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- EMDB-10775: Structure of a human 48S translational initiation complex - 40S body -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10775
タイトルStructure of a human 48S translational initiation complex - 40S body
マップデータ
試料
  • 複合体: Human 48S initiation complex
    • 複合体: Human 48S initiation complex
      • タンパク質・ペプチド: x 21種
      • RNA: x 1種
    • 複合体: Human 48S initiation complex
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: Human 48S initiation complex
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードeIF3 / ribosome / translation / initiation complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / translation factor activity, RNA binding / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of RNA splicing / neural crest cell differentiation / regulation of translational initiation ...positive regulation of mRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / translation factor activity, RNA binding / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of RNA splicing / neural crest cell differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of bicellular tight junction assembly / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / fibroblast growth factor binding / TOR signaling / Protein hydroxylation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / cellular response to ethanol / mTORC1-mediated signalling / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / ribosomal small subunit binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Protein methylation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity / positive regulation of cell cycle / translation initiation factor binding / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / translation initiation factor activity / antiviral innate immune response / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / cytosolic ribosome / stress granule assembly / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / positive regulation of translation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / erythrocyte differentiation / mRNA 3'-UTR binding / innate immune response in mucosa / maturation of SSU-rRNA / neural tube closure / small-subunit processome / translational initiation / RHO GTPases Activate Formins / response to insulin / GABA-ergic synapse / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / mRNA 5'-UTR binding / response to virus / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / protein tag activity / RMTs methylate histone arginines / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Separation of Sister Chromatids / antibacterial humoral response / glucose homeostasis / presynapse / ribosome binding / cell body / virus receptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3-like domain superfamily / Translation initiation factor eIF3 subunit / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3-like domain superfamily / Translation initiation factor eIF3 subunit / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / : / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ubiquitin domain signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Eukaryotic translation initiation factor 1 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Eukaryotic translation initiation factor 1 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Brito Querido J / Sokabe M
資金援助 英国, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome TrustWTY096570 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184332 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM092927 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of a human 48 translational initiation complex.
著者: Jailson Brito Querido / Masaaki Sokabe / Sebastian Kraatz / Yuliya Gordiyenko / J Mark Skehel / Christopher S Fraser / V Ramakrishnan /
要旨: A key step in translational initiation is the recruitment of the 43 preinitiation complex by the cap-binding complex [eukaryotic initiation factor 4F (eIF4F)] at the 5' end of messenger RNA (mRNA) to ...A key step in translational initiation is the recruitment of the 43 preinitiation complex by the cap-binding complex [eukaryotic initiation factor 4F (eIF4F)] at the 5' end of messenger RNA (mRNA) to form the 48 initiation complex (i.e., the 48). The 48 then scans along the mRNA to locate a start codon. To understand the mechanisms involved, we used cryo-electron microscopy to determine the structure of a reconstituted human 48 The structure reveals insights into early events of translation initiation complex assembly, as well as how eIF4F interacts with subunits of eIF3 near the mRNA exit channel in the 43 The location of eIF4F is consistent with a slotting model of mRNA recruitment and suggests that downstream mRNA is unwound at least in part by being "pulled" through the 40 subunit during scanning.
履歴
登録2020年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月16日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ybw
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ybw
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10775.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10775.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 500 pix.
= 537. Å		1.07 Å/pix.
x 500 pix.
= 537. Å		1.07 Å/pix.
x 500 pix.
= 537. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.22808239 - 0.4096543
平均 (標準偏差)0.00031956309 (±0.006762035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 537.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0741.0741.074
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z537.000537.000537.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-0.2280.4100.000

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_10775_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_10775_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10775_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10775_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human 48S initiation complex

全体名称: Human 48S initiation complex
要素
  • 複合体: Human 48S initiation complex
    • 複合体: Human 48S initiation complex
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4, X isoform
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15a
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3a
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein SA
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L41
      • RNA: 18S rRNA
    • 複合体: Human 48S initiation complex
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 1
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J
    • 複合体: Human 48S initiation complex
      • RNA: mRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Human 48S initiation complex

超分子名称: Human 48S initiation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#26

+
超分子 #2: Human 48S initiation complex

超分子名称: Human 48S initiation complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#18, #21, #23-#25
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Human 48S initiation complex

超分子名称: Human 48S initiation complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #19-#20, #22
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Human 48S initiation complex

超分子名称: Human 48S initiation complex / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #26
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: 40S ribosomal protein S4, X isoform

分子名称: 40S ribosomal protein S4, X isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.654869 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ...文字列:
MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ITDFIKFDTG NLCMVTGGAN LGRIGVITNR ERHPGSFDVV HVKDANGNSF ATRLSNIFVI GKGNKPWISL PR GKGIRLT IAEERDKRLA AKQSSG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S11

分子名称: 40S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.321652 KDa
配列文字列:
MADIQTERAY QKQPTIFQNK KRVLLGETGK EKLPRYYKNI GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGNVSIRG RILSGVVTKM KMQRTIVIR RDYLHYIRKY NRFEKRHKNM SVHLSPCFRD VQIGDIVTVG ECRPLSKTVR FNVLKVTKAA GTKKQFQK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S23

分子名称: 40S ribosomal protein S23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.844666 KDa
配列文字列:
MGKCRGLRTA RKLRSHRRDQ KWHDKQYKKA HLGTALKANP FGGASHAKGI VLEKVGVEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPNDG CLNFIEENDE VLVAGFGRKG HAVGDIPGVR FKVVKVANVS LLALYKGKKE RPRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S9

分子名称: 40S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.641564 KDa
配列文字列: MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG ...文字列:
MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG RPGRVKRKNA KKGQGGAGAG DDEEED

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.168914 KDa
配列文字列: MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH ...文字列:
MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH KVETFSGVYK KLTGKDVNFE FPEFQL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.668938 KDa
配列文字列:
KVHGSLARAG KVRGQTPKVA KQEKKKKKTG RAKRRMQYNR RFVNVVPTFG KKKGPNANS

UniProtKB: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.480186 KDa
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.124389 KDa
配列文字列:
MQNDAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIQMNVAEVD KVTGRFNGQF KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKADGIVS KNF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S15a

分子名称: 40S ribosomal protein S15a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.865555 KDa
配列文字列:
MVRMNVLADA LKSINNAEKR GKRQVLIRPC SKVIVRFLTV MMKHGYIGEF EIIDDHRAGK IVVNLTGRLN KCGVISPRFD VQLKDLEKW QNNLLPSRQF GFIVLTTSAG IMDHEEARRK HTGGKILGFF F

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S17

分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.578156 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGPV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S2

分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.376516 KDa
配列文字列: MADDAGAAGG PGGPGGPGMG NRGGFRGGFG SGIRGRGRGR GRGRGRGRGA RGGKAEDKEW MPVTKLGRLV KDMKIKSLEE IYLFSLPIK ESEIIDFFLG ASLKDEVLKI MPVQKQTRAG QRTRFKAFVA IGDYNGHVGL GVKCSKEVAT AIRGAIILAK L SIVPVRRG ...文字列:
MADDAGAAGG PGGPGGPGMG NRGGFRGGFG SGIRGRGRGR GRGRGRGRGA RGGKAEDKEW MPVTKLGRLV KDMKIKSLEE IYLFSLPIK ESEIIDFFLG ASLKDEVLKI MPVQKQTRAG QRTRFKAFVA IGDYNGHVGL GVKCSKEVAT AIRGAIILAK L SIVPVRRG YWGNKIGKPH TVPCKVTGRC GSVLVRLIPA PRGTGIVSAP VPKKLLMMAG IDDCYTSARG CTATLGNFAK AT FDAISKT YSYLTPDLWK ETVFTKSPYQ EFTDHLVKTH TRVSVQRTQA PAVATT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S3a

分子名称: 40S ribosomal protein S3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.002061 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #13: 40S ribosomal protein SA

分子名称: 40S ribosomal protein SA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.883938 KDa
配列文字列: MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA ...文字列:
MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA HSVGLMWWML AREVLRMRGT ISREHPWEVM PDLYFYRDPE EIEKEEQAAA EKAVTKEEFQ GEWTAPAPEF TA TQPEVAD WSEGVQVPSV PIQQFPTEDW SAQPATEDWS AAPTAQATEW VGATTDWS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.047532 KDa
配列文字列:
MTKKRRNNGR AKKGRGHVQP IRCTNCARCV PKDKAIKKFV IRNIVEAAAV RDISEASVFD AYVLPKLYVK LHYCVSCAIH SKVVRNRSR EARKDRTPPP RFRPAGAAPR PPPKPM

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS26

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S14

分子名称: 40S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.302772 KDa
配列文字列:
MAPRKGKEKK EEQVISLGPQ VAEGENVFGV CHIFASFNDT FVHVTDLSGK ETICRVTGGM KVKADRDESS PYAAMLAAQD VAQRCKELG ITALHIKLRA TGGNRTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPIPSDS TRRKGGRRGR RL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.751906 KDa
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSLR AS TSKSESS QK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.263387 KDa
配列文字列: MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ ...文字列:
MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ GKLLACIASR PGQCGRADGY VLEGKELEFY LRKIKARKGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.463333 KDa
配列文字列:
MNDTVTIRTR KFMTNRLLQR KQMVIDVLHP GKATVPKTEI REKLAKMYKT TPDVIFVFGF RTHFGGGKTT GFGMIYDSLD YAKKNEPKH RLARHGLYEK KKTSRKQRKE RKNRMKKVRG TAKANVGAGK KPKE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #19: Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.488449 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPKNKGKGGK NRRRGKNENE SEKRELVFKE DGQEYAQVIK MLGNGRLEAM CFDGVKRLCH IRGKLRKKVW INTSDIILVG LRDYQDNKA DVILKYNADE ARSLKAYGEL PEHAKINETD TFGPGDDDEI QFDDIGDDDE DIDDI

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal

+
分子 #20: Eukaryotic translation initiation factor 1

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.752498 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSAIQNLHSF DPFADASKGD DLLPAGTEDY IHIRIQQRNG RKTLTTVQGI ADDYDKKKLV KAFKKKFACN GTVIEHPEYG EVIQLQGDQ RKNICQFLVE IGLAKDDQLK VHGF

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 1

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.259389 KDa
配列文字列:
MGRMHAPGKG LSQSALPYRR SVPTWLKLTS DDVKEQIYKL AKKGLTPSQI GVILRDSHGV AQVRFVTGNK ILRILKSKGL APDLPEDLY HLIKKAVAVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY KTKRVLPPNW KYESSTASAL VA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #22: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.108453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAAAAAAGD SDSWDADAFS VEDPVRKVGG GGTAGGDRWE GEDEDEDVKD NWDDDDDEKK EEAEVKPEVK ISEKKKIAEK IKEKERQQK KRQEEIKKRL EEPEEPKVLT PEEQLADKLR LKKLQEESDL ELAKETFGVN NAVYGIDAMN PSSRDDFTEF G KLLKDKIT ...文字列:
MAAAAAAAGD SDSWDADAFS VEDPVRKVGG GGTAGGDRWE GEDEDEDVKD NWDDDDDEKK EEAEVKPEVK ISEKKKIAEK IKEKERQQK KRQEEIKKRL EEPEEPKVLT PEEQLADKLR LKKLQEESDL ELAKETFGVN NAVYGIDAMN PSSRDDFTEF G KLLKDKIT QYEKSLYYAS FLEVLVRDVC ISLEIDDLKK ITNSLTVLCS EKQKQEKQSK AKKKKKGVVP GGGLKATMKD DL ADYGGYD GGYVQDYEDF M

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

+
分子 #23: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.503945 KDa
配列文字列: MSRFFTTGSD SESESSLSGE ELVTKPVGGN YGKQPLLLSE DEEDTKRVVR SAKDKRFEEL TNLIRTIRNA MKIRDVTKCL EEFELLGKA YGKAKSIVDK EGVPRFYIRI LADLEDYLNE LWEDKEGKKK MNKNNAKALS TLRQKIRKYN RDFESHITSY K QNPEQSAD ...文字列:
MSRFFTTGSD SESESSLSGE ELVTKPVGGN YGKQPLLLSE DEEDTKRVVR SAKDKRFEEL TNLIRTIRNA MKIRDVTKCL EEFELLGKA YGKAKSIVDK EGVPRFYIRI LADLEDYLNE LWEDKEGKKK MNKNNAKALS TLRQKIRKYN RDFESHITSY K QNPEQSAD EDAEKNEEDS EGSSDEDEDE DGVSAATFLK KKSEAPSGES RKFLKKMDDE DEDSEDSEDD EDWDTGSTSS DS DSEEEEG KQTALASRFL KKAPTTDEDK KAAEKKREDK AKKKHDRKSK RLDEEEEDNE GGEWERVRGG VPLVKEKPKM FAK GTEITH AVVIKKLNEI LQARGKKGTD RAAQIELLQL LVQIAAENNL GEGVIVKIKF NIIASLYDYN PNLATYMKPE MWGK CLDCI NELMDILFAN PNIFVGENIL EESENLHNAD QPLRVRGCIL TLVERMDEEF TKIMQNTDPH SQEYVEHLKD EAQVC AIIE RVQRYLEEKG TTEEVCRIYL LRILHTYYKF DYKAHQRQLT PPEGSSKSEQ DQAENEGEDS AVLMERLCKY IYAKDR TDR IRTCAILCHI YHHALHSRWY QARDLMLMSH LQDNIQHADP PVQILYNRTM VQLGICAFRQ GLTKDAHNAL LDIQSSG RA KELLGQGLLL RSLQERNQEQ EKVERRRQVP FHLHINLELL ECVYLVSAML LEIPYMAAHE SDARRRMISK QFHHQLRV G ERQPLLGPPE SMREHVVAAS KAMKMGDWKT CHSFIINEKM NGKVWDLFPE ADKVRTMLVR KIQEESLRTY LFTYSSVYD SISMETLSDM FELDLPTVHS IISKMIINEE LMASLDQPTQ TVVMHRTEPT AQQNLALQLA EKLGSLVENN ERVFDHKQGT YGGYFRDQK DGYRKNEGYM RRGGYRQQQS QTAY

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

+
分子 #24: 60S ribosomal protein L41

分子名称: 60S ribosomal protein L41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.473451 KDa
配列文字列:
MRAKWRKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32

+
分子 #25: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 25 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 603.130375 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAU(A2M)UGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUG AGUACGCACG GCCGGU ACA GUGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGU(OMU)CC(PSU) U(OMU)GGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUU GGAU ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAU(A2M)UGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUG AGUACGCACG GCCGGU ACA GUGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGU(OMU)CC(PSU) U(OMU)GGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUU GGAU AACUGUGGUA (A2M)UUCUAG(A2M)GC UAAUA(OMC)AUGC CGACGGGCGC UGACCCCCUU CGCGGGGGGG AUGC GUGCA UUUAUCAGAU CAAAACCAAC CCGGUCAGCC CCUCUCCGGC CCCGGCCGGG GGGCGGGCGC CGGCGGCUUU GGUGA CUCU AGAUAACCUC GGGCCGAUCG CACGCCCCCC GUGGCGGCGA CGACCCAUUC GAACGUCUGC CCUAUCAACU UUCGAU GGU AGUCGCCGUG CCUACCAUGG UGACCACGGG UGACGGGGAA UCAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAACGG CU ACCACAUCCA AGGAAGGCAG CAGGCGCGC(A2M) AAUUACCCAC UCCCGACCCG GGGA(OMG)GUAGU GA(OMC)GAA AAA UAACAAUACA GGACUCUUUC GAGGCCCUGU AAUUGGAAUG AGUCCACUUU AAAUCCUUUA ACGAGGAUCC AUUGGAG GG CAAGUCUGG(PSU) GCCAGCAGCC GCGGUAAUUC CAGCUCCAAU A(OMG)CGUAUAUU AAAGUUGCUG CAGUU(A2M) AAA AGCUCGUAGU U(OMG)GAUCUUGG GAGCGGGCGG GCGGUCCGCC GCGAGGCGAG CCACCGCCCG UCCCCGCCCC UUG CCUCUC GGCGCCCCCU CGAUGCUCUU AGCUGAGUGU CCCGCGGGGC CCGAAGCGUU UACUUUGAAA AAA(5MU)UAGAGU G(PSU)(PSU)CAAAGC AGGCCCGAGC CGCCUGGAUA CCGCAGCUAG GAAUAAUGGA AUAGGACCGC GGUUCUAUUU UGU UGGUUU UCGGAACUGA GGCCAUGAUU AAGAGGGACG GCCGGGGGCA UUCGUAUUGC GCCGCUAGAG GUGAAAUUCU UGGA CCGGC GCAAGACGGA CCAGAGCGAA AGCAUUUGCC AAGAAUGUUU UCAUUAAUCA AGA(A2M)CGAAAG UCGGAGGUUC G AAGACGAU CAGAUACCGU CGUAGUUCCG ACCA(PSU)AAACG AUGCCGACCG GCGAUGCGGC GGCGUUAUUC CCAUGACC C GCCGGGCAGC UUCCGGGAAA CCAAAGUCUU UGGGUUCCGG GGGGAGUAUG GUUGCAAAGC UGAAACUUAA AGGAAUUGA CGGAAGGGCA CCAC(JMH)AGGAG UGGAGCCUGC GGCUUAAU(PSU)U GACUCAACAC GGGAAACCUC ACCCGGCCCG GA CACGGAC AGGAUUGACA GAUUGAUAGC UCUUUCUCGA UUCCGUGGGU GGUGGUGCAU GGCCGUUCUU AGUUGGUGGA GCG AUUUGU CUGGUUAAUU C(5MC)GAUAACGA ACGAGACUCU GGCAUGCUAA CUAGUUACGC GACCCCCGAG CGGUCGGCGU CCCCCAACU UCUUAGAGGG ACAAGUGGCG UUCAGCCACC CGAGAUUGAG CAAUAACAGG UCUGUGAUGC CCUUAGAUGU C CGGGGCUG CACGCGCGCU ACACUGACUG GCUCAGCGUG UGCCUACCCU ACGCCGGCAG GCGCGGGUAA CCCGUUGAAC CC CAUUCGU GAUGGGGAUC GGGGAUUGCA AUUAUUCCCC AUGAACGAGG AAUUCCCAGU AAGUGCGGGU CAUAAGCUUG CGU UGAUU(A2M) AGUCCCUGCC CUUUGUACAC ACCG(OMC)CCGUC GCUACUACCG AUUGGAUGGU UUAGUGAGGC CCUCGG AUC GGCCCCGCCG GGGUCGGCCC ACGGCCCUGG CGGAGCGCUG AGAAGACGGU CGAACUUGAC UAUCUAGAGG AAGUAAA AG UCG(UR3)A(6MZ)CAAG GUUUCCGUAG GUG(MA6)(MA6)CCUGC GGAAGGAUCA UUA

+
分子 #26: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 26 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.172806 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAA

+
分子 #27: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 60 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #28: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 107.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Rabbit 40S ribosomal subunit in complex with eIF1 and eIF1A
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 144882
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る