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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10843 | |||||||||
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タイトル | Mono-ubiquitinated FANCD2 in complex with FANCI | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Rennie ML / Lemonidis K / Arkinson C / Chaugule VK / Clarke M / Streetley J / Spagnolo L / Walden H | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2020 タイトル: Differential functions of FANCI and FANCD2 ubiquitination stabilize ID2 complex on DNA. 著者: Martin L Rennie / Kimon Lemonidis / Connor Arkinson / Viduth K Chaugule / Mairi Clarke / James Streetley / Laura Spagnolo / Helen Walden / 要旨: The Fanconi anaemia (FA) pathway is a dedicated pathway for the repair of DNA interstrand crosslinks and is additionally activated in response to other forms of replication stress. A key step in the ...The Fanconi anaemia (FA) pathway is a dedicated pathway for the repair of DNA interstrand crosslinks and is additionally activated in response to other forms of replication stress. A key step in the FA pathway is the monoubiquitination of each of the two subunits (FANCI and FANCD2) of the ID2 complex on specific lysine residues. However, the molecular function of these modifications has been unknown for nearly two decades. Here, we find that ubiquitination of FANCD2 acts to increase ID2's affinity for double-stranded DNA via promoting a large-scale conformational change in the complex. The resulting complex encircles DNA, by forming a secondary "Arm" ID2 interface. Ubiquitination of FANCI, on the other hand, largely protects the ubiquitin on FANCD2 from USP1-UAF1 deubiquitination, with key hydrophobic residues of FANCI's ubiquitin being important for this protection. In effect, both of these post-translational modifications function to stabilize a conformation in which the ID2 complex encircles DNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10843.map.gz | 271.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10843-v30.xml emd-10843.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10843_fsc.xml | 2.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10843.png | 30.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10843 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10843 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10843_validation.pdf.gz | 226.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10843_full_validation.pdf.gz | 225.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10843_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10843 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10843 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.784 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Binary complex of mono-ubiquitinated FANCD2 and FANCI
全体 | 名称: Binary complex of mono-ubiquitinated FANCD2 and FANCI |
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要素 |
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-超分子 #1: Binary complex of mono-ubiquitinated FANCD2 and FANCI
超分子 | 名称: Binary complex of mono-ubiquitinated FANCD2 and FANCI タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 理論値: 330 KDa |
-分子 #1: FANCD2 mono-ubiquitinated at K561
分子 | 名称: FANCD2 mono-ubiquitinated at K561 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Additional single ubiquitin conjugated to K561 (ubiquitin sequence: GPGSMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG) 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GPGSMVSKRR LSKSEDKESL TEDASKTRKQ PLSKKTKKSH IANEVEENDS IFVKLL KIS GIILKTGESQ NQLAVDQIAF QKKLFQTL R RHPSYPKIIE EFVSGLESYI EDEDSFRNCL LSCERLQDE EASMGASYSK SLIKLLLGID ILQPAIIKTL FEKLPEYFFE ...文字列: GPGSMVSKRR LSKSEDKESL TEDASKTRKQ PLSKKTKKSH IANEVEENDS IFVKLL KIS GIILKTGESQ NQLAVDQIAF QKKLFQTL R RHPSYPKIIE EFVSGLESYI EDEDSFRNCL LSCERLQDE EASMGASYSK SLIKLLLGID ILQPAIIKTL FEKLPEYFFE NKNSDEINIP RLIVSQLKWL DRVVDGKDL TTKI MQLIS IAPENLQHDI ITSLPEILGD SQHADVGKEL SDLLIENTSL TVPILDVLSS LRLDPNFLLK VRQLVMD KL SSIRLEDLPV IIK FILHSV TAMDTLEVIS ELREKLDLQH CVLPSRLQAS QVKLKSKGRA SSSGNQESS GQSCIILLFD VIKSAIRYEK TISEAWIKAI ENTASVSEHK VFDLV MLFI IYSTNTQTKK YIDRVLRNKI RSGCI QEQL LQSTFSVHYL VLKDMCSSIL SLAQSLLHSL DQSIISFGSL LYKYAFKFFD TYCQQEVVGA LVTHICS GN EAEVDTALDV LLELVVLNPS AMMMNAVFVK GILDYLDNIS PQQIRKLFYV LSTLAFSKQN EASSHIQD D MHLVIRKQLS STVFKYKLIG IIGAVTMAG IMAADRSESP SLTQERANLS DEQCTQVTSL LQLVHSCSE QSPQASALYY DEFANLIQHE KLDPKALEWV GHTICNDFQD AFVVDSCVVP EGDFPFPVKA L YGLEEYD TQDGIAINLL PLLFSQDFAK DGGPVTSQES GQKLVSPLCL APYFRLLRLC VERQHNGNLE EIDGLLDCPI FLTDLEPGE KLESMSAKER SFMC SLIFL TLNWFREIVN AFCQETSPEM KGKVLTRLKH IVELQIILEK YLA VTPDYV PPLGNFDVET LDITPHTVTA ISAKIRKKGK IERKQKTDGS KTSSSD TLS EEKNSECDPT PSHRG QLNK EFTGKEEKTS LLLHNSHAFF RELDIEVFSI LHCGLVTKFI LDTEMHTEAT EVVQLGPPEL LFLLEDL SQ KLESMLTPP IARRVPFLKN KGSRNIGFSH LQQRSAQEIV HCVFQLLTPM CNHLENIHNY FQCLAAEN H GVVDGPGVKV QEYHIMSSCY QRLLQIFHGL FAWSGFSQPE N QNLLYSAL HVLSSRLKQG EHSQPLE EL LSQSVHYLQN FHQSIPSFQC ALYLIRLLMV ILEKSTASAQ NKEKIASLAR QFLCRVWPSG DKEKSNIS N DQLH ALLCI YLEHTESILK AIEEIAGVGV PELINSPKDA SSSTFPTLTR HTFVVFFRVM MAELEKTVKK IE PGTAADS QQIHEEKLLY WNMAVRDFSI LINLIK VFD SHPVLHVCLK YGRLFVEAFL KQCMPLLDFS FRK HREDVL SLLETFQLDT RLLHHLCGHS KIHQDTRLTQ HVPLLKKTLE LLVCRVKAML TLNNCREA F WLGN LKNRD LQGEEIKSQN SQESTADESE DDMSSQASKS KATEDGEEDE VSAGEKEQDS DESYDDSD |
-分子 #2: FANCI
分子 | 名称: FANCI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHENL YFQGKPIPNP LLGLDSTMDQ KILSLAAEKT ADKLQEFLQT LREGDLTNLL QNQAVKGKV AGALLRAIFK GSPCSEEAGT LRRRKIYTCC I QLVESGDL QKEIASEIIG LLMLEAHHFP GPLLVELANE FIS AVREGS LVNGKSLELL PIILTALATK ...文字列: MHHHHHHENL YFQGKPIPNP LLGLDSTMDQ KILSLAAEKT ADKLQEFLQT LREGDLTNLL QNQAVKGKV AGALLRAIFK GSPCSEEAGT LRRRKIYTCC I QLVESGDL QKEIASEIIG LLMLEAHHFP GPLLVELANE FIS AVREGS LVNGKSLELL PIILTALATK KENLAYGKGV LSGEECKKQL INTLCSGRWD QQY VIQLTS MFKD VPLTA EEVEFVVEKA LSMFSKMNLQ EIPPLVYQLL VLSSKGSRKS VLEGIIAFFS ALDKQHNEEQ SGDEL LDVV TVPSGELRHV EGTIIL HIV FAIKLDYELG RELVKHLKVG QQGDSNNNLS PFSIALLLSV TRIQRFQD Q VLDLLKTSVV KSFKDLQLLQ GSKFLQNLVP HRSYVSTMIL EVVKNSVH S WDHVTQGLVE LGFILMDS Y GPKKVLDGKT IETSPSLSRM PNQHACKLGA NILLETFKIH EMIRQEILEQ VLNRVVTRAS SPISHFLDLL SNIVMYAPL V LQSCSSKV TEAFDYLSFL PLQTVQRLLK AVQPLLKVSM SMRDCLILVL RKAMFANQLD A RKSAVAGF LLLLKNFKVL GSLSSSQCSQ SLSVSQVHVD VHS HYNSVA NETFCLEIMD SLRRCLSQQA D VRLMLYEG FYDVLRRNSQ LANSVMQTLL SQLKQFYEPK PDLLPPLKLE ACILTQGDKI SLQEPLDYLL CC IQH CLA WYKNTVIPLQ QGEEEEEEEE AFYEDLDDIL ESITNRMIKS ELEDFELDKS ADFSQSTSIG IKNNI CAFL VMGVCEVLIE YNFSISSFSK NRFEDILS L FMCYKKLSDI LNEKAGKAKT KMANKTSDSL LSMKFVS SL LTALFRDSIQ SHQESLSVLR SSNEFMRYAV NVALQKVQQL KETGHVSGPD GQNPEKIFQN LCDITR VL LWRYTSIPTS VEESGKKEKG KSISLLCLEG LQKIFSAVQQ FYQPKIQQFL RALDVTDKEG EEREDADV S VTQRTAFQIR QFQRSLLNLL SSQ EEDFNS KEALLLVTVL TSLSKLLEPS SPQFVQMLSW TSKICKENS REDALFCKSL MNLLFSLHVS YKSPVILLRD LSQDIHGHLG DIDQDVEVEK TNHFA IVNL RTAAPTVCLL V LSQAEKVL EEVDWLITKL KGQVSQETLS EEASSQATLP NQPVEKAIIM QLGTLLTFFH ELVQTALPSG SC VDTLLKD LCKMYTTL T ALVRYYLQVC QSSGGIPKNM EKLVKLSGSH LTPLCYSFIS YVQNKSKSLN YTG EKKEKP AAVATAMARV LRETKPIPNL IFAIEQYEKF LIHLSKKSKV NLMQHMKLS TSRDFKIKGN ILDMVLREDG EDENEEGTAS EHGGQNKEPA KKKRKK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.55 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Complex components were mixed then sample was exchanged into cryoEM buffer via a desalting column |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 46.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |