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万見
- EMDB-11356: Structure of detergent-extracted full-length E.coli BcsB -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11356
タイトルStructure of detergent-extracted full-length E.coli BcsB
マップデータMain map non-uniformly refined. It represents two BcsB octamers (6YG8) linked by a central miscellaneous structure.
試料
  • 複合体: Self-assembly of the BcsB protein
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsB
機能・相同性Cellulose synthase, subunit B / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / cellulose biosynthetic process / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / plasma membrane / Cyclic di-GMP-binding protein / Cyclic di-GMP-binding protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Abidi W / Zouhir S / Krasteva P
資金援助5件
OrganizationGrant number国
ATIP-Avenir
European Research Council (ERC)Biomatrix
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC)
European Institute of Chemistry and Biology (IECB)
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Architecture and regulation of an enterobacterial cellulose secretion system.
著者: Wiem Abidi / Samira Zouhir / Meryem Caleechurn / Stéphane Roche / Petya Violinova Krasteva /
要旨: Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c- ...Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c-di-GMP. The molecular understanding of system assembly and cellulose secretion has been largely limited to the crystallographic studies of a distantly homologous BcsAB synthase tandem and a low-resolution reconstruction of an assembled macrocomplex that encompasses most of the inner membrane and cytosolic subunits and features an atypical layered architecture. Here, we present cryo-EM structures of the assembled Bcs macrocomplex, as well as multiple crystallographic snapshots of regulatory Bcs subcomplexes. The structural and functional data uncover the mechanism of asymmetric secretion system assembly and periplasmic crown polymerization and reveal unexpected subunit stoichiometry, multisite c-di-GMP recognition, and ATP-dependent regulation.
履歴
登録2020年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2021年2月24日-
現状2021年2月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11356.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map non-uniformly refined. It represents two BcsB octamers (6YG8) linked by a central miscellaneous structure.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 410 pix.
= 463.3 Å		1.13 Å/pix.
x 410 pix.
= 463.3 Å		1.13 Å/pix.
x 410 pix.
= 463.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13 / ムービー #1: 0.13
最小 - 最大-0.21540874 - 0.8016243
平均 (標準偏差)0.00063505815 (±0.04355908)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ410410410
Spacing410410410
セルA=B=C: 463.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.131.131.13
M x/y/z410410410
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z463.300463.300463.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS410410410
D min/max/mean-0.2150.8020.001

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添付データ

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追加マップ: Main map non-uniformly refined and sharpened.

ファイルemd_11356_additional_1.map
注釈Main map non-uniformly refined and sharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The volumes corresponding to the octamers were extracted...

ファイルemd_11356_additional_2.map
注釈The volumes corresponding to the octamers were extracted and locally refined to be finally combined resulting in a map without the central miscellaneous structure.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The volumes corresponding to the octamers were extracted...

ファイルemd_11356_additional_3.map
注釈The volumes corresponding to the octamers were extracted and locally refined to be finally combined and sharpened resulting in a map without the central miscellaneous structure.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Self-assembly of the BcsB protein

全体名称: Self-assembly of the BcsB protein
要素
  • 複合体: Self-assembly of the BcsB protein
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsB

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超分子 #1: Self-assembly of the BcsB protein

超分子名称: Self-assembly of the BcsB protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094 / 細胞中の位置: periplasm
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET-21b
分子量理論値: 1.378 MDa

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分子 #1: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsB

分子名称: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: BcsB harbors a signal sequence to be addressed to the periplasm where according the ServerP4.1 Server prediction would result in mature form starting with the residue #26 TPATQ...
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: TPATQPLINA EPAVAAQTEQ NPQVGQVMPG VQGADAPVVA QNGPSRDVKL TFAQIAPPPG SMVLRGINPN GSIEFGMRSD EVVTKAMLNL EYTPS PSLL PVQSQLKVYL NDELMGVLPV TKEQLGKKTL AQMPINPLFI TDFNRVRLEF VGHYQD VCE NPASTTLWLD ...文字列:
TPATQPLINA EPAVAAQTEQ NPQVGQVMPG VQGADAPVVA QNGPSRDVKL TFAQIAPPPG SMVLRGINPN GSIEFGMRSD EVVTKAMLNL EYTPS PSLL PVQSQLKVYL NDELMGVLPV TKEQLGKKTL AQMPINPLFI TDFNRVRLEF VGHYQD VCE NPASTTLWLD VGRSSGLDLT YQTLNVKNDL SHFPVPFFDP RDNRTNTLPM VFAGAPD VG LQQASAIVAS WFGSRSGWRG QNFPVLYNQL PDRNAIVFAT NDKRPDFLRD HPAVKAPV I EMINHPQNPY VKLLVVFGRD DKDLLQAAKG IAQGNILFRG ESVVVNEVKP LLPRKPYDA PNWVRTDRPV TFGELKTYEE QLQSSGLEPA AINVSLNLPP DLYLMRSTGI DMDINYRYTM PPVKDSSRM DISLNNQFLQ SFNLSSKQEA NRLLLRIPVL QGLLDGKTDV SIPALKLGAT N QLRFDFEY MNPMPGGSVD NCITFQPVQN HVVIGDDSTI DFSKYYHFIP MPDLRAFANA GF PFSRMAD LSQTITVMPK APNEAQMETL LNTVGFIGAQ TGFPAINLTV TDDGSTIQGK DAD IMIIGG IPDKLKDDKQ IDLLVQATES WVKTPMRQTP FPGIVPDESD RAAETRSTLT SSGA MAAVI GFQSPYNDQR SVIALLADSP RGYEMLNDAV NDSGKRATMF GSVAVIRESG INSLR VGDV YYVGHLPWFE RLWYALANHP ILLAVLAAIS VILLAWVLWR LLRIISRRRL NPDNEAAALE HHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度式
0.02 MHEPES
0.5 MNaCl
0.2 MImidazol

詳細: BcsB was incubated with a mix of detergents: 0.4% DDM, 0.4 % digitonin, 0.4% DM-NPG, 0.2 % GDN-101, and 0.2% LM-NPG and then purified on IMAC using free-detergents buffers.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.74 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 36000

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / 詳細: Gctf through the cryoSPARC v2 interface.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab Initio model generation in cryosparc V2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2) / 使用した粒子像数: 46807
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V2)
詳細: All 2D classification and particle curation was performed in cryoSPARC v2
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V2)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V2) / 詳細: non-uniform refinement in cryoSPARC v2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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