[日本語] English
万見
- EMDB-10964: Rod-shaped arm segment of the S.cerevisiae condensin complex in p... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10964
タイトルRod-shaped arm segment of the S.cerevisiae condensin complex in presence of ATP
マップデータ
試料
  • 複合体: Rod-shaped arm segment of condensin in presence of ATP
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å
データ登録者Merkel F / Haering CH / Hassler M / Lowe J / Lee BG
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2015-CoG 681365European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of holo condensin reveal a subunit flip-flop mechanism.
著者: Byung-Gil Lee / Fabian Merkel / Matteo Allegretti / Markus Hassler / Christopher Cawood / Léa Lecomte / Francis J O'Reilly / Ludwig R Sinn / Pilar Gutierrez-Escribano / Marc Kschonsak / Sol ...著者: Byung-Gil Lee / Fabian Merkel / Matteo Allegretti / Markus Hassler / Christopher Cawood / Léa Lecomte / Francis J O'Reilly / Ludwig R Sinn / Pilar Gutierrez-Escribano / Marc Kschonsak / Sol Bravo / Takanori Nakane / Juri Rappsilber / Luis Aragon / Martin Beck / Jan Löwe / Christian H Haering /
要旨: Complexes containing a pair of structural maintenance of chromosomes (SMC) family proteins are fundamental for the three-dimensional (3D) organization of genomes in all domains of life. The ...Complexes containing a pair of structural maintenance of chromosomes (SMC) family proteins are fundamental for the three-dimensional (3D) organization of genomes in all domains of life. The eukaryotic SMC complexes cohesin and condensin are thought to fold interphase and mitotic chromosomes, respectively, into large loop domains, although the underlying molecular mechanisms have remained unknown. We used cryo-EM to investigate the nucleotide-driven reaction cycle of condensin from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Our structures of the five-subunit condensin holo complex at different functional stages suggest that ATP binding induces the transition of the SMC coiled coils from a folded-rod conformation into a more open architecture. ATP binding simultaneously triggers the exchange of the two HEAT-repeat subunits bound to the SMC ATPase head domains. We propose that these steps result in the interconversion of DNA-binding sites in the catalytic core of condensin, forming the basis of the DNA translocation and loop-extrusion activities.
履歴
登録2020年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月15日-
マップ公開2020年7月15日-
更新2021年10月6日-
現状2021年10月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10964.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.4 Å/pix.
x 90 pix.
= 306. Å		3.4 Å/pix.
x 90 pix.
= 306. Å		3.4 Å/pix.
x 90 pix.
= 306. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.024102928 - 0.15293168
平均 (標準偏差)-0.00092865905 (±0.009535933)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.43.43.4
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z306.000306.000306.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-0.0240.153-0.001

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_10964_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10964_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_10964_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Rod-shaped arm segment of condensin in presence of ATP

全体名称: Rod-shaped arm segment of condensin in presence of ATP
要素
  • 複合体: Rod-shaped arm segment of condensin in presence of ATP

-
超分子 #1: Rod-shaped arm segment of condensin in presence of ATP

超分子名称: Rod-shaped arm segment of condensin in presence of ATP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90728
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る