EMDB-10611: Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-10611

タイトル

Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

マップデータ

Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

試料

複合体: Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

生物種

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å

データ登録者

Krupp F / Banchenko S / Buerger J / Mielke T / Spahn CMT / Schwefel D

資金援助

ドイツ, 3件

Organization	Grant number	国
German Research Foundation (DFG)	25065445	ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)	190-2016	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	Emmy Noether Programme 280022178	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1
著者: Krupp F / Banchenko S / Buerger J / Mielke T / Spahn CMT / Schwefel D

履歴

登録	2020年1月15日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2021年1月27日	-
マップ公開	2021年1月27日	-
更新	2021年4月14日	-
現状	2021年4月14日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.018 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 0.018 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_10611.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_10611.map.gz	10.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-10611-v30.xml emd-10611.xml	8.1 KB 8.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_10611_fsc.xml	8.7 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_10611.png	61 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10611 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10611	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_10611_validation.pdf.gz	233 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_10611_full_validation.pdf.gz	232.1 KB	表示
XML形式データ	emd_10611_validation.xml.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10611 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10611	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4a0b-1 4ci1-d 4a0b-2 4ci2-d 5n6u-2 2atq-d 6wth-d 7k9s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_10611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.25 Å/pix. x 250 pix. = 312.5 Å	1.25 Å/pix. x 250 pix. = 312.5 Å	1.25 Å/pix. x 250 pix. = 312.5 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.25 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大	-0.06612629 - 0.09713697
平均 (標準偏差)	9.9168e-05 (±0.002736384)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	250	250	250
Spacing	250	250	250

セル

A=B=C: 312.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.25	1.25	1.25
M x/y/z	250	250	250
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	312.500	312.500	312.500
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	250	250	250
D min/max/mean	-0.066	0.097	0.000

-
全体 : Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

全体	名称: Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1
要素	複合体: Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

-
超分子 #1: Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

超分子	名称: Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換発現	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI POLARA 300
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.07) / 使用した粒子像数: 106747
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

-
超分子 #1: Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-試料の構成要素

-全体 : Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

-超分子 #1: Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

-
超分子 #1: Cryo-EM map of DDB1:DCAF:Vpr State 1

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)