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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10834 | |||||||||
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タイトル | Tobacco mosaic virus (TMV) structure determined by a hybrid STA-SPA workflow | |||||||||
マップデータ | refine map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / Capsid protein / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Tobacco mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.24 Å | |||||||||
データ登録者 | Sanchez RM / Zhang Y / Chen W / Dietrich L / Kudryashev M | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Subnanometer-resolution structure determination in situ by hybrid subtomogram averaging - single particle cryo-EM. 著者: Ricardo M Sanchez / Yingyi Zhang / Wenbo Chen / Lea Dietrich / Mikhail Kudryashev / 要旨: Cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging (StA) has yielded high-resolution structures of macromolecules in their native context. However, high-resolution StA is not commonplace ...Cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging (StA) has yielded high-resolution structures of macromolecules in their native context. However, high-resolution StA is not commonplace due to beam-induced sample drift, images with poor signal-to-noise ratios (SNR), challenges in CTF correction, and limited particle number. Here we address these issues by collecting tilt series with a higher electron dose at the zero-degree tilt. Particles of interest are then located within reconstructed tomograms, processed by conventional StA, and then re-extracted from the high-dose images in 2D. Single particle analysis tools are then applied to refine the 2D particle alignment and generate a reconstruction. Use of our hybrid StA (hStA) workflow improved the resolution for tobacco mosaic virus from 7.2 to 4.4 Å and for the ion channel RyR1 in crowded native membranes from 12.9 to 9.1 Å. These resolution gains make hStA a promising approach for other StA projects aimed at achieving subnanometer resolution. #2: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Subnanometer-resolution structure determination in situ by a hybrid subtomogram averaging - single particle cryoEM - workflow 著者: Sanchez RM / Zhang Y / Chen W / Dietrich L / Kudryashev M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10834.map.gz | 22.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10834-v30.xml emd-10834.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10834_fsc.xml | 7.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10834.png | 35.3 KB | ||
マスクデータ | emd_10834_msk_1.map | 30.5 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10834_half_map_1.map.gz emd_10834_half_map_2.map.gz | 23.1 MB 23.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10834 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10834 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10834_validation.pdf.gz | 522.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10834_full_validation.pdf.gz | 521.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10834_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10834 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10834 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10393 (タイトル: Subnanometer-resolution structure determination in situ by a hybrid subtomogram averaging - single particle cryoEM - workflow - on TMV Data size: 37.5 Data #1: TMV-hybrid tomography- tiltstacks- aligned and CTF corrected [tilt series]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10834.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | refine map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10834_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_10834_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_10834_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tobacco mosaic virus
全体 | 名称: Tobacco mosaic virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Tobacco mosaic virus
超分子 | 名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid protein / 直径: 180.0 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 33 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 2.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -0.0045 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.0035 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |