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万見
- EMDB-11385: Treponema denticola chemotaxis signalling arrays -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11385
タイトルTreponema denticola chemotaxis signalling arrays
マップデータTreponema denticola chemotaxis arrays
試料
  • 細胞: Chemotaxis arrays in a Treponema denticola ODP (TDE2498) deletion mutant
生物種Treponema denticola (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Muok AR / Yang W / Briegel A
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Atypical chemoreceptor arrays accommodate high membrane curvature.
著者: Alise R Muok / Davi R Ortega / Kurni Kurniyati / Wen Yang / Zachary A Maschmann / Adam Sidi Mabrouk / Chunhao Li / Brian R Crane / Ariane Briegel /
要旨: The prokaryotic chemotaxis system is arguably the best-understood signaling pathway in biology. In all previously described species, chemoreceptors organize into a hexagonal (P6 symmetry) extended ...The prokaryotic chemotaxis system is arguably the best-understood signaling pathway in biology. In all previously described species, chemoreceptors organize into a hexagonal (P6 symmetry) extended array. Here, we report an alternative symmetry (P2) of the chemotaxis apparatus that emerges from a strict linear organization of the histidine kinase CheA in Treponema denticola cells, which possesses arrays with the highest native curvature investigated thus far. Using cryo-ET, we reveal that Td chemoreceptor arrays assume an unusual arrangement of the supra-molecular protein assembly that has likely evolved to accommodate the high membrane curvature. The arrays have several atypical features, such as an extended dimerization domain of CheA and a variant CheW-CheR-like fusion protein that is critical for maintaining an ordered chemosensory apparatus. Furthermore, the previously characterized Td oxygen sensor ODP influences CheA ordering. These results suggest a greater diversity of the chemotaxis signaling system than previously thought.
履歴
登録2020年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月28日-
マップ公開2020年10月28日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.946
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.946
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11385.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11385.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Treponema denticola chemotaxis arrays
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.03 Å/pix.
x 128 pix.
= 899.328 Å		7.03 Å/pix.
x 128 pix.
= 899.328 Å		7.03 Å/pix.
x 128 pix.
= 899.328 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.026 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.946 / ムービー #1: 0.946
最小 - 最大-3.7606003 - 4.2879
平均 (標準偏差)0.52727145 (±0.105238184)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 899.328 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.0267.0267.026
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z899.328899.328899.328
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ172172172
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-3.7614.2880.527

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11385_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_11385_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_11385_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chemotaxis arrays in a Treponema denticola ODP (TDE2498) deletion...

全体名称: Chemotaxis arrays in a Treponema denticola ODP (TDE2498) deletion mutant
要素
  • 細胞: Chemotaxis arrays in a Treponema denticola ODP (TDE2498) deletion mutant

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超分子 #1: Chemotaxis arrays in a Treponema denticola ODP (TDE2498) deletion...

超分子名称: Chemotaxis arrays in a Treponema denticola ODP (TDE2498) deletion mutant
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Treponema denticola (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 728
抽出トモグラム数: 10 / 使用した粒子像数: 728
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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