[日本語] English
万見
- EMDB-10844: Mono-ubiquitinated FANCD2 in complex with mono-ubiquitinated FANC... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10844
タイトルMono-ubiquitinated FANCD2 in complex with mono-ubiquitinated FANCI and dsDNA
マップデータMono-ubiquitinated FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 in complex with double stranded DNA
試料
  • 複合体: Ternary complex of mono-ubiquitinated FANCD2, mono-ubiquitinated FANCI, and 32 base pair dsDNA
    • 複合体: Mono-ubiquitinated FANCD2, mono-ubiquitinated FANCI
      • タンパク質・ペプチド: FANCD2 mono-ubiquitinated at K561
      • タンパク質・ペプチド: FANCI mono-ubiquitinated at K523
    • 複合体: 32 base pair dsDNA
      • DNA: double stranded DNA, 32 base pairs
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Rennie ML / Lemonidis K / Arkinson C / Chaugule VK / Clarke M / Streetley J / Spagnolo L / Walden H
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2015-CoG-681582 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_PC_17135 英国
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2020
タイトル: Differential functions of FANCI and FANCD2 ubiquitination stabilize ID2 complex on DNA.
著者: Martin L Rennie / Kimon Lemonidis / Connor Arkinson / Viduth K Chaugule / Mairi Clarke / James Streetley / Laura Spagnolo / Helen Walden /
要旨: The Fanconi anaemia (FA) pathway is a dedicated pathway for the repair of DNA interstrand crosslinks and is additionally activated in response to other forms of replication stress. A key step in the ...The Fanconi anaemia (FA) pathway is a dedicated pathway for the repair of DNA interstrand crosslinks and is additionally activated in response to other forms of replication stress. A key step in the FA pathway is the monoubiquitination of each of the two subunits (FANCI and FANCD2) of the ID2 complex on specific lysine residues. However, the molecular function of these modifications has been unknown for nearly two decades. Here, we find that ubiquitination of FANCD2 acts to increase ID2's affinity for double-stranded DNA via promoting a large-scale conformational change in the complex. The resulting complex encircles DNA, by forming a secondary "Arm" ID2 interface. Ubiquitination of FANCI, on the other hand, largely protects the ubiquitin on FANCD2 from USP1-UAF1 deubiquitination, with key hydrophobic residues of FANCI's ubiquitin being important for this protection. In effect, both of these post-translational modifications function to stabilize a conformation in which the ID2 complex encircles DNA.
履歴
登録2020年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月17日-
マップ公開2020年6月17日-
更新2020年7月15日-
現状2020年7月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10844.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mono-ubiquitinated FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 in complex with double stranded DNA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.011
最小 - 最大-0.007672439 - 0.03029835
平均 (標準偏差)0.00039954696 (±0.0026101521)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 277.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0851.0851.085
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z277.760277.760277.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0080.0300.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Ternary complex of mono-ubiquitinated FANCD2, mono-ubiquitinated ...

全体名称: Ternary complex of mono-ubiquitinated FANCD2, mono-ubiquitinated FANCI, and 32 base pair dsDNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of mono-ubiquitinated FANCD2, mono-ubiquitinated FANCI, and 32 base pair dsDNA
    • 複合体: Mono-ubiquitinated FANCD2, mono-ubiquitinated FANCI
      • タンパク質・ペプチド: FANCD2 mono-ubiquitinated at K561
      • タンパク質・ペプチド: FANCI mono-ubiquitinated at K523
    • 複合体: 32 base pair dsDNA
      • DNA: double stranded DNA, 32 base pairs

-
超分子 #1: Ternary complex of mono-ubiquitinated FANCD2, mono-ubiquitinated ...

超分子名称: Ternary complex of mono-ubiquitinated FANCD2, mono-ubiquitinated FANCI, and 32 base pair dsDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 350 KDa

-
超分子 #2: Mono-ubiquitinated FANCD2, mono-ubiquitinated FANCI

超分子名称: Mono-ubiquitinated FANCD2, mono-ubiquitinated FANCI / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
超分子 #3: 32 base pair dsDNA

超分子名称: 32 base pair dsDNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

-
分子 #1: FANCD2 mono-ubiquitinated at K561

分子名称: FANCD2 mono-ubiquitinated at K561 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Additional single ubiquitin conjugated to K561 (ubiquitin sequence: GPGSMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG)
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPGSMVSKRR LSKSEDKESL TEDASKTRKQ PLSKKTKKSH IANEVEENDS IFVKLL KIS GIILKTGESQ NQLAVDQIAF QKKLFQTL R RHPSYPKIIE EFVSGLESYI EDEDSFRNCL LSCERLQDE EASMGASYSK SLIKLLLGID ILQPAIIKTL FEKLPEYFFE ...文字列:
GPGSMVSKRR LSKSEDKESL TEDASKTRKQ PLSKKTKKSH IANEVEENDS IFVKLL KIS GIILKTGESQ NQLAVDQIAF QKKLFQTL R RHPSYPKIIE EFVSGLESYI EDEDSFRNCL LSCERLQDE EASMGASYSK SLIKLLLGID ILQPAIIKTL FEKLPEYFFE NKNSDEINIP RLIVSQLKWL DRVVDGKDL TTKI MQLIS IAPENLQHDI ITSLPEILGD SQHADVGKEL SDLLIENTSL TVPILDVLSS LRLDPNFLLK VRQLVMD KL SSIRLEDLPV IIK FILHSV TAMDTLEVIS ELREKLDLQH CVLPSRLQAS QVKLKSKGRA SSSGNQESS GQSCIILLFD VIKSAIRYEK TISEAWIKAI ENTASVSEHK VFDLV MLFI IYSTNTQTKK YIDRVLRNKI RSGCI QEQL LQSTFSVHYL VLKDMCSSIL SLAQSLLHSL DQSIISFGSL LYKYAFKFFD TYCQQEVVGA LVTHICS GN EAEVDTALDV LLELVVLNPS AMMMNAVFVK GILDYLDNIS PQQIRKLFYV LSTLAFSKQN EASSHIQD D MHLVIRKQLS STVFKYKLIG IIGAVTMAG IMAADRSESP SLTQERANLS DEQCTQVTSL LQLVHSCSE QSPQASALYY DEFANLIQHE KLDPKALEWV GHTICNDFQD AFVVDSCVVP EGDFPFPVKA L YGLEEYD TQDGIAINLL PLLFSQDFAK DGGPVTSQES GQKLVSPLCL APYFRLLRLC VERQHNGNLE EIDGLLDCPI FLTDLEPGE KLESMSAKER SFMC SLIFL TLNWFREIVN AFCQETSPEM KGKVLTRLKH IVELQIILEK YLA VTPDYV PPLGNFDVET LDITPHTVTA ISAKIRKKGK IERKQKTDGS KTSSSD TLS EEKNSECDPT PSHRG QLNK EFTGKEEKTS LLLHNSHAFF RELDIEVFSI LHCGLVTKFI LDTEMHTEAT EVVQLGPPEL LFLLEDL SQ KLESMLTPP IARRVPFLKN KGSRNIGFSH LQQRSAQEIV HCVFQLLTPM CNHLENIHNY FQCLAAEN H GVVDGPGVKV QEYHIMSSCY QRLLQIFHGL FAWSGFSQPE N QNLLYSAL HVLSSRLKQG EHSQPLE EL LSQSVHYLQN FHQSIPSFQC ALYLIRLLMV ILEKSTASAQ NKEKIASLAR QFLCRVWPSG DKEKSNIS N DQLH ALLCI YLEHTESILK AIEEIAGVGV PELINSPKDA SSSTFPTLTR HTFVVFFRVM MAELEKTVKK IE PGTAADS QQIHEEKLLY WNMAVRDFSI LINLIK VFD SHPVLHVCLK YGRLFVEAFL KQCMPLLDFS FRK HREDVL SLLETFQLDT RLLHHLCGHS KIHQDTRLTQ HVPLLKKTLE LLVCRVKAML TLNNCREA F WLGN LKNRD LQGEEIKSQN SQESTADESE DDMSSQASKS KATEDGEEDE VSAGEKEQDS DESYDDSD

-
分子 #2: FANCI mono-ubiquitinated at K523

分子名称: FANCI mono-ubiquitinated at K523 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Additional single ubiquitin conjugated to K523 (ubiquitin sequence: GPGSMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG)
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHENL YFQGKPIPNP LLGLDSTMDQ KILSLAAEKT ADKLQEFLQT LREGDLTNLL QNQAVKGKV AGALLRAIFK GSPCSEEAGT LRRRKIYTCC I QLVESGDL QKEIASEIIG LLMLEAHHFP GPLLVELANE FIS AVREGS LVNGKSLELL PIILTALATK ...文字列:
MHHHHHHENL YFQGKPIPNP LLGLDSTMDQ KILSLAAEKT ADKLQEFLQT LREGDLTNLL QNQAVKGKV AGALLRAIFK GSPCSEEAGT LRRRKIYTCC I QLVESGDL QKEIASEIIG LLMLEAHHFP GPLLVELANE FIS AVREGS LVNGKSLELL PIILTALATK KENLAYGKGV LSGEECKKQL INTLCSGRWD QQY VIQLTS MFKD VPLTA EEVEFVVEKA LSMFSKMNLQ EIPPLVYQLL VLSSKGSRKS VLEGIIAFFS ALDKQHNEEQ SGDEL LDVV TVPSGELRHV EGTIIL HIV FAIKLDYELG RELVKHLKVG QQGDSNNNLS PFSIALLLSV TRIQRFQD Q VLDLLKTSVV KSFKDLQLLQ GSKFLQNLVP HRSYVSTMIL EVVKNSVH S WDHVTQGLVE LGFILMDS Y GPKKVLDGKT IETSPSLSRM PNQHACKLGA NILLETFKIH EMIRQEILEQ VLNRVVTRAS SPISHFLDLL SNIVMYAPL V LQSCSSKV TEAFDYLSFL PLQTVQRLLK AVQPLLKVSM SMRDCLILVL RKAMFANQLD A RKSAVAGF LLLLKNFKVL GSLSSSQCSQ SLSVSQVHVD VHS HYNSVA NETFCLEIMD SLRRCLSQQA D VRLMLYEG FYDVLRRNSQ LANSVMQTLL SQLKQFYEPK PDLLPPLKLE ACILTQGDKI SLQEPLDYLL CC IQH CLA WYKNTVIPLQ QGEEEEEEEE AFYEDLDDIL ESITNRMIKS ELEDFELDKS ADFSQSTSIG IKNNI CAFL VMGVCEVLIE YNFSISSFSK NRFEDILS L FMCYKKLSDI LNEKAGKAKT KMANKTSDSL LSMKFVS SL LTALFRDSIQ SHQESLSVLR SSNEFMRYAV NVALQKVQQL KETGHVSGPD GQNPEKIFQN LCDITR VL LWRYTSIPTS VEESGKKEKG KSISLLCLEG LQKIFSAVQQ FYQPKIQQFL RALDVTDKEG EEREDADV S VTQRTAFQIR QFQRSLLNLL SSQ EEDFNS KEALLLVTVL TSLSKLLEPS SPQFVQMLSW TSKICKENS REDALFCKSL MNLLFSLHVS YKSPVILLRD LSQDIHGHLG DIDQDVEVEK TNHFA IVNL RTAAPTVCLL V LSQAEKVL EEVDWLITKL KGQVSQETLS EEASSQATLP NQPVEKAIIM QLGTLLTFFH ELVQTALPSG SC VDTLLKD LCKMYTTL T ALVRYYLQVC QSSGGIPKNM EKLVKLSGSH LTPLCYSFIS YVQNKSKSLN YTG EKKEKP AAVATAMARV LRETKPIPNL IFAIEQYEKF LIHLSKKSKV NLMQHMKLS TSRDFKIKGN ILDMVLREDG EDENEEGTAS EHGGQNKEPA KKKRKK

-
分子 #3: double stranded DNA, 32 base pairs

分子名称: double stranded DNA, 32 base pairs / タイプ: dna / ID: 3
詳細: Sense strand (anti-sense strand: CGATCGGTAACGTATGCTGAATCTGGTGCTGG)
分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
CCAGCACCAG ATTCAGCATA CGTTACCGAT CG

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris/HCl pH 8.0
100.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMC4H10O2S2DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.55 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Complex components were mixed then sample was exchanged into cryoEM buffer via a desalting column

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Microscope access provided by eBIC (Diamond Light Source) under proposal EM16637.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 44.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Stochastic gradient descent implemented in RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12710
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る