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- EMDB-1043: Molecular architecture of the multiprotein splicing factor SF3b. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1043
タイトルMolecular architecture of the multiprotein splicing factor SF3b.
マップデータ3D map of SF3b
試料
  • 試料: SF3b, multiprotein splicing factor
  • タンパク質・ペプチド: splicing related proteins
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.7 Å
データ登録者Golas MM / Sander B / Will CL / Luhrmann R / Stark H
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Molecular architecture of the multiprotein splicing factor SF3b.
著者: Monika M Golas / Bjoern Sander / Cindy L Will / Reinhard Lührmann / Holger Stark /
要旨: The splicing factor SF3b is a multiprotein complex essential for the accurate excision of introns from pre-messenger RNA. As an integral component of the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) ...The splicing factor SF3b is a multiprotein complex essential for the accurate excision of introns from pre-messenger RNA. As an integral component of the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) and the U11/U12 di-snRNP, SF3b is involved in the recognition of the pre-messenger RNA's branch site within the major and minor spliceosomes. We have determined the three-dimensional structure of the human SF3b complex by single-particle electron cryomicroscopy at a resolution of less than 10 angstroms, allowing identification of protein domains with known structural folds. The best fit of a modeled RNA-recognition motif indicates that the protein p14 is located in the central cavity of the complex. The 22 tandem helical repeats of the protein SF3b155 are located in the outer shell of the complex enclosing p14.
履歴
登録2003年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年4月9日-
マップ公開2005年4月9日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.029823325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.029823325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1043.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1043.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of SF3b
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 204.8 Å		1.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 204.8 Å		1.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 204.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0108 / ムービー #1: 0.0298233
最小 - 最大-0.131495 - 0.238562
平均 (標準偏差)0.0000174963 (±0.016553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 204.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.61.61.6
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z204.800204.800204.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1310.2390.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SF3b, multiprotein splicing factor

全体名称: SF3b, multiprotein splicing factor
要素
  • 試料: SF3b, multiprotein splicing factor
  • タンパク質・ペプチド: splicing related proteins

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超分子 #1000: SF3b, multiprotein splicing factor

超分子名称: SF3b, multiprotein splicing factor / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量実験値: 445 KDa / 理論値: 450 KDa / 手法: protein sequences

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分子 #1: splicing related proteins

分子名称: splicing related proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: Hela / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 450 KDa / 理論値: 445 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
詳細: 20 mM Hepes, 600 mM KCl, 1.5 mM Mg2 Cl2, 5% glycerol, 0.5 mM DTT, 0.5 mM PMSF
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The SF3b complexes were sandwiched in 2% uranyl formate between two layers of thin carbon using a perforated carbon grid as support. After 2 min at RT, the sample was frozen in liquid nitrogen.
グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: 175,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4 µm / 実像数: 37 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.15 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: side entry cryo holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細interactively
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 使用した粒子像数: 31000

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Situs, Amira
精密化温度因子: 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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