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- PDB-6ysf: Structure of the flagellar MotAB stator complex from Clostridium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ysf
タイトルStructure of the flagellar MotAB stator complex from Clostridium sporogenes
要素
  • Chemotaxis MotA protein
  • Chemotaxis motB protein
キーワードMOTOR PROTEIN / Stator Flagellar rotation ion driven motor
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar motor protein MotA, conserved site / Flagellar motor protein motA family signature. / Motility protein B-like, N-terminal domain / Membrane MotB of proton-channel complex MotA/MotB / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein MotB / Chemotaxis MotA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium sporogenes (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lea, S.M. / Deme, J.C. / Johnson, S.J.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust107929/Z/15/Z 英国
Wellcome Trust100298/Z/12/Z 英国
Wellcome Trust201536/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M011984/1 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structures of the stator complex that drives rotation of the bacterial flagellum.
著者: Justin C Deme / Steven Johnson / Owen Vickery / Amy Aron / Holly Monkhouse / Thomas Griffiths / Rory Hennell James / Ben C Berks / James W Coulton / Phillip J Stansfeld / Susan M Lea /
要旨: The bacterial flagellum is the prototypical protein nanomachine and comprises a rotating helical propeller attached to a membrane-embedded motor complex. The motor consists of a central rotor ...The bacterial flagellum is the prototypical protein nanomachine and comprises a rotating helical propeller attached to a membrane-embedded motor complex. The motor consists of a central rotor surrounded by stator units that couple ion flow across the cytoplasmic membrane to generate torque. Here, we present the structures of the stator complexes from Clostridium sporogenes, Bacillus subtilis and Vibrio mimicus, allowing interpretation of the extensive body of data on stator mechanism. The structures reveal an unexpected asymmetric AB subunit assembly where the five A subunits enclose the two B subunits. Comparison to structures of other ion-driven motors indicates that this AB architecture is fundamental to bacterial systems that couple energy from ion flow to generate mechanical work at a distance and suggests that such events involve rotation in the motor structures.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10895
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis motB protein
B: Chemotaxis motB protein
E: Chemotaxis MotA protein
C: Chemotaxis MotA protein
D: Chemotaxis MotA protein
F: Chemotaxis MotA protein
G: Chemotaxis MotA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,9657
ポリマ－203,9657
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area24280 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area56930 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis motB protein / Motility protein MotB


分子量: 27948.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium sporogenes (バクテリア)
遺伝子: motB, NCTC13020_02207, NCTC534_01101, VT92_0222420, VT96_0225960
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V9IL35
#2: タンパク質
Chemotaxis MotA protein


分子量: 29613.506 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium sporogenes (バクテリア)
遺伝子: motA, NCTC13020_02206 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X3BQ48

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MotAB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Clostridium sporogenes (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMNaCl1
30.02 %LMNG1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.3 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1SIMPLE3粒子像選択
2EPU画像取得
4SIMPLE3CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9SIMPLE3初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1998900
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 314230 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00410387
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66314002
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.1076261
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421618
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041764

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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