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- EMDB-11456: EDF1-ribosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11456
タイトルEDF1-ribosome complex
マップデータMap of EDF1 bound to 80S ribosomes, (local resolution filtered).
試料
  • 複合体: EDF1-ribosome complex
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 35種
  • リガンド: x 2種
キーワードtranslation / frameshifting / collision / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial cell differentiation / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of gastrulation / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway ...endothelial cell differentiation / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of gastrulation / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase inhibitor activity / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / nucleolus organization / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / translation at postsynapse / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / mammalian oogenesis stage / supercoiled DNA binding / activation-induced cell death of T cells / neural crest cell differentiation / NF-kappaB complex / oxidized purine DNA binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / translation at presynapse / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / negative regulation of phagocytosis / rRNA modification in the nucleus and cytosol / positive regulation of DNA binding / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / protein kinase A binding / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / pigmentation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of activated T cell proliferation / fibroblast growth factor binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / monocyte chemotaxis / negative regulation of translational frameshifting / Protein hydroxylation / BH3 domain binding / TOR signaling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / TFIID-class transcription factor complex binding / regulation of cell division / mTORC1-mediated signalling / T cell proliferation involved in immune response / Peptide chain elongation / iron-sulfur cluster binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of lipid metabolic process / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Viral mRNA Translation / photoreceptor outer segment / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / phagocytic cup / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / erythrocyte development / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / regulation of translational fidelity / transcription regulator inhibitor activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Protein methylation / spindle assembly / positive regulation of phagocytosis / ribosomal small subunit export from nucleus / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / positive regulation of cell cycle / translation initiation factor binding / signaling adaptor activity / gastrulation
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2H2, LYAR-type / Cell growth-regulating nucleolar protein / LYAR-type C2HC zinc finger / Zinc finger C2HC LYAR-type profile. / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Multiprotein bridging factor 1, N-terminal / Multiprotein bridging factor 1 / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins ...Zinc finger, C2H2, LYAR-type / Cell growth-regulating nucleolar protein / LYAR-type C2HC zinc finger / Zinc finger C2HC LYAR-type profile. / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Multiprotein bridging factor 1, N-terminal / Multiprotein bridging factor 1 / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family
類似検索 - ドメイン・相同性
Endothelial differentiation-related factor 1 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...Endothelial differentiation-related factor 1 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Cell growth-regulating nucleolar protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Best KM / Denk T
資金援助 ドイツ, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: EDF1 coordinates cellular responses to ribosome collisions.
著者: Niladri K Sinha / Alban Ordureau / Katharina Best / James A Saba / Boris Zinshteyn / Elayanambi Sundaramoorthy / Amit Fulzele / Danielle M Garshott / Timo Denk / Matthias Thoms / Joao A Paulo ...著者: Niladri K Sinha / Alban Ordureau / Katharina Best / James A Saba / Boris Zinshteyn / Elayanambi Sundaramoorthy / Amit Fulzele / Danielle M Garshott / Timo Denk / Matthias Thoms / Joao A Paulo / J Wade Harper / Eric J Bennett / Roland Beckmann / Rachel Green /
要旨: Translation of aberrant mRNAs induces ribosomal collisions, thereby triggering pathways for mRNA and nascent peptide degradation and ribosomal rescue. Here we use sucrose gradient fractionation ...Translation of aberrant mRNAs induces ribosomal collisions, thereby triggering pathways for mRNA and nascent peptide degradation and ribosomal rescue. Here we use sucrose gradient fractionation combined with quantitative proteomics to systematically identify proteins associated with collided ribosomes. This approach identified Endothelial differentiation-related factor 1 (EDF1) as a novel protein recruited to collided ribosomes during translational distress. Cryo-electron microscopic analyses of EDF1 and its yeast homolog Mbf1 revealed a conserved 40S ribosomal subunit binding site at the mRNA entry channel near the collision interface. EDF1 recruits the translational repressors GIGYF2 and EIF4E2 to collided ribosomes to initiate a negative-feedback loop that prevents new ribosomes from translating defective mRNAs. Further, EDF1 regulates an immediate-early transcriptional response to ribosomal collisions. Our results uncover mechanisms through which EDF1 coordinates multiple responses of the ribosome-mediated quality control pathway and provide novel insights into the intersection of ribosome-mediated quality control with global transcriptional regulation.
履歴
登録2020年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月19日-
マップ公開2020年8月19日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zvh
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zvh
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11456.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11456.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of EDF1 bound to 80S ribosomes, (local resolution filtered).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 423.6 Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 423.6 Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 423.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.06447853 - 0.33240378
平均 (標準偏差)0.0030061456 (±0.016341811)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z423.600423.600423.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0640.3320.003

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11456_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Post processed map, bFactor -30

ファイルemd_11456_additional.map
注釈Post processed map, bFactor -30
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of the 3D refinement

ファイルemd_11456_half_map_1.map
注釈Half map 2 of the 3D refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of the 3D refinement

ファイルemd_11456_half_map_2.map
注釈Half map 1 of the 3D refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : EDF1-ribosome complex

全体名称: EDF1-ribosome complex
要素
  • 複合体: EDF1-ribosome complex
    • RNA: 18S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein SA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3a
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4, X isoform
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29
    • タンパク質・ペプチド: Receptor of activated protein C kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15a
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
    • RNA: E-site tRNA
    • タンパク質・ペプチド: Cell growth-regulating nucleolar protein
    • タンパク質・ペプチド: Endothelial differentiation-related factor 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: EDF1-ribosome complex

超分子名称: EDF1-ribosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#37
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 561.308438 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC CACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC CACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC UAAUACAUGC CGACGGGCGC UGACCCCCUU CGCGGGGGGG AUGCGUGCAU UUAUCAGUGG UGACUCUAGA UA ACCUCGG GCCGAUCGCA CGCCCCCCGU GGCGGCGACG ACCCAUUCGA ACGUCUGCCC UAUCAACUUU CGAUGGUAGU CGC CGUGCC UACCAUGGUG ACCACGGGUG ACGGGGAAUC AGGGUUCGAU UCCGGAGAGG GAGCCUGAGA AACGGCUACC ACAU CCAAG GAAGGCAGCA GGCGCGCAAA UUACCCACUC CCGACCCGGG GAGGUAGUGA CGAAAAAUAA CAAUACAGGA CUCUU UCGA GGCCCUGUAA UUGGAAUGAG UCCACUUUAA AUCCUUCCGC GAGGAUCCAU UGGAGGGCAA GUCUGGUGCC AGCAGC CGC GGUAAUUCCA GCUCCAAUAG CGUAUAUUAA AGUUGCUGCA GUUAAAAAGC UCGUAGUUGG AUCUUGGGAG CGGGCGU CC CCGCCCUCUC GGCCGGGGCC CGAAGCAUUU ACUUUGAAAA AAUUAGAGUG UUCAAAGCAG GCCCGAGCCG CCUGGAUA C CGCAGCUAGG AAUAAUGGAA UAGGACCGCG GUUCUAUUUU GUUGGUUUUC GGAACUGAGG CCAUGAUUAA GAGGGACGG CCGGGGGCAU UCGUAUUGCG CCGCUAGAGG UGAAAUUCUU GGACCGGCGC AAGACGGACC AGAGCGAAAG CAUUUGCCAA GAAUGUUUU CAUUAAUCAA GAACGAAAGU CGGAGGUUCG AAGACGAUCA GAUACCGUCG UAGUUCCGAC CAUAAACGAU G CCGACUGG CGAUGCGGCG GCGUUAUUCC CAUGACCCGC CGGGCAGCUU CCGGGAAACC AAAGUCUUUG GGUUCCGGGG GG AGUAUGG UUGCAAAGCU GAAACUUAAA GGAAUUGACG GAAGGGCACC ACCAGGAGUG GAGCCUGCGG CUUAAUUUGA CUC AACACG GGAAACCUCA CCCGGCCCGG ACACGGACAG GAUUGACAGA UUGAUAGCUC UUUCUCGAUU CCGUGGGUGG UGGU GCAUG GCCGUUCUUA GUUGGUGGAG CGAUUUGUCU GGUUAAUUCC GAUAACGAAC GAGACUCUGG CAUGCUAACU AGUUA CGCG ACCCCCGAGC GGUCGGCGUC CCCCAACUUC UUAGAGGGAC AAGUGGCGUU CAGCCACCCG AGAUUGAGCA AUAACA GGU CUGUGAUGCC CUUAGAUGUC CGGGGCUGCA CGCGCGCUAC ACUGACUGGC UCAGCGUGUG CCUACCCUAC GCCGGCA GG CGCGGGUAAC CCGUUGAACC CCAUUCGUGA UGGGGAUCGG GGAUUGCAAU UAUUCCCCAU GAACGAGGAA UUCCCAGU A AGUGCGGGUC AUAAGCUUGC GUUGAUUAAG UCCCUGCCCU UUGUACACAC CGCCCGUCGC UACUACCGAU UGGAUGGUU UAGUGAGGCC CUCGGAUCGG CCCCGCCGGG GUCGGCCCAC GGCCCUGGCG GAGCGCUGAG AAGACGGUCG AACUUGACUA UCUAGAGGA AGUAAAAGUC GUAACAAGGU UUCCGUAGGU GAACCUGCGG AAGGAUCAUU A

+
分子 #35: E-site tRNA

分子名称: E-site tRNA / タイプ: rna / ID: 35 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.004262 KDa
配列文字列:
UCCGAUAUAG CGUAACGGCU AUCACAUCAC GCUUUCACCG UGGAGACCGG GGUUCGACUC CCCGUAUCGG AGCCA

+
分子 #2: 40S ribosomal protein SA

分子名称: 40S ribosomal protein SA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.774365 KDa
配列文字列: GALDVLQMKE EDVLKFLAAG THLGGTNLDF QMEQYIYKRK SDGIYIINLK RTWEKLLLAA RAIVAIENPA DVSVISSRNT GQRAVLKFA AATGATPIAG RFTPGTFTNQ IQAAFREPRL LVVTDPRADH QPLTEASYVN LPTIALCNTD SPLRYVDIAI P CNNKGAHS ...文字列:
GALDVLQMKE EDVLKFLAAG THLGGTNLDF QMEQYIYKRK SDGIYIINLK RTWEKLLLAA RAIVAIENPA DVSVISSRNT GQRAVLKFA AATGATPIAG RFTPGTFTNQ IQAAFREPRL LVVTDPRADH QPLTEASYVN LPTIALCNTD SPLRYVDIAI P CNNKGAHS VGLMWWMLAR EVLRMRGTIS REHPWEVMPD LYFYRDPEEI EKEEQAAAEK AVT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S3a

分子名称: 40S ribosomal protein S3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.002061 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.172561 KDa
配列文字列: MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV ...文字列:
MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV DTAVRHVLLR QGVLGIKVKI MLPWDPTGKI GPKKPLPDHV SIVEPKDEIL PTTPISEQK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S4, X isoform

分子名称: 40S ribosomal protein S4, X isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.523674 KDa
配列文字列: ARGPKKHLKR VAAPKHWMLD KLTGVFAPRP STGPHKLREC LPLIIFLRNR LKYALTGDEV KKICMQRFIK IDGKVRTDIT YPAGFMDVI SIDKTGENFR LIYDTKGRFA VHRITPEEAK YKLCKVRKIF VGTKGIPHLV THDARTIRYP DPLIKVNDTI Q IDLETGKI ...文字列:
ARGPKKHLKR VAAPKHWMLD KLTGVFAPRP STGPHKLREC LPLIIFLRNR LKYALTGDEV KKICMQRFIK IDGKVRTDIT YPAGFMDVI SIDKTGENFR LIYDTKGRFA VHRITPEEAK YKLCKVRKIF VGTKGIPHLV THDARTIRYP DPLIKVNDTI Q IDLETGKI TDFIKFDTGN LCMVTGGANL GRIGVITNRE RHPGSFDVVH VKDANGNSFA TRLSNIFVIG KGNKPWISLP RG KGIRLTI AEERDKRLAA KQSSG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S5

分子名称: 40S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.327723 KDa
配列文字列: DIKLFGKWST DDVQINDISL QDYIAVKEKY AKYLPHSAGR YAAKRFRKAQ CPIVERLTNS MMMHGRNNGK KLMTVRIVKH AFEIIHLLT GENPLQVLVN AIINSGPRED STRIGRAGTV RRQAVDVSPL RRVNQAIWLL CTGAREAAFR NIKTIAECLA D ELINAAKG ...文字列:
DIKLFGKWST DDVQINDISL QDYIAVKEKY AKYLPHSAGR YAAKRFRKAQ CPIVERLTNS MMMHGRNNGK KLMTVRIVKH AFEIIHLLT GENPLQVLVN AIINSGPRED STRIGRAGTV RRQAVDVSPL RRVNQAIWLL CTGAREAAFR NIKTIAECLA D ELINAAKG SSNSYAIKKK DELERVAKSN R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.603229 KDa
配列文字列: SAKIVKPNGE KPDEFESGIS QALLELEMNS DLKAQLRELN ITAAKEIEVG GGRKAIIIFV PVPQLKSFQK IQVRLVRELE KKFSGKHVV FIAQRRILPK PTRKSRTKNK QKRPRSRTLT AVHDAILEDL VFPSEIVGKR IRVKLDGSRL IKVHLDKAQQ N NVEHKVET ...文字列:
SAKIVKPNGE KPDEFESGIS QALLELEMNS DLKAQLRELN ITAAKEIEVG GGRKAIIIFV PVPQLKSFQK IQVRLVRELE KKFSGKHVV FIAQRRILPK PTRKSRTKNK QKRPRSRTLT AVHDAILEDL VFPSEIVGKR IRVKLDGSRL IKVHLDKAQQ N NVEHKVET FSGVYKKLTG KDVNFEFPEF Q

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.003012 KDa
配列文字列: GISRDNWHKR RKTGGKRKPY HKKRKYELGR PAANTKIGPR RIHTVRVRGG NKKYRALRLD VGNFSWGSEC CTRKTRIIDV VYNASNNEL VRTKTLVKNC IVLIDSTPYR QWYESHYALP LGRKKGAKLT PEEEEILNKK RSKKIQKKYD ERKKNAKISS L LEEQFQQG ...文字列:
GISRDNWHKR RKTGGKRKPY HKKRKYELGR PAANTKIGPR RIHTVRVRGG NKKYRALRLD VGNFSWGSEC CTRKTRIIDV VYNASNNEL VRTKTLVKNC IVLIDSTPYR QWYESHYALP LGRKKGAKLT PEEEEILNKK RSKKIQKKYD ERKKNAKISS L LEEQFQQG KLLACIASRP GQCGRADGYV LEGKELEFYL RKIKARKG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S10

分子名称: 40S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.773953 KDa
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS10

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S11

分子名称: 40S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.785971 KDa
配列文字列:
ADIQTERAYQ KQPTIFQNKK RVLLGETGKE KLPRYYKNIG LGFKTPKEAI EGTYIDKKCP FTGNVSIRGR ILSGVVTKMK MQRTIVIRR DYLHYIRKYN RFEKRHKNMS VHLSPCFRDV QIGDIVTVGE CRPLSKTVRF NVLKVTKAAG TKKQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S15

分子名称: 40S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.156846 KDa
配列文字列:
RTFRKFTYRG VDLDQLLDMS YEQLMQLYSA RQRRRLNRGL RRKQHSLLKR LRKAKKEAPP MEKPEVVKTH LRDMIILPEM VGSMVGVYN GKTFNQVEIK PEMIGHYLGE FSITYKPVKH GRPGIGATHS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S16

分子名称: 40S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.249062 KDa
配列文字列:
SKGPLQSVQV FGRKKTATAV AHCKRGNGLI KVNGRPLEMI EPRTLQYKLL EPVLLLGKER FAGVDIRVRV KGGGHVAQIY AIRQSISKA LVAYYQKYVD EASKKEIKDI LIQYDRTLLV ADPRRCESKK FGGPGARARY QKSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S17

分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.578156 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGPV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S18

分子名称: 40S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.029844 KDa
配列文字列:
MSLVIPEKFQ HILRVLNTNI DGRRKIAFAI TAIKGVGRRY AHVVLRKADI DLTKRAGELT EDEVERVITI MQNPRQYKIP DWFLNRQKD VKDGKYSQVL ANGLDNKLRE DLERLKKIRA HRGLRHFWGL RVRGQHTKTT GRRGRT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S19

分子名称: 40S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.822219 KDa
配列文字列:
PGVTVKDVNQ QEFVRALAAF LKKSGKLKVP EWVDTVKLAK HKELAPYDEN WFYTRAASTA RHLYLRGGAG VGSMTKIYGG RQRNGVMPS HFSRGSKSVA RRVLQALEGL KMVEKDQDGG RKLTPQGQRD LDRIAGQVAA ANKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S20

分子名称: 40S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.76589 KDa
配列文字列:
AIHRIRITLT SRNVKSLEKV CADLIRGAKE KNLKVKGPVR MPTKTLRITT RKTPCGEGSK TWDRFQMRIH KRLIDLHSPS EIVKQITSI SIEPGVEVEV TIADA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.124389 KDa
配列文字列:
MQNDAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIQMNVAEVD KVTGRFNGQF KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKADGIVS KNF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S23

分子名称: 40S ribosomal protein S23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.626392 KDa
配列文字列:
GKCRGLRTAR KLRSHRRDQK WHDKQYKKAH LGTALKANPF GGASHAKGIV LEKVGVEAKQ PNSAIRKCVR VQLIKNGKKI TAFVPNDGC LNFIEENDEV LVAGFGRKGH AVGDIPGVRF KVVKVANVSL LALYKGKKER PR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.742908 KDa
配列文字列:
TKKRRNNGRA KKGRGHVQPI RCTNCARCVP KDKAIKKFVI RNIVEAAAVR DISEASVFDA YVLPKLYVKL HYCVSCAIHS KVVRNRSRE ARKDRTPPPR FRP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS26

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S28

分子名称: 40S ribosomal protein S28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.263394 KDa
配列文字列:
RVQPIKLARV TKVLGRTGSQ GQCTQVRVEF MDDTSRSIIR NVKGPVREGD VLTLLESERE ARRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S29

分子名称: 40S ribosomal protein S29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.559625 KDa
配列文字列:
GHQQLYWSHP RKFGQGSRSC RVCSNRHGLI RKYGLNMCRQ CFRQYAKDIG FIKLD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #22: Receptor of activated protein C kinase 1

分子名称: Receptor of activated protein C kinase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.669113 KDa
配列文字列: TEQMTLRGTL KGHNGWVTQI ATTPQFPDMI LSASRDKTII MWKLTRDETN YGIPQRALRG HSHFVSDVVI SSDGQFALSG SWDGTLRLW DLTTGTTTRR FVGHTKDVLS VAFSSDNRQI VSGSRDKTIK LWNTLGVCKY TVQDESHSEW VSCVRFSPNS S NPIIVSCG ...文字列:
TEQMTLRGTL KGHNGWVTQI ATTPQFPDMI LSASRDKTII MWKLTRDETN YGIPQRALRG HSHFVSDVVI SSDGQFALSG SWDGTLRLW DLTTGTTTRR FVGHTKDVLS VAFSSDNRQI VSGSRDKTIK LWNTLGVCKY TVQDESHSEW VSCVRFSPNS S NPIIVSCG WDKLVKVWNL ANCKLKTNHI GHTGYLNTVT VSPDGSLCAS GGKDGQAMLW DLNEGKHLYT LDGGDIINAL CF SPNRYWL CAATGPSIKI WDLEGKIIVD ELKQEVISTS SKAEPPQCTS LAWSADGQTL FAGYTDNLVR VWQVTI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein RACK1

+
分子 #23: 40S ribosomal protein S2

分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.587029 KDa
配列文字列: EWMPVTKLGR LVKDMKIKSL EEIYLFSLPI KESEIIDFFL GASLKDEVLK IMPVQKQTRA GQRTRFKAFV AIGDYNGHVG LGVKCSKEV ATAIRGAIIL AKLSIVPVRR GYWGNKIGKP HTVPCKVTGR CGSVLVRLIP APRGTGIVSA PVPKKLLMMA G IDDCYTSA ...文字列:
EWMPVTKLGR LVKDMKIKSL EEIYLFSLPI KESEIIDFFL GASLKDEVLK IMPVQKQTRA GQRTRFKAFV AIGDYNGHVG LGVKCSKEV ATAIRGAIIL AKLSIVPVRR GYWGNKIGKP HTVPCKVTGR CGSVLVRLIP APRGTGIVSA PVPKKLLMMA G IDDCYTSA RGCTATLGNF AKATFDAISK TYSYLTPDLW KETVFTKSPY QEFTDHLVKT HTRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #24: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.471535 KDa
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #25: 40S ribosomal protein S9

分子名称: 40S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.649633 KDa
配列文字列:
PVARSWVCRK TYVTPRRPFE KSRLDQELKL IGEYGLRNKR EVWRVKFTLA KIRKAARELL TLDEKDPRRL FEGNALLRRL VRIGVLDEG KMKLDYILGL KIEDFLERRL QTQVFKLGLA KSIHHARVLI RQRHIRVRKQ VVNIPSFIVR LDSQKHIDFS L RSPYGGGR PGRVKRKNAK KGQGGAG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.661928 KDa
配列文字列:
VMDVNTALQE VLKTALIHDG LARGIREAAK ALDKRQAHLC VQASNCDEPM YVKLVEALLA EHQINLIKVD DNKKLGEWVG LCKIDREGN PRKVVGCSCV VVKDYGKESQ AKDVIEEYFK CKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS12

+
分子 #27: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.128191 KDa
配列文字列:
GRMHAPGKGL SQSALPYRRS VPTWLKLTSD DVKEQIYKLA KKGLTPSQIG VILRDSHGVA QVRFVTGNKI LRILKSKGLA PDLPEDLYH LIKKAVAVRK HLERNRKDKD AKFRLILIES RIHRLARYYK TKRVLPPNWK YESSTASALV A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S14

分子名称: 40S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.014187 KDa
配列文字列:
EQVISLGPQV AEGENVFGVC HIFASFNDTF VHVTDLSGKE TICRVTGGMK VKADRDESSP YAAMLAAQDV AQRCKELGIT ALHIKLRAT GGNRTKTPGP GAQSALRALA RSGMKIGRIE DVTPIPSDST RRKGGRRGRR L

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #29: 40S ribosomal protein S15a

分子名称: 40S ribosomal protein S15a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.734357 KDa
配列文字列:
VRMNVLADAL KSINNAEKRG KRQVLIRPCS KVIVRFLTVM MKHGYIGEFE IIDDHRAGKI VVNLTGRLNK CGVISPRFDV QLKDLEKWQ NNLLPSRQFG FIVLTTSAGI MDHEEARRKH TGGKILGFFF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.203022 KDa
配列文字列:
NDTVTIRTRK FMTNRLLQRK QMVIDVLHPG KATVPKTEIR EKLAKMYKTT PDVIFVFGFR THFGGGKTTG FGMIYDSLDY AKKNEPKHR LARHGLYEKK KTSRKQRKER KNRMKKVRGT AKANVGAGKK PK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S25

分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.526119 KDa
配列文字列:
RDKLNNLVLF DKATYDKLCK EVPNYKLITP AVVSERLKIR GSLARAALQE LLSKGLIKLV SKHRAQVIYT RNTKG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25

+
分子 #32: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.34899 KDa
配列文字列:
PLAKDLLHPS PEEEKRKHKK KRLVQSPNSY FMDVKCPGCY KITTVFSHAQ TVVLCVGCST VLCQPTGGKA RLTEGCSFRR KQH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #33: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.896883 KDa
配列文字列:
VHGSLARAGK VRGQTPKVAK QEKKKKKTGR AKRRMQYNRR FV

UniProtKB: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein

+
分子 #34: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

分子名称: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.884286 KDa
配列文字列:
YTTPKKNKHK RKKVKLAVLK YYKVDENGKI SRLRRECPSD ECGAGVFMAS HFDRHYCGKC CLTYCFN

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

+
分子 #36: Cell growth-regulating nucleolar protein

分子名称: Cell growth-regulating nucleolar protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.557207 KDa
配列文字列:
KFNWKGTIKA ILKQAPDNEI TIKKLRKKVL AQYYTVTDEH HRSEEELLVI FNKKISKNPT FKLLKDKVKL VK

UniProtKB: Cell growth-regulating nucleolar protein

+
分子 #37: Endothelial differentiation-related factor 1

分子名称: Endothelial differentiation-related factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.330996 KDa
配列文字列:
SKQAILAAQR RGEDVETSKK WAAGQNKQHS ITKNTAKLDR ETEELHHDRV TLEVGKVIQQ GRQSKGLTQK DLATKINEKP QVIADYESG RAIPNNQVLG KIERAIGLKL R

UniProtKB: Endothelial differentiation-related factor 1

+
分子 #38: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 30 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #39: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 28.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 81976
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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