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- EMDB-10450: Endoplasmic Reticulum microsome used for Videos in (Martinez-Sanc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10450
タイトルEndoplasmic Reticulum microsome used for Videos in (Martinez-Sanchez et al., Nature Methods)
マップデータER microsome used for Videos (Martinez-Sanchez et al., Nature Methods)
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Representative tomogram of a canine pancreatic rough Endoplasmic Reticulum vesicle.
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Martinez-Sanchez A / Lucic V / Pfeffer S / Forster F
資金援助 スペイン, 1件
OrganizationGrant number国
Seneca Foundation スペイン
引用
ジャーナル: Nat Methods / 年: 2020
タイトル: Template-free detection and classification of membrane-bound complexes in cryo-electron tomograms.
著者: Antonio Martinez-Sanchez / Zdravko Kochovski / Ulrike Laugks / Johannes Meyer Zum Alten Borgloh / Saikat Chakraborty / Stefan Pfeffer / Wolfgang Baumeister / Vladan Lučić /
要旨: With faithful sample preservation and direct imaging of fully hydrated biological material, cryo-electron tomography provides an accurate representation of molecular architecture of cells. However, ...With faithful sample preservation and direct imaging of fully hydrated biological material, cryo-electron tomography provides an accurate representation of molecular architecture of cells. However, detection and precise localization of macromolecular complexes within cellular environments is aggravated by the presence of many molecular species and molecular crowding. We developed a template-free image processing procedure for accurate tracing of complex networks of densities in cryo-electron tomograms, a comprehensive and automated detection of heterogeneous membrane-bound complexes and an unsupervised classification (PySeg). Applications to intact cells and isolated endoplasmic reticulum (ER) allowed us to detect and classify small protein complexes. This classification provided sufficiently homogeneous particle sets and initial references to allow subsequent de novo subtomogram averaging. Spatial distribution analysis showed that ER complexes have different localization patterns forming nanodomains. Therefore, this procedure allows a comprehensive detection and structural analysis of complexes in situ.
#1: ジャーナル: Nature Communications / 年: 2015
タイトル: Structure of the native Sec61 protein-conducting channel
著者: Pfeffer S / Forster F
履歴
登録2019年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月11日-
マップ公開2019年12月11日-
更新2020年2月12日-
現状2020年2月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
添付画像

emd_10450.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10450.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ER microsome used for Videos (Martinez-Sanchez et al., Nature Methods)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.48 Å/pix.
x 127 pix.
= 1330.96 Å		10.48 Å/pix.
x 273 pix.
= 2861.04 Å		10.48 Å/pix.
x 285 pix.
= 2986.8 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.93009955 - 0.6026039
平均 (標準偏差)-0.00031982694 (±0.031086618)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ273285127
Spacing285273127
セルA: 2986.7998 Å / B: 2861.0398 Å / C: 1330.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z10.4810.4810.48
M x/y/z285273127
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2986.8002861.0401330.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS285273127
D min/max/mean-0.9300.603-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Representative tomogram of a canine pancreatic rough Endoplasmic ...

全体名称: Representative tomogram of a canine pancreatic rough Endoplasmic Reticulum vesicle.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Representative tomogram of a canine pancreatic rough Endoplasmic Reticulum vesicle.

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超分子 #1: Representative tomogram of a canine pancreatic rough Endoplasmic ...

超分子名称: Representative tomogram of a canine pancreatic rough Endoplasmic Reticulum vesicle.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 組織: pancreas

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.00 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHepes
50.0 mMKCl
2.0 mMMgCl2
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot 3 seconds before plunging..
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion, Wageningen, The Netherlands / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Reconstruction of a single microsome after two binning steps (from 2.62A/pixel to 10.48A/pixel)
最終 再構成ソフトウェア - 名称: PyTom / 使用した粒子像数: 61
CTF補正ソフトウェア - 名称: PyTom

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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