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- EMDB-10792: Hybrid structure of the SPP1 tail tube by solid-state NMR and cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10792
タイトルHybrid structure of the SPP1 tail tube by solid-state NMR and cryo EM - Final EM Refinement
マップデータ
試料
  • 複合体: SPP1 tail tube
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein gp17.1*
キーワードcomplex / tail tube / scaffolding / DNA transport / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral head-tail joining / virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral translational frameshifting
類似検索 - 分子機能
Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail tube protein gp17.1*
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage SPP1 (ファージ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Zinke M / Sachowsky KAA
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)337490European Union
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Architecture of the flexible tail tube of bacteriophage SPP1.
著者: Maximilian Zinke / Katrin A A Sachowsky / Carl Öster / Sophie Zinn-Justin / Raimond Ravelli / Gunnar F Schröder / Michael Habeck / Adam Lange /
要旨: Bacteriophage SPP1 is a double-stranded DNA virus of the Siphoviridae family that infects the bacterium Bacillus subtilis. This family of phages features a long, flexible, non-contractile tail that ...Bacteriophage SPP1 is a double-stranded DNA virus of the Siphoviridae family that infects the bacterium Bacillus subtilis. This family of phages features a long, flexible, non-contractile tail that has been difficult to characterize structurally. Here, we present the atomic structure of the tail tube of phage SPP1. Our hybrid structure is based on the integration of structural restraints from solid-state nuclear magnetic resonance (NMR) and a density map from cryo-EM. We show that the tail tube protein gp17.1 organizes into hexameric rings that are stacked by flexible linker domains and, thus, form a hollow flexible tube with a negatively charged lumen suitable for the transport of DNA. Additionally, we assess the dynamics of the system by combining relaxation measurements with variances in density maps.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Spinal Column Architecture of the Flexible SPP1 Bacteriophage Tail Tube
著者: Zinke M / Sachowsky KAA / Oster C / Zinn-Justin S / Ravelli R / Schroder GF / Habeck M / Lange A
履歴
登録2020年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2023年9月13日-
現状2023年9月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yeg
  • 表面レベル: 1.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yq5
  • 表面レベル: 1.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6yeg
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6yq5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10792.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 200 pix.
= 187. Å		0.94 Å/pix.
x 200 pix.
= 187. Å		0.94 Å/pix.
x 200 pix.
= 187. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.935 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.27 / ムービー #1: 1.27
最小 - 最大-4.415271 - 2.4558156
平均 (標準偏差)0.07454041 (±0.38211346)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 187.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9350.9350.935
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z187.000187.000187.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-4.4152.4560.075

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10792_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10792_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SPP1 tail tube

全体名称: SPP1 tail tube
要素
  • 複合体: SPP1 tail tube
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein gp17.1*

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超分子 #1: SPP1 tail tube

超分子名称: SPP1 tail tube / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPP1 (ファージ)

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分子 #1: Tail tube protein gp17.1*

分子名称: Tail tube protein gp17.1* / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPP1 (ファージ)
分子量理論値: 19.674451 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MPIMGQDVKY LFQSIDAATG SAPLFPAYQT DGSVSGEREL FDEQTKNGRI LGPGSVADSG EVTYYGKRGD AGQKAIEDAY QNGKQIKFW RVDTVKNEND KYDAQFGFAY IESREYSDGV EGAVEISISL QVIGELKNGE IDTLPEEIVN VSKGGYDFQQ P GQTTGEAP GTVPAPHHHH HH

UniProtKB: Tail tube protein gp17.1*

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3TRIS
0.5 MNaClsodium chloride
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 20 fractions, each fraction had 6 frames. Dose rate was 23 e/A^2/s, i.e. dose per frame was 3.5 electrons/A^2 .
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 38.46 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 21.89 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 5966
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: C6 symmetry and rough estimate of the helical symmetry (rise of 40 A and a twist of 21 deg) was used for initial reconstructions. In the initial model spheres were placed at positions given by the symmetry.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6yeg:
Hybrid structure of the SPP1 tail tube by solid-state NMR and cryo EM - Final EM Refinement

PDB-6yq5:
Hybrid structure of the SPP1 tail tube by solid-state NMR and cryo EM - NMR Ensemble

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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