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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11438 | |||||||||
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タイトル | Representative tomogram of in vitro membrane contact sites between VAP-A and N-PH-FFAT. Example of VAP-A reconstituted at high concentration. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | de la Mora E / diCicco A / Dezi M / Levy D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Nanoscale architecture of a VAP-A-OSBP tethering complex at membrane contact sites. 著者: Eugenio de la Mora / Manuela Dezi / Aurélie Di Cicco / Joëlle Bigay / Romain Gautier / John Manzi / Joël Polidori / Daniel Castaño-Díez / Bruno Mesmin / Bruno Antonny / Daniel Lévy / 要旨: Membrane contact sites (MCS) are subcellular regions where two organelles appose their membranes to exchange small molecules, including lipids. Structural information on how proteins form MCS is ...Membrane contact sites (MCS) are subcellular regions where two organelles appose their membranes to exchange small molecules, including lipids. Structural information on how proteins form MCS is scarce. We designed an in vitro MCS with two membranes and a pair of tethering proteins suitable for cryo-tomography analysis. It includes VAP-A, an ER transmembrane protein interacting with a myriad of cytosolic proteins, and oxysterol-binding protein (OSBP), a lipid transfer protein that transports cholesterol from the ER to the trans Golgi network. We show that VAP-A is a highly flexible protein, allowing formation of MCS of variable intermembrane distance. The tethering part of OSBP contains a central, dimeric, and helical T-shape region. We propose that the molecular flexibility of VAP-A enables the recruitment of partners of different sizes within MCS of adjustable thickness, whereas the T geometry of the OSBP dimer facilitates the movement of the two lipid-transfer domains between membranes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11438.map.gz | 1.1 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11438-v30.xml emd-11438.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11438.png | 176.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11438 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11438_validation.pdf.gz | 273.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11438_full_validation.pdf.gz | 273.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11438_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11438_validation.cif.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11438 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : In vitro system formation of membrane contact sites between human...
全体 | 名称: In vitro system formation of membrane contact sites between human VAP-A and the OSBP construct N-PH-FFAT |
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要素 |
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-超分子 #1: In vitro system formation of membrane contact sites between human...
超分子 | 名称: In vitro system formation of membrane contact sites between human VAP-A and the OSBP construct N-PH-FFAT タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: 50 mM HEPES pH 7.4 120 mM potassium acetate | |||||||||
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グリッド | モデル: Homemade / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: LEICA PLUNGER | |||||||||
切片作成 | その他: NO SECTIONING | |||||||||
位置合わせマーカー | Manufacturer: Home-made / 直径: 6 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: eTomo / 使用した粒子像数: 41 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFPHASEFLIP |