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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11338 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Kinesin binding protein (KBP) | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Kinesin binding protein (KBP) sharpened/filtered cryo-EM density. | |||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Kinesin / microtubules / kinesin binding protein / KBP / MOTOR PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transport along microtubule / central nervous system projection neuron axonogenesis / mitochondrion transport along microtubule / kinesin binding / neuron projection maintenance / protein sequestering activity / microtubule cytoskeleton organization / in utero embryonic development / cytoskeleton / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Atherton J / Hummel JJA | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, スイス, 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: The mechanism of kinesin inhibition by kinesin-binding protein. 著者: Joseph Atherton / Jessica Ja Hummel / Natacha Olieric / Julia Locke / Alejandro Peña / Steven S Rosenfeld / Michel O Steinmetz / Casper C Hoogenraad / Carolyn A Moores / 要旨: Subcellular compartmentalisation is necessary for eukaryotic cell function. Spatial and temporal regulation of kinesin activity is essential for building these local environments via control of ...Subcellular compartmentalisation is necessary for eukaryotic cell function. Spatial and temporal regulation of kinesin activity is essential for building these local environments via control of intracellular cargo distribution. Kinesin-binding protein (KBP) interacts with a subset of kinesins via their motor domains, inhibits their microtubule (MT) attachment, and blocks their cellular function. However, its mechanisms of inhibition and selectivity have been unclear. Here we use cryo-electron microscopy to reveal the structure of KBP and of a KBP-kinesin motor domain complex. KBP is a tetratricopeptide repeat-containing, right-handed α-solenoid that sequesters the kinesin motor domain's tubulin-binding surface, structurally distorting the motor domain and sterically blocking its MT attachment. KBP uses its α-solenoid concave face and edge loops to bind the kinesin motor domain, and selected structure-guided mutations disrupt KBP inhibition of kinesin transport in cells. The KBP-interacting motor domain surface contains motifs exclusively conserved in KBP-interacting kinesins, suggesting a basis for kinesin selectivity. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11338.map.gz | 20.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11338-v30.xml emd-11338.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11338.png | 79.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11338.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11338 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11338 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11338_validation.pdf.gz | 488.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11338_full_validation.pdf.gz | 487.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11338_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11338_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11338 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11338 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11338.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Kinesin binding protein (KBP) sharpened/filtered cryo-EM density. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.043 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Kinesin binding protein cryo-EM density
全体 | 名称: Kinesin binding protein cryo-EM density |
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要素 |
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-超分子 #1: Kinesin binding protein cryo-EM density
超分子 | 名称: Kinesin binding protein cryo-EM density / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 72 KDa |
-分子 #1: KIF-binding protein
分子 | 名称: KIF-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 71.913945 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MANVPWAEVC EKFQAALALS RVELHKNPEK EPYKSKYSAR ALLEEVKALL GPAPEDEDER PEAEDGPGAG DHALGLPAEV VEPEGPVAQ RAVRLAVIEF HLGVNHIDTE ELSAGEEHLV KCLRLLRRYR LSHDCISLCI QAQNNLGILW SEREEIETAQ A YLESSEAL ...文字列: MANVPWAEVC EKFQAALALS RVELHKNPEK EPYKSKYSAR ALLEEVKALL GPAPEDEDER PEAEDGPGAG DHALGLPAEV VEPEGPVAQ RAVRLAVIEF HLGVNHIDTE ELSAGEEHLV KCLRLLRRYR LSHDCISLCI QAQNNLGILW SEREEIETAQ A YLESSEAL YNQYMKEVGS PPLDPTERFL PEEEKLTEQE RSKRFEKVYT HNLYYLAQVY QHLEMFEKAA HYCHSTLKRQ LE HNAYHPI EWAINAATLS QFYINKLCFM EARHCLSAAN VIFGQTGKIS ATEDTPEAEG EVPELYHQRK GEIARCWIKY CLT LMQNAQ LSMQDNIGEL DLDKQSELRA LRKKELDEEE SIRKKAVQFG TGELCDAISA VEEKVSYLRP LDFEEARELF LLGQ HYVFE AKEFFQIDGY VTDHIEVVQD HSALFKVLAF FETDMERRCK MHKRRIAMLE PLTVDLNPQY YLLVNRQIQF EIAHA YYDM MDLKVAIADR LRDPDSHIVK KINNLNKSAL KYYQLFLDSL RDPNKVFPEH IGEDVLRPAM LAKFRVARLY GKIITA DPK KELENLATSL EHYKFIVDYC EKHPEAAQEI EVELELSKEM VSLLPTKMER FRTKMALT UniProtKB: KIF-binding protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 詳細: Movies were collected with a volta phase plate.Movies were dose weighted. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: De novo generated model in cryoSPARC2. |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 258049 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |