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- EMDB-11063: Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11063
タイトルStructure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ
マップデータSMG1-8-9 with bound UPF1-LSQ
試料
  • 複合体: SMG1-8-9 bound to AMPPNP and UPF1-LSQ
    • 複合体: SMG1-8-9
      • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1
      • タンパク質・ペプチド: Protein SMG8
      • タンパク質・ペプチド: Protein SMG9
    • 複合体: UPF1-LSQ
      • タンパク質・ペプチド: Regulator of nonsense transcripts 1
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCryo-EM / Structural Biology / Nonsense-mediated mRNA decay / RNA quality control / PIKK / NMD / Substrate / Phosphorylation / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / supraspliceosomal complex / exon-exon junction complex / regulation of protein kinase activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process ...positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / supraspliceosomal complex / exon-exon junction complex / regulation of protein kinase activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / eye development / chromatoid body / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / helicase activity / P-body / brain development / peptidyl-serine phosphorylation / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / protein autophosphorylation / DNA helicase / in utero embryonic development / double-stranded DNA helicase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / chromosome, telomeric region / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8/SMG9 / Smg8_Smg9 / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1, N-terminal ...RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8/SMG9 / Smg8_Smg9 / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1, N-terminal / SMG1, PIKK catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase smg-1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 N-terminal / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / Rapamycin binding domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / : / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-like helical / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8 / Regulator of nonsense transcripts 1 / Serine/threonine-protein kinase SMG1 / Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Langer LM / Gat Y
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structure of substrate-bound SMG1-8-9 kinase complex reveals molecular basis for phosphorylation specificity.
著者: Lukas M Langer / Yair Gat / Fabien Bonneau / Elena Conti /
要旨: PI3K-related kinases (PIKKs) are large Serine/Threonine (Ser/Thr)-protein kinases central to the regulation of many fundamental cellular processes. PIKK family member SMG1 orchestrates progression of ...PI3K-related kinases (PIKKs) are large Serine/Threonine (Ser/Thr)-protein kinases central to the regulation of many fundamental cellular processes. PIKK family member SMG1 orchestrates progression of an RNA quality control pathway, termed nonsense-mediated mRNA decay (NMD), by phosphorylating the NMD factor UPF1. Phosphorylation of UPF1 occurs in its unstructured N- and C-terminal regions at Serine/Threonine-Glutamine (SQ) motifs. How SMG1 and other PIKKs specifically recognize SQ motifs has remained unclear. Here, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of a human SMG1-8-9 kinase complex bound to a UPF1 phosphorylation site at an overall resolution of 2.9 Å. This structure provides the first snapshot of a human PIKK with a substrate-bound active site. Together with biochemical assays, it rationalizes how SMG1 and perhaps other PIKKs specifically phosphorylate Ser/Thr-containing motifs with a glutamine residue at position +1 and a hydrophobic residue at position -1, thus elucidating the molecular basis for phosphorylation site recognition.
履歴
登録2020年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月24日-
マップ公開2020年6月24日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-6z3r
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11063.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11063.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SMG1-8-9 with bound UPF1-LSQ
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 350.72 Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 350.72 Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 350.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.096 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0312 / ムービー #1: 0.0312
最小 - 最大-0.09087175 - 0.22174887
平均 (標準偏差)0.00020539449 (±0.0036891904)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 350.71997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0961.0961.096
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z350.720350.720350.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0910.2220.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SMG1-8-9 bound to AMPPNP and UPF1-LSQ

全体名称: SMG1-8-9 bound to AMPPNP and UPF1-LSQ
要素
  • 複合体: SMG1-8-9 bound to AMPPNP and UPF1-LSQ
    • 複合体: SMG1-8-9
      • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1
      • タンパク質・ペプチド: Protein SMG8
      • タンパク質・ペプチド: Protein SMG9
    • 複合体: UPF1-LSQ
      • タンパク質・ペプチド: Regulator of nonsense transcripts 1
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: SMG1-8-9 bound to AMPPNP and UPF1-LSQ

超分子名称: SMG1-8-9 bound to AMPPNP and UPF1-LSQ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 577 KDa

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超分子 #2: SMG1-8-9

超分子名称: SMG1-8-9 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: UPF1-LSQ

超分子名称: UPF1-LSQ / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kin...

分子名称: Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1,Serine/threonine-protein kinase SMG1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 379.584781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)ALETVGE KKAFSSVMQL VMTSLQSILE NVDTPELLCK CVKCILLVAR CYPHIFST N FRDTVDILVG WHIDHTQKPS LTQQVSGWLQ SLEPFWVADL AFSTTLLGQF LEDMEAYAED LSHVASGESV DEDVPPPSV SLPKLAALLR VFSTVVRSIG ERFSPIRGPP ITEAYVTDVL YRVMRCVTAA NQVFFSEAVL TAANECVGVL LGSLDPSMTI HCDMVITYG LDQLENCQTC GTDYIISVLN LLTLIVEQIN TKLPSSFVEK LFIPSSKLLF LRYHKEKEVV AVAHAVYQAV L SLKNIPVL ETAYKLILGE MTCALNNLLH SLQLPEACSE IKHEAFKNHV FNVDNAKFVV IFDLSALTTI GNAKNSLIGM WA LSPTVFA LLSKNLMIVH SDLAVHFPAI QYAVLYTLYS HCTRHDHFIS SSLSSSSPSL FDGAVISTVT TATKKHFSII LNL LGILLK KDNLNQDTRK LLMTWALEAA VLMRKSETYA PLFSLPSFHK FCKGLLANTL VEDVNICLQA CSSLHALSSS LPDD LLQRC VDVCRVQLVH SGTRIRQAFG KLLKSIPLDV VLSNNKHTEI QEISLALRSH MSKAPSNTFH PQDFSDVISF ILYGN SHRT GKDNWLERLF YSCQRLDKRD QSTIPRNLLK TDAVLWQWAI WEAAQFTVLS KLRTPLGRAQ DTFQTIEGII RSLAAH TLN PDQDVSQWTT ADNDEGHGNN QLRLVLLLQY LENLEKLMYN AYEGCANALT SPPKVIRTFF YTNRQTCQDW LTRIRLS IM RVGLLAGQPA VTVRHGFDLL TEMKTTSLSQ GNELEVTIMM VVEALCELHC PEAIQGIAVW SSSIVGKNLL WINSVAQQ A EGRFEKASVE YQEHLCAMTG VDCCISSFDK SVLTLANAGR NSASPKHSLN GESRKTVLSK PTDSSPEVIN YLGNKACEC YISIADWAAV QEWQNSIHDL KKSTSSTSLN LKADFNYIKS LSSFESGKFV ECTEQLELLP GENINLLAGG SKEKIDMKKL LPNMLSPDP RELQKSIEVQ LLRSSVCLAT ALNPIEQDQK WQSITENVVK YLKQTSRIAI GPLRLSTLTV SQSLPVLSTL Q LYCSSALE NTVSNRLSTE DCLIPLFSEA LRSCKQHDVR PWMQALRYTM YQNQLLEKIK EQTVPIRSHL MELGLTAAKF AR KRGNVSL ATRLLAQCSE VQLGKTTTAQ DLVQHFKKLS TQGQVDEKWG PELDIEKTKL LYTAGQSTHA MEMLSSCAIS FCK SVKAEY AVAKSILTLA KWIQAEWKEI SGQLKQVYRA QHQQNFTGLS TLSKNILTLI ELPSVNTMEE EYPRIESEST VHIG VGEPD FILGQLYHLS SVQAPEVAKS WAALASWAYR WGRKVVDNAS (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)EGVIK VWRKVVDRIF SLYKLSCSAY FTFLKLNAGQ IPLDEDDPRL HLSHRVEQST DDMIVMATLR LLRLLVKHA GELRQYLEHG LETTPTAPWR GIIPQLFSRL NHPEVYVRQS ICNLLCRVAQ DSPHLILYPA IVGTISLSSE S QASGNKFS TAIPTLLGNI QGEELLVSEC EGGSPPASQD SNKDEPKSGL NEDQAMMQDC YSKIVDKLSS ANPTMVLQVQ ML VAELRRV TVLWDELWLG VLLQQHMYVL RRIQQLEDEV KRVQNNNTLR KEEKIAIMRE KHTALMKPIV FALEHVRSIT AAP AETPHE KWFQDNYGDA IENALEKLK(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)YILR LEEISPWLAA MTNTEIALPG EVSARDTVTI HSVGGTITIL PTKTKPKKLL F LGSDGKSY PYLFKGLEDL HLDERIMQFL SIVNTMFATI NRQETPRFHA RHYSVTPLGT RSGLIQWVDG ATPLFGLYKR WQ QREAALQ AQKAQDSYQT PQNPGIVPRP SELYYSKIGP ALKTVGLSLD VSRRDWPLHV MKAVLEELME ATPPNLLAKE LWS SCTTPD EWWRVTQSYA RSTAVMSMVG YIIGLGDRHL DNVLIDMTTG EVVHIDYNVC FEKGKSLRVP EKVPFRMTQN IETA LGVTG VEGVFRLSCE QVLHIMRRGR ETLLTLLEAF VYDPLVDWTA GGEAGFAGAV YGGGGQQAES KQSKREMERE ITRSL FSSR VAEIKVNWFK NRDEMLVVLP KLDGSLDEYL SLQEQLTDVE KLQGKLLEEI EFLEGAEGVD HPSHTLQHRY SEHTQL QTQ QRAVQEAIQV KLNEFEQWIT HYQAAFNNLE ATQLASLLQE ISTQMDLGPP SYVPATAFLQ NAGQAHLISQ CEQLEGE VG ALLQQRRSVL RGCLEQLHHY ATVALQYPKA IFQKHRIEQW KTWMEELICN TTVERCQELY RKYEMQYAPQ PPPTVCQF I TATEMTLQRY AADINSRLIR QVERLKQEAV TVPVCEDQLK EIERCIKVFL HENGEEGSLS LASVIISALC TLTRRNLMM EGAASSAGEQ LVDLTSRDGA WFLEELCSMS GNVTCLVQLL KQCHLVPQDL DIPNPMEASE TVHLANGVYT SLQELNSNFR QIIFPEALR CLMKGEYTLE SMLHELDGLI EQTTDGVPLQ TLVESLQAYL RNAAMGLEEE THAHYIDVAR LLHAQYGELI Q PRNGSVDE TPKMSAGQML LVAFDGMFAQ VETAFSLLVE KLNKMEIPIA WRKIDIIREA RSTQVNFFDD DNHRQVLEEI FF LKRLQTI KEFFRLCGTF SKTLSGSSSL EDQNTVNGPV QIVNVKTLFR NSCFSEDQMA KPIKAFTADF VRQLLIGLPN QAL GLTLCS FISALGVDII AQVEAKDFGA ESKVSVDDLC KKAVEHNIQI GKFSQLVMNR ATVLASSYDT AWKKHDLVRR LETS ISSCK TSLQRVQLHI AMFQWQHEDL LINRPQAMSV TPPPRSAILT SMKKKLHTLS QIETSIATVQ EKLAALESSI EQRLK WAGG ANPALAPVLQ DFEATIAERR NLVLKESQRA SQVTFLCSNI IHFESLRTRT AEALNLDAAL FELIKRCQQM CSFASQ FNS SVSELELRLL QRVDTGLEHP IGSSEWLLSA HKQLTQDMST QRAIQTEKEQ QIETVCETIQ NLVDNIKTVL TGHNRQL GD VKHLLKAMAK DEEAALADGE DVPYENSVRQ FLGEYKSWQD NIQTVLFTLV QAMGQVRSQE HVEMLQEITP TLKELKTQ S QSIYNNLVSF ASPLVTDATN ECSSPTSSAT YQPSFAAAVR SNTGQKTQPD VMSQNARKLI QKNLATSADT PPSTVPGTG KSVACSPKKA VRDPKTGKAV QERNSYAVSV WKRVKAKLEG RDVDPNRRMS VAEQVDYVIK EATNLDNLAQ LYEGWTAWV

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase SMG1, Serine/threonine-protein kinase SMG1, Serine/threonine-protein kinase SMG1

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分子 #2: Protein SMG8

分子名称: Protein SMG8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.82575 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGPVSLRDL LMGASAWMGS ESPGGSPTEG GGSAAGGPEP PWREDEICVV GIFGKTALRL NSEKFSLVNT VCDRQVFPLF RHQDPGDPG PGIRTEAGAV GEAGGAEDPG AAAGGSVRGS GAVAEGNRTE AGSQDYSLLQ AYYSQESKVL YLLLTSICDN S QLLRACRA ...文字列:
MAGPVSLRDL LMGASAWMGS ESPGGSPTEG GGSAAGGPEP PWREDEICVV GIFGKTALRL NSEKFSLVNT VCDRQVFPLF RHQDPGDPG PGIRTEAGAV GEAGGAEDPG AAAGGSVRGS GAVAEGNRTE AGSQDYSLLQ AYYSQESKVL YLLLTSICDN S QLLRACRA LQSGEAGGGL SLPHAEAHEF WKHQEKLQCL SLLYLFSVCH ILLLVHPTCS FDITYDRVFR ALDGLRQKVL PL LKTAIKD CPVGKDWKLN CRPCPPRLLF LFQLNGALKV EPPRNQDPAH PDKPKKHSPK RRLQHALEDQ IYRIFRKSRV LTN QSINCL FTVPANQAFV YIVPGSQEED PVGMLLDQLR SHCTVKDPES LLVPAPLSGP RRYQVMRQHS RQQLSFHIDS SSSS SSGQL VDFTLREFLW QHVELVLSKK GFDDSVGRNP QPSHFELPTY QKWISAASKL YEVAIDGKEE DLGSPTGELT SKILS SIKV LEGFLDIDTK FSENRCQKAL PMAHSAYQSN LPHNYTMTVH KNQLAQALRV YSQHARGPAF HKYAMQLHED CYKFWS NGH QLCEERSLTD QHCVHKFHSL PKSGEKPEAD RNPPVLYHNS RARSTGACNC GRKQAPRDDP FDIKAANYDF YQLLEEK CC GKLDHINFPV FEPSTPDPAP AKNESSPAPP DSDADKLKEK EPQTQGESTS LSLALSLGQS TDSLGTYPAD PQAGGDNP E VHGQVEVKTE KRPNFVDRQA STVEYLPGML HSNCPKGLLP KFSSWSLVKL GPAKSYNFHT GLDQQGFIPG TNYLMPWDI VIRTRAEDEG DLDTNSWPAP NKAIPGKRSA VVMGRGRRRD DIARAFVGFE YEDSRGRRFM CSGPDKVMKV MGSGPKESAL KALNSDMPL YILSSSQGRG LKPHYAQLMR LFVVVPDAPL QIILMPQVQP GPPPCPVFYP EKQEITLPPD GLWVLRFPYA Y VTERGPCF PPKENVQLMS YKVLRGVLKA VTQ

UniProtKB: Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG8

+
分子 #3: Protein SMG9

分子名称: Protein SMG9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.717473 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSESGHSQPG LYGIERRRRW KEPGSGGPQN LSGPGGRERD YIAPWERERR DASEETSTSV MQKTPIILSK PPAERSKQPP PPTAPAAPP APAPLEKPIV LMKPREEGKG PVAVTGASTP EGTAPPPPAA PAPPKGEKEG QRPTQPVYQI QNRGMGTAAP A AMDPVVGQ ...文字列:
MSESGHSQPG LYGIERRRRW KEPGSGGPQN LSGPGGRERD YIAPWERERR DASEETSTSV MQKTPIILSK PPAERSKQPP PPTAPAAPP APAPLEKPIV LMKPREEGKG PVAVTGASTP EGTAPPPPAA PAPPKGEKEG QRPTQPVYQI QNRGMGTAAP A AMDPVVGQ AKLLPPERMK HSIKLVDDQM NWCDSAIEYL LDQTDVLVVG VLGLQGTGKS MVMSLLSANT PEEDQRTYVF RA QSAEMKE RGGNQTSGID FFITQERIVF LDTQPILSPS ILDHLINNDR KLPPEYNLPH TYVEMQSLQI AAFLFTVCHV VIV VQDWFT DLSLYRFLQT AEMVKPSTPS PSHESSSSSG SDEGTEYYPH LVFLQNKARR EDFCPRKLRQ MHLMIDQLMA HSHL RYKGT LSMLQCNVFP GLPPDFLDSE VNLFLVPFMD SEAESENPPR AGPGSSPLFS LLPGYRGHPS FQSLVSKLRS QVMSM ARPQ LSHTILTEKN WFHYAARIWD GVRKSSALAE YSRLLA

UniProtKB: Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG9

+
分子 #4: Regulator of nonsense transcripts 1

分子名称: Regulator of nonsense transcripts 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.236286 KDa
配列文字列:
QPELSQDSYL G

UniProtKB: Regulator of nonsense transcripts 1

+
分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #6: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸

+
分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6293 / 平均露光時間: 5.5 sec. / 平均電子線量: 68.75 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 4368586
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 481754
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6syt


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6z3r:
Structure of SMG1-8-9 kinase complex bound to UPF1-LSQ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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