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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1081 | |||||||||
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タイトル | Seeing GroEL at 6 A resolution by single particle electron cryomicroscopy. | |||||||||
マップデータ | This is the density map for the final published ~6 A resolution GroEL structure. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Ludtke SJ / Chen D / Song J / Chuang DT / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: Seeing GroEL at 6 A resolution by single particle electron cryomicroscopy. 著者: Steven J Ludtke / Dong-Hua Chen / Jiu-Li Song / David T Chuang / Wah Chiu / 要旨: We present a reconstruction of native GroEL by electron cryomicroscopy (cryo-EM) and single particle analysis at 6 A resolution. alpha helices are clearly visible and beta sheet density is also ...We present a reconstruction of native GroEL by electron cryomicroscopy (cryo-EM) and single particle analysis at 6 A resolution. alpha helices are clearly visible and beta sheet density is also visible at this resolution. While the overall conformation of this structure is quite consistent with the published X-ray data, a measurable shift in the positions of three alpha helices in the intermediate domain is observed, not consistent with any of the 7 monomeric structures in the Protein Data Bank model (1OEL). In addition, there is evidence for slight rearrangement or flexibility in parts of the apical domain. The 6 A resolution cryo-EM GroEL structure clearly demonstrates the veracity and expanding scope of cryo-EM and the single particle reconstruction technique for macromolecular machines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1081.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1081-v30.xml emd-1081.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1081.gif | 34.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1081 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1081 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1081_validation.pdf.gz | 260.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1081_full_validation.pdf.gz | 259.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1081_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1081 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1081 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1081.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the density map for the final published ~6 A resolution GroEL structure. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : native naked GroEL
全体 | 名称: native naked GroEL |
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要素 |
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-超分子 #1000: native naked GroEL
超分子 | 名称: native naked GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homo 14-mer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 800 KDa |
-分子 #1: GroEL
分子 | 名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 集合状態: 14mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 57 KDa |
組換発現 | 生物種: ESts CG-712 / 組換プラスミド: pGroESL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Manual gravity plunger |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010F |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 42 / 平均電子線量: 18 e/Å2 詳細: Data was median filtered to 10.5 microns/pixel after scanning. ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.56 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.794 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | Note that class averages are EMAN-style reference-based, not MSA. |
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CTF補正 | 詳細: per-particle phase flipping pre-processing, amplitude correction during class averaging |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 39085 |
最終 2次元分類 | クラス数: 295 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: foldhunter, EMAN |
詳細 | Protocol: Rigid Body. rigid body fitting of 1 monomer from 1OEL initially, followed by rigid body refinement of each domain, apical, intermediate and equatorial. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |