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- EMDB-10745: Leishmania RNA virus capsid with exogenous mRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10745
タイトルLeishmania RNA virus capsid with exogenous mRNA
マップデータ
試料
  • ウイルス: Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 (ウイルス)
生物種Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Prochazkova M
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC) チェコ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Capsid Structure of RNA Virus 1.
著者: Michaela Procházková / Tibor Füzik / Danyil Grybchuk / Francesco Luca Falginella / Lucie Podešvová / Vyacheslav Yurchenko / Robert Vácha / Pavel Plevka /
要旨: parasites cause a variety of symptoms, including mucocutaneous leishmaniasis, which results in the destruction of the mucous membranes of the nose, mouth, and throat. The species of carrying RNA ... parasites cause a variety of symptoms, including mucocutaneous leishmaniasis, which results in the destruction of the mucous membranes of the nose, mouth, and throat. The species of carrying RNA virus 1 (LRV1), from the family , are more likely to cause severe disease and are less sensitive to treatment than those that do not contain the virus. Although the importance of LRV1 for the severity of leishmaniasis was discovered a long time ago, the structure of the virus remained unknown. Here, we present a cryo-electron microscopy reconstruction of the virus-like particle of LRV1 determined to a resolution of 3.65 Å. The capsid has icosahedral symmetry and is formed by 120 copies of a capsid protein assembled in asymmetric dimers. RNA genomes of viruses from the family are synthetized, but not capped at the 5' end, by virus RNA polymerases. To protect viral RNAs from degradation, capsid proteins of the L-A totivirus cleave the 5' caps of host mRNAs, creating decoys to overload the cellular RNA quality control system. Capsid proteins of LRV1 form positively charged clefts, which may be the cleavage sites for the 5' cap of mRNAs. The putative RNA binding site of LRV1 is distinct from that of the related L-A virus. The structure of the LRV1 capsid enables the rational design of compounds targeting the putative decapping site. Such inhibitors may be developed into a treatment for mucocutaneous leishmaniasis caused by LRV1-positive species of Twelve million people worldwide suffer from leishmaniasis, resulting in more than 30 thousand deaths annually. The disease has several variants that differ in their symptoms. The mucocutaneous form, which leads to disintegration of the nasal septum, lips, and palate, is caused predominantly by parasites carrying RNA virus 1 (LRV1). Here, we present the structure of the LRV1 capsid determined using cryo-electron microscopy. Capsid proteins of a related totivirus, L-A virus, protect viral RNAs from degradation by cleaving the 5' caps of host mRNAs. Capsid proteins of LRV1 may have the same function. We show that the LRV1 capsid contains positively charged clefts that may be sites for the cleavage of mRNAs of cells. The structure of the LRV1 capsid enables the rational design of compounds targeting the putative mRNA cleavage site. Such inhibitors may be used as treatments for mucocutaneous leishmaniasis.
履歴
登録2020年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10745.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 620.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.12939958 - 0.22170044
平均 (標準偏差)0.0015629168 (±0.012472558)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-273-273-273
サイズ546546546
Spacing546546546
セルA=B=C: 580.398 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0631.0631.063
M x/y/z546546546
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z580.398580.398580.398
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-273-273-273
NC/NR/NS546546546
D min/max/mean-0.1290.2220.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Leishmania RNA virus 1 - LgM5313

全体名称: Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 (ウイルス)

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超分子 #1: Leishmania RNA virus 1 - LgM5313

超分子名称: Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Assembled particles mixed with isolated Leishmania mRNA
NCBI-ID: 1285422 / 生物種: Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Leishmania guyanensis (ガイアナリーシュマニア)
株: MHOM/BR/75/M4147
Host system生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 422.0 Å / T番号(三角分割数): 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris
1.0 mMEDTA
5.0 mMB-mebetamercaptoethanol

詳細: Supplemented with isolated mRNA from Leishmania sp.
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: blot force 3 blot time 5 wait time 10.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8000 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0005 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.0005 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 16715
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1m1c


詳細: Initial model constructed.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 9932
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 1.8 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 7000 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1m1c


Chain - Chain ID: A
詳細PDB ID: 6Y83 fits the map
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 174 / 当てはまり具合の基準: R-factor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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