+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1078 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Lumbricus terrestris hemoglobin--the architecture of linker chains and structural variation of the central toroid. | |||||||||
マップデータ | Whole structure of Lumbricus terrestris hemoglobin | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Lumbricus terrestris (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Mouche F / Boisset N / Penczek PA | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2001 タイトル: Lumbricus terrestris hemoglobin--the architecture of linker chains and structural variation of the central toroid. 著者: F Mouche / N Boisset / P A Penczek / 要旨: The extracellular giant hemoglobin from the earthworm Lumbricus terrestris was reconstructed at 14.9-A resolution from cryo-electron microscope images, using a new procedure for estimating parameters ...The extracellular giant hemoglobin from the earthworm Lumbricus terrestris was reconstructed at 14.9-A resolution from cryo-electron microscope images, using a new procedure for estimating parameters of the contrast transfer (CTF) function. In this approach, two important CTF parameters, defocus and amplitude contrast ratio, can be refined iteratively within the framework of 3D projection alignment procedure, using minimization of sign disagreement between theoretical CTF and cross-resolution curves. The 3D cryo-EM map is in overall good agreement with the recent X-ray crystallography map of Royer et al. (2000, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 7107-7111), and it reveals the local threefold arrangement of the three linker chains present within each 1/12 of the complex. The 144 globin chains and 36 linker chains within the complex are clearly visible, and the interdigitation of the 12 coiled-coil helical spokes forming the central toroidal piece is confirmed. Based on these findings, two mechanisms of the dodecameric unit assembly are proposed and termed "zigzag" and "pairwise" polymerizations. However, the detection by cryo-EM of 12 additional rod-like bodies within the toroid raises the possibility that the architecture of the toroid is more complex than previously thought or that yet unknown ligands or allosteric effectors for this oxygen carrier are present. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1078.map.gz | 1.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1078-v30.xml emd-1078.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_1078_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | 1078.gif | 83.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1078 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1078 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1078_validation.pdf.gz | 296.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1078_full_validation.pdf.gz | 296 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1078_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1078 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1078 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Whole structure of Lumbricus terrestris hemoglobin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.76 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Lumbricus terrestris hemoglobin
全体 | 名称: Lumbricus terrestris hemoglobin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Lumbricus terrestris hemoglobin
超分子 | 名称: Lumbricus terrestris hemoglobin / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 12 x 12 mer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 3.6 MDa |
-分子 #1: Lumbricus terrestris hemoglobin
分子 | 名称: Lumbricus terrestris hemoglobin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 144 / 集合状態: 12 x 12 mer / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 別称: earthworm / 組織: blood |
分子量 | 実験値: 3.6 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 50 mM MgCl2, 10 mM CaCl2 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: NO STAIN Cryo-electron microscopy |
グリッド | 詳細: 400 mesh gold grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home made / 手法: Single side blotting and rapid plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010F |
---|---|
温度 | 最低: 86 K / 最高: 86 K / 平均: 86 K |
アライメント法 | Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
日付 | 1999年10月17日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OPTRONICS / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / 実像数: 16 / 詳細: Rotating drum microdensitometer / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 66489 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |