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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10902 | |||||||||||||||
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タイトル | Escherichia coli ExbB(5)D(2) complex | |||||||||||||||
![]() | postprocessed volume ExbBD complex in LMNG | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() transmembrane transporter activity / protein transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||||||||
![]() | Lea SM / Deme JC / Johnson S | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of the stator complex that drives rotation of the bacterial flagellum. 著者: Justin C Deme / Steven Johnson / Owen Vickery / Amy Aron / Holly Monkhouse / Thomas Griffiths / Rory Hennell James / Ben C Berks / James W Coulton / Phillip J Stansfeld / Susan M Lea / ![]() ![]() 要旨: The bacterial flagellum is the prototypical protein nanomachine and comprises a rotating helical propeller attached to a membrane-embedded motor complex. The motor consists of a central rotor ...The bacterial flagellum is the prototypical protein nanomachine and comprises a rotating helical propeller attached to a membrane-embedded motor complex. The motor consists of a central rotor surrounded by stator units that couple ion flow across the cytoplasmic membrane to generate torque. Here, we present the structures of the stator complexes from Clostridium sporogenes, Bacillus subtilis and Vibrio mimicus, allowing interpretation of the extensive body of data on stator mechanism. The structures reveal an unexpected asymmetric AB subunit assembly where the five A subunits enclose the two B subunits. Comparison to structures of other ion-driven motors indicates that this AB architecture is fundamental to bacterial systems that couple energy from ion flow to generate mechanical work at a distance and suggests that such events involve rotation in the motor structures. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 58.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.4 KB 22.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 154.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 41.1 MB 48.7 MB 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocessed volume ExbBD complex in LMNG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: relion local resolution volume
ファイル | emd_10902_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | relion local resolution volume | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: refinement volume
ファイル | emd_10902_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | refinement volume | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_10902_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_10902_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : ExbB(5)D(2)
全体 | 名称: ExbB(5)D(2) |
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要素 |
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-超分子 #1: ExbB(5)D(2)
超分子 | 名称: ExbB(5)D(2) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 195 KDa |
-分子 #1: ExbB
分子 | 名称: ExbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGNNLMQTDL SVWGMYQHAD IVVKCVMIGL ILASVVTWAI FFSKSVEFFN QKRRLKREQQ LLAEARSLN QANDIAADFG SKSLSLHLLN EAQNELELSE GSDDNEGIKE RTSFRLERRV A AVGRQMGR GNGYLATIGA ISPFVGLFGT VWGIMNSFIG IAQTQTTNLA ...文字列: MGNNLMQTDL SVWGMYQHAD IVVKCVMIGL ILASVVTWAI FFSKSVEFFN QKRRLKREQQ LLAEARSLN QANDIAADFG SKSLSLHLLN EAQNELELSE GSDDNEGIKE RTSFRLERRV A AVGRQMGR GNGYLATIGA ISPFVGLFGT VWGIMNSFIG IAQTQTTNLA VVAPGIAEAL LA TAIGLVA AIPAVVIYNV FARQIGGFKA MLGDVAAQVL LLQSRDLDLE ASAAAHPVRV AQK LRAG |
-分子 #2: ExbD
分子 | 名称: ExbD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAMHLNENLD DNGEMHDINV TPFIDVMLVL LIIFMVAAPL ATVDVKVNLP ASTSTPQPRP EKPVYLSVK ADNSMFIGND PVTDETMITA LNALTEGKKD TTIFFRADKT VDYETLMKVM D TLHQAGYL KIGLVGEETA KAK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0003 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0001 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |