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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11398 | |||||||||
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タイトル | I5350 negative staining | |||||||||
![]() | I5350 Nanoparticle | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
![]() | Perez L | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Rationally designed Human Cytomegalovirus gB nanoparticle vaccine with improved immunogenicity. 著者: Michela Perotti / Jessica Marcandalli / Davide Demurtas / Federica Sallusto / Laurent Perez / ![]() 要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) is the primary viral cause of congenital birth defects and causes significant morbidity and mortality in immune-suppressed transplant recipients. Despite considerable ...Human cytomegalovirus (HCMV) is the primary viral cause of congenital birth defects and causes significant morbidity and mortality in immune-suppressed transplant recipients. Despite considerable efforts in vaccine development, HCMV infection still represents an unmet clinical need. In recent phase II trials, a MF59-adjuvanted gB vaccine showed only modest efficacy in preventing infection. These findings might be attributed to low level of antibodies (Abs) with a neutralizing activity induced by this vaccine. Here, we analyzed the immunogenicity of each gB antigenic domain (AD) and demonstrated that domain I of gB (AD5) is the main target of HCMV neutralizing antibodies. Furthermore, we designed, characterized and evaluated immunogenic responses to two different nanoparticles displaying a trimeric AD5 antigen. We showed that mice immunization with nanoparticles induces sera neutralization titers up to 100-fold higher compared to those obtained with the gB extracellular domain (gBECD). Collectively, these results illustrate with a medically relevant example the advantages of using a general approach combining antigen discovery, protein engineering and scaffold presentation for modern development of subunit vaccines against complex pathogens. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 227.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 71.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 293.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 293.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | I5350 Nanoparticle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.0625 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : 53-50A in complex with I53-50B.4PT1
全体 | 名称: 53-50A in complex with I53-50B.4PT1 |
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要素 |
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-超分子 #1: 53-50A in complex with I53-50B.4PT1
超分子 | 名称: 53-50A in complex with I53-50B.4PT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: I5350
分子 | 名称: I5350 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKMEELFKKH KIVAVLRANS VEEAIEKAVA VFAGGVHLIE ITFTVPDADT VIKALSVLKE KGAIIGAGTV TSVEQCRKAV ESGAEFIVSP HLDEEISQFC KEKGVFYMPG VMTPTELVKA MKLGHTILKL FPGEVVGPQF VKAMKGPFPN VKFVPTGGV NLDNVCEWFK ...文字列: MKMEELFKKH KIVAVLRANS VEEAIEKAVA VFAGGVHLIE ITFTVPDADT VIKALSVLKE KGAIIGAGTV TSVEQCRKAV ESGAEFIVSP HLDEEISQFC KEKGVFYMPG VMTPTELVKA MKLGHTILKL FPGEVVGPQF VKAMKGPFPN VKFVPTGGV NLDNVCEWFK AGVLAVGVGS ALVKGTPDEV REKAKAFVEK IRGCTELEHH HHHH MNQHS HKDHETVRIA VVRARWHAEI VDACVSAFEA AMRDIGGDRF AVDVFDVPGA YEIPLHARTL AETGRYGAVL GT AFVVNGG IYRHEFVASA VINGMMNVQL NTGVPVLSAV LTPHNYDKSK AHTLLFLALF AVKGMEAARA CVEILAAREK I AAGSLEHH HHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.26 mm |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 8467 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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