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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10324 | |||||||||
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タイトル | IC2 head of cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex devoid of aIF1 in P. abyssi | |||||||||
マップデータ | IC2 head map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation initiation factor activity / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation initiation factor activity / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) / Escherichia coli (大腸菌) / Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Coureux P-D / Mechulam Y / Schmitt E | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM study of an archaeal 30S initiation complex gives insights into evolution of translation initiation. 著者: Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Sophie Bourcier / Yves Mechulam / Emmanuelle Schmitt / 要旨: Archaeal translation initiation occurs within a macromolecular complex containing the small ribosomal subunit (30S) bound to mRNA, initiation factors aIF1, aIF1A and the ternary complex aIF2:GDPNP: ...Archaeal translation initiation occurs within a macromolecular complex containing the small ribosomal subunit (30S) bound to mRNA, initiation factors aIF1, aIF1A and the ternary complex aIF2:GDPNP:Met-tRNA. Here, we determine the cryo-EM structure of a 30S:mRNA:aIF1A:aIF2:GTP:Met-tRNA complex from Pyrococcus abyssi at 3.2 Å resolution. It highlights archaeal features in ribosomal proteins and rRNA modifications. We find an aS21 protein, at the location of eS21 in eukaryotic ribosomes. Moreover, we identify an N-terminal extension of archaeal eL41 contacting the P site. We characterize 34 N-acetylcytidines distributed throughout 16S rRNA, likely contributing to hyperthermostability. Without aIF1, the 30S head is stabilized and initiator tRNA is tightly bound to the P site. A network of interactions involving tRNA, mRNA, rRNA modified nucleotides and C-terminal tails of uS9, uS13 and uS19 is observed. Universal features and domain-specific idiosyncrasies of translation initiation are discussed in light of ribosomal structures from representatives of each domain of life. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10324.map.gz | 125.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10324-v30.xml emd-10324.xml | 33.3 KB 33.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10324_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10324.png | 66 KB | ||
マスクデータ | emd_10324_msk_1.map | 160.8 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10324_additional.map.gz emd_10324_half_map_1.map.gz emd_10324_half_map_2.map.gz | 9.7 MB 126.5 MB 126.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10324 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10324 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10324_validation.pdf.gz | 394.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10324_full_validation.pdf.gz | 393.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10324_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10324 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10324 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10324.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | IC2 head map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10324_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: IC2 head postprocessed map
ファイル | emd_10324_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | IC2 head postprocessed map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: IC2 head half2 map
ファイル | emd_10324_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | IC2 head half2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: IC2 head half1 map
ファイル | emd_10324_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | IC2 head half1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2 head
+超分子 #1: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2 head
+超分子 #2: 30S
+超分子 #3: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
+超分子 #4: translation initiation factor 1A
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #14: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
+分子 #2: 30S ribosomal protein S7
+分子 #3: 30S ribosomal protein S9
+分子 #4: 30S ribosomal protein S10
+分子 #5: 30S ribosomal protein S13
+分子 #6: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #7: 30S ribosomal protein S17e
+分子 #8: 30S ribosomal protein S19
+分子 #9: 30S ribosomal protein S19e
+分子 #10: 30S ribosomal protein S28e
+分子 #11: 30S ribosomal protein S27ae
+分子 #12: 30S ribosomal protein S3
+分子 #13: 50S ribosomal protein L7Ae
+分子 #15: Translation initiation factor 1A
+分子 #16: MAGNESIUM ION
+分子 #17: ZINC ION
+分子 #18: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |