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- EMDB-10794: Photorhabdus luminescens TcdA1 in complex with BSA-Lewis X -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10794
タイトルPhotorhabdus luminescens TcdA1 in complex with BSA-Lewis X
マップデータThe main map of Pl-TcdA1 with BSA-LewisX after postprocessing
試料
  • 複合体: Photorhabdus luminescens TcdA1 pentamer with one BSA-Lewis X, crosslinked with glutaraldehyde
    • 複合体: Photorhabdus luminescens toxin complex subunit TcdA1, Homopentamer
      • タンパク質・ペプチド: Photorhabdus luminescens toxin complex subunit TcdA1, Homopentamer
    • 複合体: BSA with Lewis X glycans crosslinked to surface lysines
      • タンパク質・ペプチド: BSA with Lewis X glycans crosslinked to surface lysines
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Roderer D / Broecker F / Sitsel O / Kaplonek P / Leidreiter F / Seeberger PH / Raunser S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)615984 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Glycan-dependent cell adhesion mechanism of Tc toxins.
著者: Daniel Roderer / Felix Bröcker / Oleg Sitsel / Paulina Kaplonek / Franziska Leidreiter / Peter H Seeberger / Stefan Raunser /
要旨: Toxin complex (Tc) toxins are virulence factors of pathogenic bacteria. Tcs are composed of three subunits: TcA, TcB and TcC. TcA facilitates receptor-toxin interaction and membrane permeation, TcB ...Toxin complex (Tc) toxins are virulence factors of pathogenic bacteria. Tcs are composed of three subunits: TcA, TcB and TcC. TcA facilitates receptor-toxin interaction and membrane permeation, TcB and TcC form a toxin-encapsulating cocoon. While the mechanisms of holotoxin assembly and pore formation have been described, little is known about receptor binding of TcAs. Here, we identify heparins/heparan sulfates and Lewis antigens as receptors for different TcAs from insect and human pathogens. Glycan array screening reveals that all tested TcAs bind negatively charged heparins. Cryo-EM structures of Morganella morganii TcdA4 and Xenorhabdus nematophila XptA1 reveal that heparins/heparan sulfates unexpectedly bind to different regions of the shell domain, including receptor-binding domains. In addition, Photorhabdus luminescens TcdA1 binds to Lewis antigens with micromolar affinity. Here, the glycan interacts with the receptor-binding domain D of the toxin. Our results suggest a glycan dependent association mechanism of Tc toxins on the host cell surface.
履歴
登録2020年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月8日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10794.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10794.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The main map of Pl-TcdA1 with BSA-LewisX after postprocessing
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.009 / ムービー #1: 0.009
最小 - 最大-0.020802047 - 0.049993984
平均 (標準偏差)0.0004675394 (±0.0030881853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 426.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.111.111.11
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.240426.240426.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0210.0500.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photorhabdus luminescens TcdA1 pentamer with one BSA-Lewis X, cro...

全体名称: Photorhabdus luminescens TcdA1 pentamer with one BSA-Lewis X, crosslinked with glutaraldehyde
要素
  • 複合体: Photorhabdus luminescens TcdA1 pentamer with one BSA-Lewis X, crosslinked with glutaraldehyde
    • 複合体: Photorhabdus luminescens toxin complex subunit TcdA1, Homopentamer
      • タンパク質・ペプチド: Photorhabdus luminescens toxin complex subunit TcdA1, Homopentamer
    • 複合体: BSA with Lewis X glycans crosslinked to surface lysines
      • タンパク質・ペプチド: BSA with Lewis X glycans crosslinked to surface lysines

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超分子 #1: Photorhabdus luminescens TcdA1 pentamer with one BSA-Lewis X, cro...

超分子名称: Photorhabdus luminescens TcdA1 pentamer with one BSA-Lewis X, crosslinked with glutaraldehyde
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 1.5 MDa

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超分子 #2: Photorhabdus luminescens toxin complex subunit TcdA1, Homopentamer

超分子名称: Photorhabdus luminescens toxin complex subunit TcdA1, Homopentamer
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: BSA with Lewis X glycans crosslinked to surface lysines

超分子名称: BSA with Lewis X glycans crosslinked to surface lysines
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Photorhabdus luminescens toxin complex subunit TcdA1, Homopentamer

分子名称: Photorhabdus luminescens toxin complex subunit TcdA1, Homopentamer
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNESVKEIPD VLKSQCGFNC LTDISHSSFN EFRQQVSEHL SWSETHDLYH DAQQAQKDNR LYEARILKR ANPQLQNAVH LAILAPNAEL IGYNNQFSGR ASQYVAPGTV SSMFSPAAYL T ELYREARN LHASDSVYYL DTRRPDLKSM ALSQQNMDIE LSTLSLSNEL ...文字列:
MNESVKEIPD VLKSQCGFNC LTDISHSSFN EFRQQVSEHL SWSETHDLYH DAQQAQKDNR LYEARILKR ANPQLQNAVH LAILAPNAEL IGYNNQFSGR ASQYVAPGTV SSMFSPAAYL T ELYREARN LHASDSVYYL DTRRPDLKSM ALSQQNMDIE LSTLSLSNEL LLESIKTESK LE NYTKVME MLSTFRPSGA TPYHDAYENV REVIQLQDPG LEQLNASPAI AGLMHQASLL GIN ASISPE LFNILTEEIT EGNAEELYKK NFGNIEPASL AMPEYLKRYY NLSDEELSQF IGKA SNFGQ QEYSNNQLIT PVVNSSDGTV KVYRITREYT TNAYQMDVEL FPFGGENYRL DYKFK NFYN ASYLSIKLND KRELVRTEGA PQVNIEYSAN ITLNTADISQ PFEIGLTRVL PSGSWA YAA AKFTVEEYNQ YSFLLKLNKA IRLSRATELS PTILEGIVRS VNLQLDINTD VLGKVFL TK YYMQRYAIHA ETALILCNAP ISQRSYDNQP SQFDRLFNTP LLNGQYFSTG DEEIDLNS G STGDWRKTIL KRAFNIDDVS LFRLLKITDH DNKDGKIKNN LKNLSNLYIG KLLADIHQL TIDELDLLLI AVGEGKTNLS AISDKQLATL IRKLNTITSW LHTQKWSVFQ LFIMTSTSYN KTLTPEIKN LLDTVYHGLQ GFDKDKADLL HVMAPYIAAT LQLSSENVAH SVLLWADKLQ P GDGAMTAE KFWDWLNTKY TPGSSEAVET QEHIVQYCQA LAQLEMVYHS TGINENAFRL FV TKPEMFG AATGAAPAHD ALSLIMLTRF ADWVNALGEK ASSVLAAFEA NSLTAEQLAD AMN LDANLL LQASIQAQNH QHLPPVTPEN AFSCWTSINT ILQWVNVAQQ LNVAPQGVSA LVGL DYIQS MKETPTYAQW ENAAGVLTAG LNSQQANTLH AFLDESRSAA LSTYYIRQVA KAAAA IKSR DDLYQYLLID NQVSAAIKTT RIAEAIASIQ LYVNRALENV EENANSGVIS RQFFID WDK YNKRYSTWAG VSQLVYYPEN YIDPTMRIGQ TKMMDALLQS VSQSQLNADT VEDAFMS YL TSFEQVANLK VISAYHDNIN NDQGLTYFIG LSETDAGEYY WRSVDHSKFN DGKFAANA W SEWHKIDCPI NPYKSTIRPV IYKSRLYLLW LEQKEITKQT GNSKDGYQTE TDYRYELKL AHIRYDGTWN TPITFDVNKK ISELKLEKNR APGLYCAGYQ GEDTLLVMFY NQQDTLDSYK NASMQGLYI FADMASKDMT PEQSNVYRDN SYQQFDTNNV RRVNNRYAED YEIPSSVSSR K DYGWGDYY LSMVYNGDIP TINYKAASSD LKIYISPKLR IIHNGYEGQK RNQCNLMNKY GK LGDKFIV YTSLGVNPNN SSNKLMFYPV YQYSGNTSGL NQGRLLFHRD TTYPSKVEAW IPG AKRSLT NQNAAIGDDY ATDSLNKPDD LKQYIFMTDS KGTATDVSGP VEINTAISPA KVQI IVKAG GKEQTFTADK DVSIQPSPSF DEMNYQFNAL EIDGSGLNFI NNSASIDVTF TAFAE DGRK LGYESFSIPV TLKVSTDNAL TLHHNENGAQ YMQWQSYRTR LNTLFARQLV ARATTG IDT ILSMETQNIQ EPQLGKGFYA TFVIPPYNLS THGDERWFKL YIKHVVDNNS HIIYSGQ LT DTNINITLFI PLDDVPLNQD YHAKVYMTFK KSPSDGTWWG PHFVRDDKGI VTINPKSI L THFESVNVLN NISSEPMDFS GANSLYFWEL FYYTPMLVAQ RLLHEQNFDE ANRWLKYVW SPSGYIVHGQ IQNYQWNVRP LLEDTSWNSD PLDSVDPDAV AQHDPMHYKV STFMRTLDLL IARGDHAYR QLERDTLNEA KMWYMQALHL LGDKPYLPLS TTWSDPRLDR AADITTQNAH D SAIVALRQ NIPTPAPLSL RSANTLTDLF LPQINEVMMN YWQTLAQRVY NLRHNLSIDG QP LYLPIYA TPADPKALLS AAVATSQGGG KLPESFMSLW RFPHMLENAR GMVSQLTQFG STL QNIIER QDAEALNALL QNQAAELILT NLSIQDKTIE ELDAEKTVLE KSKAGAQSRF DSYG KLYDE NINAGENQAM TLRASAAGLT TAVQASRLAG AAADLVPNIF GFAGGGSRWG AIAEA TGYV MEFSANVMNT EADKISQSET YRRRRQEWEI QRNNAEAELK QIDAQLKSLA VRREAA VLQ KTSLKTQQEQ TQSQLAFLQR KFSNQALYNW LRGRLAAIYF QFYDLAVARC LMAEQAY RW ELNDDSARFI KPGAWQGTYA GLLAGETLML SLAQMEDAHL KRDKRALEVE RTVSLAEV Y AGLPKDNGPF SLAQEIDKLV SQGSGSAGSG NNNLAFGAGT DTKTSLQASV SFADLKIRE DYPASLGKIR RIKQISVTLP ALLGPYQDVQ AILSYGDKAG LANGCEALAV SHGMNDSGQF QLDFNDGKF LPFEGIAIDQ GTLTLSFPNA SMPEKGKQAT MLKTLNDIIL HIRYTIK

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分子 #2: BSA with Lewis X glycans crosslinked to surface lysines

分子名称: BSA with Lewis X glycans crosslinked to surface lysines
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MKWVTFISLL LLFSSAYSRG VFRRDTHKSE IAHRFKDLGE EHFKGLVLIA FSQYLQQCPF DEHVKLVNE LTEFAKTCVA DESHAGCEKS LHTLFGDELC KVASLRETYG DMADCCEKQE P ERNECFLS HKDDSPDLPK LKPDPNTLCD EFKADEKKFW GKYLYEIARR ...文字列:
MKWVTFISLL LLFSSAYSRG VFRRDTHKSE IAHRFKDLGE EHFKGLVLIA FSQYLQQCPF DEHVKLVNE LTEFAKTCVA DESHAGCEKS LHTLFGDELC KVASLRETYG DMADCCEKQE P ERNECFLS HKDDSPDLPK LKPDPNTLCD EFKADEKKFW GKYLYEIARR HPYFYAPELL YY ANKYNGV FQECCQAEDK GACLLPKIET MREKVLASSA RQRLRCASIQ KFGERALKAW SVA RLSQKF PKAEFVEVTK LVTDLTKVHK ECCHGDLLEC ADDRADLAKY ICDNQDTISS KLKE CCDKP LLEKSHCIAE VEKDAIPENL PPLTADFAED KDVCKNYQEA KDAFLGSFLY EYSRR HPEY AVSVLLRLAK EYEATLEECC AKDDPHACYS TVFDKLKHLV DEPQNLIKQN CDQFEK LGE YGFQNALIVR YTRKVPQVST PTLVEVSRSL GKVGTRCCTK PESERMPCTE DYLSLIL NR LCVLHEKTPV SEKVTKCCTE SLVNRRPCFS ALTPDETYVP KAFDEKLFTF HADICTLP D TEKQIKKQTA LVELLKHKPK ATEEQLKTVM ENFVAFVDKC CAADDKEACF AVEGPKLVV STQTALA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.06 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細The sample was crosslinked with glutaraldehyde and subsequently purified by SEC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 4992 / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 711872
CTF補正ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 199038
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: SPHIRE

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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