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- EMDB-10626: Negative stain map of CoREST complex (LSD1:RCOR1:HDAC1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10626
タイトルNegative stain map of CoREST complex (LSD1:RCOR1:HDAC1)
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of RCOR1 with the demethylase LSD1 and the deacetylase HDAC1
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.5 Å
データ登録者Song Y / Fairall L / Ragan TJ / Savva CG / Saleh A / Morone N / Schwabe JWR
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome TrustWT100237 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Mechanism of Crosstalk between the LSD1 Demethylase and HDAC1 Deacetylase in the CoREST Complex.
著者: Yun Song / Lisbeth Dagil / Louise Fairall / Naomi Robertson / Mingxuan Wu / T J Ragan / Christos G Savva / Almutasem Saleh / Nobuhiro Morone / Micha B A Kunze / Andrew G Jamieson / Philip A ...著者: Yun Song / Lisbeth Dagil / Louise Fairall / Naomi Robertson / Mingxuan Wu / T J Ragan / Christos G Savva / Almutasem Saleh / Nobuhiro Morone / Micha B A Kunze / Andrew G Jamieson / Philip A Cole / D Flemming Hansen / John W R Schwabe /
要旨: The transcriptional corepressor complex CoREST is one of seven histone deacetylase complexes that regulate the genome through controlling chromatin acetylation. The CoREST complex is unique in ...The transcriptional corepressor complex CoREST is one of seven histone deacetylase complexes that regulate the genome through controlling chromatin acetylation. The CoREST complex is unique in containing both histone demethylase and deacetylase enzymes, LSD1 and HDAC1, held together by the RCOR1 scaffold protein. To date, it has been assumed that the enzymes function independently within the complex. Now, we report the assembly of the ternary complex. Using both structural and functional studies, we show that the activity of the two enzymes is closely coupled and that the complex can exist in at least two distinct states with different kinetics. Electron microscopy of the complex reveals a bi-lobed structure with LSD1 and HDAC1 enzymes at opposite ends of the complex. The structure of CoREST in complex with a nucleosome reveals a mode of chromatin engagement that contrasts with previous models.
履歴
登録2020年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年3月11日-
更新2020年3月11日-
現状2020年3月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.22
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.22
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10626.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10626.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.92 Å/pix.
x 224 pix.
= 430.08 Å		1.92 Å/pix.
x 224 pix.
= 430.08 Å		1.92 Å/pix.
x 224 pix.
= 430.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22 / ムービー #1: 0.22
最小 - 最大-1.4343054 - 3.8559563
平均 (標準偏差)-0.022662451 (±0.14412743)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 430.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.921.921.92
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z430.080430.080430.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-1.4343.856-0.023

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of RCOR1 with the demethylase LSD1 and the deacet...

全体名称: Ternary complex of RCOR1 with the demethylase LSD1 and the deacetylase HDAC1
要素
  • 複合体: Ternary complex of RCOR1 with the demethylase LSD1 and the deacetylase HDAC1

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超分子 #1: Ternary complex of RCOR1 with the demethylase LSD1 and the deacet...

超分子名称: Ternary complex of RCOR1 with the demethylase LSD1 and the deacetylase HDAC1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F / 組換プラスミド: pcDNA3
分子量理論値: 210 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTrisTris
50.0 mMKClpotassium chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: 5 ul of 0.01 mg/ml of the CoREST ternary complex was applied onto the grid and the excess liquid was blotted after 1 minute incubation. 2% uranyl acetate was used to stain the sample.
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 10 mA
詳細Sample was crosslinked with glutaraldehyde in 5-25% sucrose gradient and buffer exchanged to Tris buffer pH 7.5, 50 mM potassium acetate,0.5 mM TCEP.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 298.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 364 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSparc
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 2592
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

4bkx

,

2vid

)
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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