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万見
- EMDB-10604: Map of the 80S Mouse ribosome with eEF2 and EBP1. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10604
タイトルMap of the 80S Mouse ribosome with eEF2 and EBP1.
マップデータMap of the 80S Mouse ribosome with eEF2 and EBP1.
試料
  • 複合体: Mouse 80S ribosome in complex with A and P-site tRNA and EBP1
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kraushar M / Krupp F / Sprink T / Buerger J / Mielke T / Spahn CMT
資金援助 ドイツ, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
German Research Foundation (DFG)25065445 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)5F30MH106220-02 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)190-2016 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Protein Synthesis in the Developing Neocortex at Near-Atomic Resolution Reveals Ebp1-Mediated Neuronal Proteostasis at the 60S Tunnel Exit.
著者: Matthew L Kraushar / Ferdinand Krupp / Dermot Harnett / Paul Turko / Mateusz C Ambrozkiewicz / Thiemo Sprink / Koshi Imami / Manuel Günnigmann / Ulrike Zinnall / Carlos H Vieira-Vieira / ...著者: Matthew L Kraushar / Ferdinand Krupp / Dermot Harnett / Paul Turko / Mateusz C Ambrozkiewicz / Thiemo Sprink / Koshi Imami / Manuel Günnigmann / Ulrike Zinnall / Carlos H Vieira-Vieira / Theres Schaub / Agnieszka Münster-Wandowski / Jörg Bürger / Ekaterina Borisova / Hiroshi Yamamoto / Mladen-Roko Rasin / Uwe Ohler / Dieter Beule / Thorsten Mielke / Victor Tarabykin / Markus Landthaler / Günter Kramer / Imre Vida / Matthias Selbach / Christian M T Spahn /
要旨: Protein synthesis must be finely tuned in the developing nervous system as the final essential step of gene expression. This study investigates the architecture of ribosomes from the neocortex during ...Protein synthesis must be finely tuned in the developing nervous system as the final essential step of gene expression. This study investigates the architecture of ribosomes from the neocortex during neurogenesis, revealing Ebp1 as a high-occupancy 60S peptide tunnel exit (TE) factor during protein synthesis at near-atomic resolution by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Ribosome profiling demonstrated Ebp1-60S binding is highest during start codon initiation and N-terminal peptide elongation, regulating ribosome occupancy of these codons. Membrane-targeting domains emerging from the 60S tunnel, which recruit SRP/Sec61 to the shared binding site, displace Ebp1. Ebp1 is particularly abundant in the early-born neural stem cell (NSC) lineage and regulates neuronal morphology. Ebp1 especially impacts the synthesis of membrane-targeted cell adhesion molecules (CAMs), measured by pulsed stable isotope labeling by amino acids in cell culture (pSILAC)/bioorthogonal noncanonical amino acid tagging (BONCAT) mass spectrometry (MS). Therefore, Ebp1 is a central component of protein synthesis, and the ribosome TE is a focal point of gene expression control in the molecular specification of neuronal morphology during development.
履歴
登録2020年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月27日-
マップ公開2021年1月27日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10604.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10604.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the 80S Mouse ribosome with eEF2 and EBP1.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 477.36 Å		1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 477.36 Å		1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 477.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.326 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-10.959318 - 22.086178
平均 (標準偏差)0.000519926 (±0.9063744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-180-180-180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 477.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3261.3261.326
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z477.360477.360477.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-180-180-180
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-10.95922.0860.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse 80S ribosome in complex with A and P-site tRNA and EBP1

全体名称: Mouse 80S ribosome in complex with A and P-site tRNA and EBP1
要素
  • 複合体: Mouse 80S ribosome in complex with A and P-site tRNA and EBP1

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超分子 #1: Mouse 80S ribosome in complex with A and P-site tRNA and EBP1

超分子名称: Mouse 80S ribosome in complex with A and P-site tRNA and EBP1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 31.78 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 29466
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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