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- EMDB-10411: In situ subtomogram average of Chlamydomonas Cdc48 (C1 symmetry) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10411
タイトルIn situ subtomogram average of Chlamydomonas Cdc48 (C1 symmetry)
マップデータIn situ subtomogram average of Chlamydomonas Cdc48 (C1 symmetry)
試料
  • 複合体: Cdc48 inside native Chlamydomonas cells
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Albert S / Schaffer M / Baumeister W / Engel BD
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Direct visualization of degradation microcompartments at the ER membrane.
著者: Sahradha Albert / Wojciech Wietrzynski / Chia-Wei Lee / Miroslava Schaffer / Florian Beck / Jan M Schuller / Patrice A Salomé / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Benjamin D Engel /
要旨: To promote the biochemical reactions of life, cells can compartmentalize molecular interaction partners together within separated non-membrane-bound regions. It is unknown whether this strategy is ...To promote the biochemical reactions of life, cells can compartmentalize molecular interaction partners together within separated non-membrane-bound regions. It is unknown whether this strategy is used to facilitate protein degradation at specific locations within the cell. Leveraging in situ cryo-electron tomography to image the native molecular landscape of the unicellular alga , we discovered that the cytosolic protein degradation machinery is concentrated within ∼200-nm foci that contact specialized patches of endoplasmic reticulum (ER) membrane away from the ER-Golgi interface. These non-membrane-bound microcompartments exclude ribosomes and consist of a core of densely clustered 26S proteasomes surrounded by a loose cloud of Cdc48. Active proteasomes in the microcompartments directly engage with putative substrate at the ER membrane, a function canonically assigned to Cdc48. Live-cell fluorescence microscopy revealed that the proteasome clusters are dynamic, with frequent assembly and fusion events. We propose that the microcompartments perform ER-associated degradation, colocalizing the degradation machinery at specific ER hot spots to enable efficient protein quality control.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Direct visualization of degradation microcompartments at the ER membrane
著者: Albert S / Wietrzynski W / Lee CW / Schaffer M / Beck F / Schuller JM / Salome PA / Plitzko JM / Baumeister W / Engel BD
履歴
登録2019年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.365
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.365
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10411.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10411.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In situ subtomogram average of Chlamydomonas Cdc48 (C1 symmetry)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.42 Å/pix.
x 96 pix.
= 328.32 Å		3.42 Å/pix.
x 96 pix.
= 328.32 Å		3.42 Å/pix.
x 96 pix.
= 328.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.365 / ムービー #1: 0.365
最小 - 最大-0.23951815 - 0.7817326
平均 (標準偏差)0.008122607 (±0.07237492)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 328.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.320328.320328.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.2400.7820.008

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添付データ

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追加マップ: Raw subtomogram average before post-processing (C1 symmetry)

ファイルemd_10411_additional.map
注釈Raw subtomogram average before post-processing (C1 symmetry)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Raw subtomogram average before post-processing (C1 symmetry)

ファイルemd_10411_additional_1.map
注釈Raw subtomogram average before post-processing (C1 symmetry)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cdc48 inside native Chlamydomonas cells

全体名称: Cdc48 inside native Chlamydomonas cells
要素
  • 複合体: Cdc48 inside native Chlamydomonas cells

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超分子 #1: Cdc48 inside native Chlamydomonas cells

超分子名称: Cdc48 inside native Chlamydomonas cells / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 540 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: TAP media
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotted from the back for 10 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Bidirectional tilt scheme
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 789
抽出トモグラム数: 76 / 使用した粒子像数: 2075 / 参照モデル: Cdc48 structure filtered to 40A / 手法: Template Matching / ソフトウェア - 名称: PyTom
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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