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- EMDB-10801: Folding of extension domain in duck hepatitis B virus capsids is ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10801
タイトルFolding of extension domain in duck hepatitis B virus capsids is accelerated by FkpA
マップデータ
試料
  • ウイルス: Hepatitis B virus duck/DHBV-16 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Duck hepatitis B virus capsid protein co-expressed with peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FkpA
生物種Hepatitis B virus duck/DHBV-16 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Makbul C / Bottcher B
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)Bo1150/17-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 93/903-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)Na154/9-4 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Slowly folding surface extension in the prototypic avian hepatitis B virus capsid governs stability.
著者: Cihan Makbul / Michael Nassal / Bettina Böttcher /
要旨: Hepatitis B virus (HBV) is an important but difficult to study human pathogen. Most basics of the hepadnaviral life-cycle were unraveled using duck HBV (DHBV) as a model although DHBV has a capsid ...Hepatitis B virus (HBV) is an important but difficult to study human pathogen. Most basics of the hepadnaviral life-cycle were unraveled using duck HBV (DHBV) as a model although DHBV has a capsid protein (CP) comprising ~260 rather than ~180 amino acids. Here we present high-resolution structures of several DHBV capsid-like particles (CLPs) determined by electron cryo-microscopy. As for HBV, DHBV CLPs consist of a dimeric α-helical frame-work with protruding spikes at the dimer interface. A fundamental new feature is a ~ 45 amino acid proline-rich extension in each monomer replacing the tip of the spikes in HBV CP. In vitro, folding of the extension takes months, implying a catalyzed process in vivo. DHBc variants lacking a folding-proficient extension produced regular CLPs in bacteria but failed to form stable nucleocapsids in hepatoma cells. We propose that the extension domain acts as a conformational switch with differential response options during viral infection.
履歴
登録2020年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月26日-
マップ公開2020年8月26日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10801.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10801.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 425.4 Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 425.4 Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 425.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0635 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.04326725 - 0.08970173
平均 (標準偏差)0.0006595228 (±0.006592352)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 425.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06351.06351.0635
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z425.400425.400425.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0430.0900.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10801_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10801_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10801_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis B virus duck/DHBV-16

全体名称: Hepatitis B virus duck/DHBV-16 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Hepatitis B virus duck/DHBV-16 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Duck hepatitis B virus capsid protein co-expressed with peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FkpA

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超分子 #1: Hepatitis B virus duck/DHBV-16

超分子名称: Hepatitis B virus duck/DHBV-16 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: TheDuck Hepatitis B core protein was co-expressed with FKPB-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FkpA to enhance folding of the proline rich extension domain. Co-expression with FkpA was ...詳細: TheDuck Hepatitis B core protein was co-expressed with FKPB-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FkpA to enhance folding of the proline rich extension domain. Co-expression with FkpA was conducted analogously to HBc-SRPK1 co-expression (Heger-Stevic et al. PlosPath 2018), using anhydrotetracyclin for Tet promoter induction.
NCBI-ID: 489543 / 生物種: Hepatitis B virus duck/DHBV-16 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Anas platyrhynchos (アヒル)
Host system生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 7.2 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: duck Hepatitis B Virus capsid / 直径: 370.0 Å / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: Duck hepatitis B virus capsid protein co-expressed with peptidyl-...

分子名称: Duck hepatitis B virus capsid protein co-expressed with peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FkpA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Duck Hepatitis B capsid protein was co-expressed with FkpA to enhance folding. FkpA is not part of the assembly
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus duck/DHBV-16 (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MDINASRALA NVYDLPDDFF PKIDDLVRDA KDALEPYWKS DSIKKHVLIA THFVDLIEDF WQTTQGMHEI AESLRAVIPP TTTPVPPGYL IQHEEAEEIP LGDLFKHQEE RIVSFQPDYP ITARIHAHLK AYAKINEESL DRARRLLWWH YNCLLWGEAQ VTNYISRLRT ...文字列:
MDINASRALA NVYDLPDDFF PKIDDLVRDA KDALEPYWKS DSIKKHVLIA THFVDLIEDF WQTTQGMHEI AESLRAVIPP TTTPVPPGYL IQHEEAEEIP LGDLFKHQEE RIVSFQPDYP ITARIHAHLK AYAKINEESL DRARRLLWWH YNCLLWGEAQ VTNYISRLRT WLSTPEKYRG RDAPTIEAIT RPIQVAQGGR KTTTGTRKPR GLEPRRRKVK TTVVYGRRRS KSRERRAPTP QRAGSPLPRS SSSHHRSPSP RK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3. mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
50.0 mMNaCl
1.0 mMMgCl2
1.0 mMCaCl2
5.0 mMDTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: For the vitrification, grids (400 mesh copper grids (type R 1.2/1.3. Quantifoil Micro Tools, Jena/Germany) were rendered hydrophilic by glow discharging in air at a pressure of 29 Pa for 2 ...詳細: For the vitrification, grids (400 mesh copper grids (type R 1.2/1.3. Quantifoil Micro Tools, Jena/Germany) were rendered hydrophilic by glow discharging in air at a pressure of 29 Pa for 2 minutes at medium power with a Plasma Cleaner (model PDC-002. Harrick Plasma Ithaca, NY/USA). Then, 3.5 ul of DHBc solution was pipetted onto the grids and they were plunge frozen in liquid ethane with a Vitrobot mark IV (FEI-Thermo Fisher Scientific). The settings for the Vitrobot were 3s blot time, 45 s wait time, blot force 0 at a temperature of 4 C and 100 % humidity.
詳細DHBc was co-expressed with FkpA to enhance folding of the extension domain. The sample is prepared for cryo-EM after 2 weeks of storage. The extension domain is fully folded, which is in contrast to an largely unfolded extension domain in DHBc without co-expression of FkpA after 2 weeks of storage.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4339 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: movie mode, 3 images per hole, 40 fractions per movie
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.6 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Micrographs were dose weighted and motion corrected with Motioncor2. The ctf was determined with ctffind4
粒子像選択選択した数: 161596
詳細: particles were automatically selected using 2 D class averages as template
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFINDdeterminingctf
RELIONapplying ctf correction
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: low pass filtered maps of DHBc
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 44374
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: auto_refinement
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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