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万見
- EMDB-11059: ATP-dependent partner switch links flagellar C-ring assembly with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11059
タイトルATP-dependent partner switch links flagellar C-ring assembly with gene expression
マップデータFlagellar motor of Shewanella putrefaciens in situ, wildtype
試料
  • 細胞: Flagellar motor of Shewanella putrefaciens in situ, wildtype
生物種Shewanella putrefaciens CN-32 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 82.0 Å
データ登録者Blagotinsek V / Schwan M / Steinchen W / Mrusek D / Hook J / Rossmann FM / Freibert SA / Kressler D / Beeby M / Thormann KM / Bange G
資金援助 ドイツ, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)research fellowship 385257318 ドイツ
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L023091/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: An ATP-dependent partner switch links flagellar C-ring assembly with gene expression.
著者: Vitan Blagotinsek / Meike Schwan / Wieland Steinchen / Devid Mrusek / John C Hook / Florian Rossmann / Sven A Freibert / Hanna Kratzat / Guillaume Murat / Dieter Kressler / Roland Beckmann / ...著者: Vitan Blagotinsek / Meike Schwan / Wieland Steinchen / Devid Mrusek / John C Hook / Florian Rossmann / Sven A Freibert / Hanna Kratzat / Guillaume Murat / Dieter Kressler / Roland Beckmann / Morgan Beeby / Kai M Thormann / Gert Bange /
要旨: Bacterial flagella differ in their number and spatial arrangement. In many species, the MinD-type ATPase FlhG (also YlxH/FleN) is central to the numerical control of bacterial flagella, and its ...Bacterial flagella differ in their number and spatial arrangement. In many species, the MinD-type ATPase FlhG (also YlxH/FleN) is central to the numerical control of bacterial flagella, and its deletion in polarly flagellated bacteria typically leads to hyperflagellation. The molecular mechanism underlying this numerical control, however, remains enigmatic. Using the model species , we show that FlhG links assembly of the flagellar C ring with the action of the master transcriptional regulator FlrA (named FleQ in other species). While FlrA and the flagellar C-ring protein FliM have an overlapping binding site on FlhG, their binding depends on the ATP-dependent dimerization state of FlhG. FliM interacts with FlhG independent of nucleotide binding, while FlrA exclusively interacts with the ATP-dependent FlhG dimer and stimulates FlhG ATPase activity. Our in vivo analysis of FlhG partner switching between FliM and FlrA reveals its mechanism in the numerical restriction of flagella, in which the transcriptional activity of FlrA is down-regulated through a negative feedback loop. Our study demonstrates another level of regulatory complexity underlying the spationumerical regulation of flagellar biogenesis and implies that flagellar assembly transcriptionally regulates the production of more initial building blocks.
履歴
登録2020年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月21日-
マップ公開2020年10月21日-
更新2020年10月21日-
現状2020年10月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11059.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Flagellar motor of Shewanella putrefaciens in situ, wildtype
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.28 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-0.5598406 - 0.8604063
平均 (標準偏差)0.10202757 (±0.24652939)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-75-75-75
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 1242.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.288.288.28
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1242.0001242.0001242.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ9482110
NX/NY/NZ11313776
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-75-75-75
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.5600.8600.102

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Flagellar motor of Shewanella putrefaciens in situ, wildtype

全体名称: Flagellar motor of Shewanella putrefaciens in situ, wildtype
要素
  • 細胞: Flagellar motor of Shewanella putrefaciens in situ, wildtype

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超分子 #1: Flagellar motor of Shewanella putrefaciens in situ, wildtype

超分子名称: Flagellar motor of Shewanella putrefaciens in situ, wildtype
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Shewanella putrefaciens CN-32 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 名称: LB medium
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot time 5 s, blot force 3, wait time 60s, drain time 0.5s,.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 5 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 3.15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C100 (100回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 82.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.10.1) / 使用したサブトモグラム数: 224
抽出トモグラム数: 220 / 使用した粒子像数: 224 / 参照モデル: sperical / 手法: manual / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.10.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.10.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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