.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ena1B

全体名称: Ena1B
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Ena1B
    • タンパク質・ペプチド: DUF3992 domain-containing protein

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超分子 #1: Ena1B

超分子名称: Ena1B / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: In vitro assembled Bacillus endospore appendage comprising the subunit Ena1B
由来(天然)生物種: Bacillus cereus (バクテリア) / 株: NVH 0075-95 / Organelle: endospore appendage

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分子 #1: DUF3992 domain-containing protein

分子名称: DUF3992 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 23 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus cereus (バクテリア)
分子量理論値: 12.162675 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGNCSTNLSC CANGQKTIVQ DKVCIDWTAA ATAAIIYADN ISQDIYASGY LKVDTGTGPV TIVFYSGGVT GTAVETIVVA TGSSASFTV RRFDTVTILG TAAAETGEFC MTIRYTLS

UniProtKB: DUF3992 domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 式: H2O
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3000 / 平均電子線量: 64.66 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 60000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 32.3504 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 3.43721 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 65466
Segment selection選択した数: 100495 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 27.4
得られたモデル

PDB-7a02:
Bacillus endospore appendages form a novel family of disulfide-linked pili

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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