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万見
- EMDB-10577: PKM2 in complex with Compound 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10577
タイトルPKM2 in complex with Compound 6
マップデータNone
試料
  • 複合体: Pyruvate Kinase M2
    • タンパク質・ペプチド: Pyruvate kinase PKM
  • リガンド: ~{N}-[3-(trifluoromethyl)-1,2-oxazol-5-yl]ethanamide
  • リガンド: 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
  • リガンド: DIMETHYL SULFOXIDE
  • リガンド: water
キーワードPKM2 / FBDD / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cilium / cellular response to insulin stimulus / extracellular vesicle / MHC class II protein complex binding / protein tyrosine kinase activity / collagen-containing extracellular matrix / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cadherin binding / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Saur M / Hartshorn MJ
引用ジャーナル: Drug Discov Today / 年: 2020
タイトル: Fragment-based drug discovery using cryo-EM.
著者: Michael Saur / Michael J Hartshorn / Jing Dong / Judith Reeks / Gabor Bunkoczi / Harren Jhoti / Pamela A Williams /
要旨: Recent advances in electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure determination have pushed the resolutions obtainable by the method into the range widely considered to be of utility for drug discovery. ...Recent advances in electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure determination have pushed the resolutions obtainable by the method into the range widely considered to be of utility for drug discovery. Here, we review the use of cryo-EM in fragment-based drug discovery (FBDD) based on in-house method development. We demonstrate not only that cryo-EM can reveal details of the molecular interactions between fragments and a protein, but also that the current reproducibility, quality, and throughput are compatible with FBDD. We exemplify this using the test system β-galactosidase (Bgal) and the oncology target pyruvate kinase 2 (PKM2).
履歴
登録2019年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年1月15日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6tti
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10577.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10577.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.5 Å/pix.
x 267 pix.
= 133.5 Å		0.5 Å/pix.
x 227 pix.
= 113.5 Å		0.5 Å/pix.
x 167 pix.
= 83.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.32997817 - 0.5291559
平均 (標準偏差)0.0030171126 (±0.038308613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ227167267
Spacing167227267
セルA: 83.5 Å / B: 113.5 Å / C: 133.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.50.50.5
M x/y/z167227267
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z83.500113.500133.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1081340
NX/NY/NZ13584349
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS167227267
D min/max/mean-0.3300.5290.003

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添付データ

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追加マップ: Relion post-process unmasked map from halfmaps which have...

ファイルemd_10577_additional_1.map
注釈Relion post-process unmasked map from halfmaps which have not been resampled after auto-refine.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: None

ファイルemd_10577_additional_2.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Relion auto-refine halfmap 1

ファイルemd_10577_half_map_1.map
注釈Relion auto-refine halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Relion auto-refine halfmap 2

ファイルemd_10577_half_map_2.map
注釈Relion auto-refine halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pyruvate Kinase M2

全体名称: Pyruvate Kinase M2
要素
  • 複合体: Pyruvate Kinase M2
    • タンパク質・ペプチド: Pyruvate kinase PKM
  • リガンド: ~{N}-[3-(trifluoromethyl)-1,2-oxazol-5-yl]ethanamide
  • リガンド: 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
  • リガンド: DIMETHYL SULFOXIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Pyruvate Kinase M2

超分子名称: Pyruvate Kinase M2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: Pyruvate kinase PKM

分子名称: Pyruvate kinase PKM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: pyruvate kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.83182 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSK PHSEAGTAFI QTQQLHAAMA DTFLEHMCRL DIDSPPITAR NTGIICTIGP ASRSVETLKE MIKSGMNVA RLNFSHGTHE YHAETIKNVR TATESFASDP ILYRPVAVAL DTKGPEIRTG LIKGSGTAEV ELKKGATLKI T LDNAYMEK ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSK PHSEAGTAFI QTQQLHAAMA DTFLEHMCRL DIDSPPITAR NTGIICTIGP ASRSVETLKE MIKSGMNVA RLNFSHGTHE YHAETIKNVR TATESFASDP ILYRPVAVAL DTKGPEIRTG LIKGSGTAEV ELKKGATLKI T LDNAYMEK CDENILWLDY KNICKVVEVG SKIYVDDGLI SLQVKQKGAD FLVTEVENGG SLGSKKGVNL PGAAVDLPAV SE KDIQDLK FGVEQDVDMV FASFIRKASD VHEVRKVLGE KGKNIKIISK IENHEGVRRF DEILEASDGI MVARGDLGIE IPA EKVFLA QKMMIGRCNR AGKPVICATQ MLESMIKKPR PTRAEGSDVA NAVLDGADCI MLSGETAKGD YPLEAVRMQH LIAR EAEAA IYHLQLFEEL RRLAPITSDP TEATAVGAVE ASFKCCSGAI IVLTKSGRSA HQVARYRPRA PIIAVTRNPQ TARQA HLYR GIFPVLCKDP VQEAWAEDVD LRVNFAMNVG KARGFFKKGD VVIVLTGWRP GSGFTNTMRV VPVP

UniProtKB: Pyruvate kinase PKM

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分子 #2: ~{N}-[3-(trifluoromethyl)-1,2-oxazol-5-yl]ethanamide

分子名称: ~{N}-[3-(trifluoromethyl)-1,2-oxazol-5-yl]ethanamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NXE
分子量理論値: 194.111 Da
Chemical component information

ChemComp-NXE:
~{N}-[3-(trifluoromethyl)-1,2-oxazol-5-yl]ethanamide

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分子 #3: 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose

分子名称: 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: FBP
分子量理論値: 340.116 Da
Chemical component information

ChemComp-FBP:
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

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分子 #4: DIMETHYL SULFOXIDE

分子名称: DIMETHYL SULFOXIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: DMS
分子量理論値: 78.133 Da
Chemical component information

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 220 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.16 mg/mL
緩衝液pH: 8.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 590 / 平均露光時間: 59.98 sec. / 平均電子線量: 65.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 288076
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: in-house X-ray structure
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.04) / 使用した粒子像数: 174554
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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