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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11037 | |||||||||
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タイトル | The mitochondrial ribosome from Tetrahymena thermophila, small subunit head mask | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Tobiasson V / Amunts A | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Ciliate mitoribosome illuminates evolutionary steps of mitochondrial translation. 著者: Victor Tobiasson / Alexey Amunts / 要旨: To understand the steps involved in the evolution of translation, we used , a ciliate with high coding capacity of the mitochondrial genome, as the model organism and characterized its mitochondrial ...To understand the steps involved in the evolution of translation, we used , a ciliate with high coding capacity of the mitochondrial genome, as the model organism and characterized its mitochondrial ribosome (mitoribosome) using cryo-EM. The structure of the mitoribosome reveals an assembly of 94-ribosomal proteins and four-rRNAs with an additional protein mass of ~700 kDa on the small subunit, while the large subunit lacks 5S rRNA. The structure also shows that the small subunit head is constrained, tRNA binding sites are formed by mitochondria-specific protein elements, conserved protein bS1 is excluded, and bacterial RNA polymerase binding site is blocked. We provide evidence for anintrinsic protein targeting system through visualization of mitochondria-specific mL105 by the exit tunnel that would facilitate the recruitment of a nascent polypeptide. Functional protein uS3m is encoded by three complementary genes from the nucleus and mitochondrion, establishing a link between genetic drift and mitochondrial translation. Finally, we reannotated nine open reading frames in the mitochondrial genome that code for mitoribosomal proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11037.map.gz | 583.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11037-v30.xml emd-11037.xml | 38.4 KB 38.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11037.png | 204.1 KB | ||
マスクデータ | emd_11037_msk_1.map | 634.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11037_half_map_1.map.gz emd_11037_half_map_2.map.gz | 511.3 MB 511.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11037 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11037 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11037_validation.pdf.gz | 378.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11037_full_validation.pdf.gz | 377.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11037_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11037 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11037 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 634.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11037_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11037_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11037_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mitochondrial ribosome from Tetrahymena thermophila
全体 | 名称: Mitochondrial ribosome from Tetrahymena thermophila |
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要素 |
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-超分子 #1: Mitochondrial ribosome from Tetrahymena thermophila
超分子 | 名称: Mitochondrial ribosome from Tetrahymena thermophila / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#94 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) |
-超分子 #2: Mitochondrial ribosomal large subunit from Tetrahymena thermophila
超分子 | 名称: Mitochondrial ribosomal large subunit from Tetrahymena thermophila タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#48 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) |
-超分子 #3: Mitochondrial ribosomal small subunit from Tetrahymena thermophila
超分子 | 名称: Mitochondrial ribosomal small subunit from Tetrahymena thermophila タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #49-#94 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.45 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 99300 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |