[日本語] English
万見
- EMDB-10889: Vip3Bc1 tetramer in processed, activated state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10889
タイトルVip3Bc1 tetramer in processed, activated state
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrameric assembly of activated, processed Vip3Bc1
    • タンパク質・ペプチド: Vegetative insecticidal protein
キーワードToxin / Vip3 / Bt toxin
機能・相同性Vegetative insecticide protein 3 / Vegetative insecticide protein 3A N terminal / Vegetative insecticidal protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Thompson RF / Byrne MJ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of an insecticidal Bt toxin reveal its mechanism of action on the membrane.
著者: Matthew J Byrne / Matthew G Iadanza / Marcos Arribas Perez / Daniel P Maskell / Rachel M George / Emma L Hesketh / Paul A Beales / Marc D Zack / Colin Berry / Rebecca F Thompson /
要旨: Insect pests are a major cause of crop losses worldwide, with an estimated economic cost of $470 billion annually. Biotechnological tools have been introduced to control such insects without the need ...Insect pests are a major cause of crop losses worldwide, with an estimated economic cost of $470 billion annually. Biotechnological tools have been introduced to control such insects without the need for chemical pesticides; for instance, the development of transgenic plants harbouring genes encoding insecticidal proteins. The Vip3 (vegetative insecticidal protein 3) family proteins from Bacillus thuringiensis convey toxicity to species within the Lepidoptera, and have wide potential applications in commercial agriculture. Vip3 proteins are proposed to exert their insecticidal activity through pore formation, though to date there is no mechanistic description of how this occurs on the membrane. Here we present cryo-EM structures of a Vip3 family toxin in both inactive and activated forms in conjunction with structural and functional data on toxin-membrane interactions. Together these data demonstrate that activated Vip3Bc1 complex is able to insert into membranes in a highly efficient manner, indicating that receptor binding is the likely driver of Vip3 specificity.
履歴
登録2020年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yrg
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ntx
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10889.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10889.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.55 / ムービー #1: 0.55
最小 - 最大-0.7874999 - 2.7787771
平均 (標準偏差)0.0052389805 (±0.0996259)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 319.50003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z319.500319.500319.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.7872.7790.005

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Tetrameric assembly of activated, processed Vip3Bc1

全体名称: Tetrameric assembly of activated, processed Vip3Bc1
要素
  • 複合体: Tetrameric assembly of activated, processed Vip3Bc1
    • タンパク質・ペプチド: Vegetative insecticidal protein

-
超分子 #1: Tetrameric assembly of activated, processed Vip3Bc1

超分子名称: Tetrameric assembly of activated, processed Vip3Bc1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus thuringiensis (バクテリア)

-
分子 #1: Vegetative insecticidal protein

分子名称: Vegetative insecticidal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus thuringiensis (バクテリア)
分子量理論値: 91.287148 KDa
組換発現生物種: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
配列文字列: MVQKWMQRMI IVDNNKLNVR ALPSFIDYFN GIYGFATGIK DIMGMIFKTD TGGSNLTLDE ILKNQNLLND ISGKLDGING DLGDLIAQG NLNSELAKEL LKISNEQNQM LNHVNAQLNA INSTLNIYLP KITSMLNEVM KQNHVLSLQI EFLSKQLQEI S DKLDIINL ...文字列:
MVQKWMQRMI IVDNNKLNVR ALPSFIDYFN GIYGFATGIK DIMGMIFKTD TGGSNLTLDE ILKNQNLLND ISGKLDGING DLGDLIAQG NLNSELAKEL LKISNEQNQM LNHVNAQLNA INSTLNIYLP KITSMLNEVM KQNHVLSLQI EFLSKQLQEI S DKLDIINL NVLINSTLTE ITPAYQRIKY VNEKFDELTS TVEKNPKSYQ DNVTKEVIEN LNELTELAKS VTKNDMDSFE FY LQTFHDV MTGNNLFGRS ALKTASELIT KENVTTRGSE IGKVYNFLIV LTSLQAKAFL TLTACRKLLG LTDIDYTQIM NHH IDGQKR EFRINILPTL SNNFSNPSYS KNRGSDIDDP IVVLEAAPGY ALIGFEILND PLPILKGYQA RLKPNYQVDR ESMS ETIYG DIHKLFCPKQ LEQKYYIKDI EFPEGYVITK IVFEKRLNQL GYEVTANFYD PSTGSIDLNK VKVESWKEKS CEEDS CEDE YSIIKAETDG IYMPLGVVSE TFLTPIYGFG LTVDEKNQKI TLTGKSYLRE SLLETDLLNN ETYLIASPDG YISSIV ENW NITSDNTGSW RANNNNAFVD KADTIKGSSS LYTHKDGEFS QFIGNKLKPK TNYVIQYVIK GRPAIYLKNN KDTLFED TK NNFSDFQTVT KKFNSGVNPS EIYFLFKNQS EYEAWGNNFI ILEIKSLEFL PQMLKPEDWI PSGNVQMKDG GRLEILGD G YFKQFIKLEN DSTYHLRLSV KGTGRVSIID ESKYLLFVNV KDEDLTRVIK NTSSKGECFI ALEGTYVENS STIFSNVSI VKE

UniProtKB: Vegetative insecticidal protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#0 - 検出モード: INTEGRATING / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 平均露光時間: 1.5 sec. / #0 - 平均電子線量: 70.8 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#1 - 検出モード: INTEGRATING / #1 - 平均電子線量: 42.51 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 191975
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る