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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11084 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii MlaBDEF complex bound to ADP | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of the Acinetobacter baumannii MlaBDEF complex bound to ADP, at 4.4 A. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipid transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phospholipid binding / extracellular region / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Mann D / Bergeron JRC | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Structure and lipid dynamics in the maintenance of lipid asymmetry inner membrane complex of A. baumannii. 著者: Daniel Mann / Junping Fan / Kamolrat Somboon / Daniel P Farrell / Andrew Muenks / Svetomir B Tzokov / Frank DiMaio / Syma Khalid / Samuel I Miller / Julien R C Bergeron / 要旨: Multi-resistant bacteria are a major threat in modern medicine. The gram-negative coccobacillus Acinetobacter baumannii currently leads the WHO list of pathogens in critical need for new therapeutic ...Multi-resistant bacteria are a major threat in modern medicine. The gram-negative coccobacillus Acinetobacter baumannii currently leads the WHO list of pathogens in critical need for new therapeutic development. The maintenance of lipid asymmetry (MLA) protein complex is one of the core machineries that transport lipids from/to the outer membrane in gram-negative bacteria. It also contributes to broad-range antibiotic resistance in several pathogens, most prominently in A. baumannii. Nonetheless, the molecular details of its role in lipid transport has remained largely elusive. Here, we report the cryo-EM maps of the core MLA complex, MlaBDEF, from the pathogen A. baumannii, in the apo-, ATP- and ADP-bound states, revealing multiple lipid binding sites in the cytosolic and periplasmic side of the complex. Molecular dynamics simulations suggest their potential trajectory across the membrane. Collectively with the recently-reported structures of the E. coli orthologue, this data also allows us to propose a molecular mechanism of lipid transport by the MLA system. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Structure and lipid dynamics in the A. baumannii maintenance of lipid asymmetry (MLA) inner membrane complex 著者: Mann D / Fan J / Farrell DP / Somboon K / Muenks A / Tzokov SB / Khalid S / Dimaio F / Miller SI / Bergeron JRC | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11084.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11084-v30.xml emd-11084.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11084.png | 143.5 KB | ||
マスクデータ | emd_11084_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11084 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11084 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11084_validation.pdf.gz | 273.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11084_full_validation.pdf.gz | 272.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11084_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11084_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11084 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11084 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11084.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of the Acinetobacter baumannii MlaBDEF complex bound to ADP, at 4.4 A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11084_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : MlaBDEF complex
全体 | 名称: MlaBDEF complex |
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要素 |
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-超分子 #1: MlaBDEF complex
超分子 | 名称: MlaBDEF complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62512 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |