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- EMDB-10317: Complex III of the III2-IV(5B)1 respiratory supercomplex from S. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10317
タイトルComplex III of the III2-IV(5B)1 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
マップデータNone
試料
  • 複合体: Complex III of the III2-IV(5B)1 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 10
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Marechal A / Hartley A / Pinotsis N
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M00936X/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Rcf2 revealed in cryo-EM structures of hypoxic isoforms of mature mitochondrial III-IV supercomplexes.
著者: Andrew M Hartley / Brigitte Meunier / Nikos Pinotsis / Amandine Maréchal /
要旨: The organization of the mitochondrial electron transport chain proteins into supercomplexes (SCs) is now undisputed; however, their assembly process, or the role of differential expression isoforms, ...The organization of the mitochondrial electron transport chain proteins into supercomplexes (SCs) is now undisputed; however, their assembly process, or the role of differential expression isoforms, remain to be determined. In , cytochrome oxidase (CIV) forms SCs of varying stoichiometry with cytochrome (CIII). Recent studies have revealed, in normoxic growth conditions, an interface made exclusively by Cox5A, the only yeast respiratory protein that exists as one of two isoforms depending on oxygen levels. Here we present the cryo-EM structures of the III-IV and III-IV SCs containing the hypoxic isoform Cox5B solved at 3.4 and 2.8 Å, respectively. We show that the change of isoform does not affect SC formation or activity, and that SC stoichiometry is dictated by the level of CIII/CIV biosynthesis. Comparison of the CIV- and CIV-containing SC structures highlighted few differences, found mainly in the region of Cox5. Additional density was revealed in all SCs, independent of the CIV isoform, in a pocket formed by Cox1, Cox3, Cox12, and Cox13, away from the CIII-CIV interface. In the CIV-containing hypoxic SCs, this could be confidently assigned to the hypoxia-induced gene 1 (Hig1) type 2 protein Rcf2. With conserved residues in mammalian Hig1 proteins and Cox3/Cox12/Cox13 orthologs, we propose that Hig1 type 2 proteins are stoichiometric subunits of CIV, at least when within a III-IV SC.
履歴
登録2019年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月22日-
マップ公開2020年4月22日-
更新2020年5月13日-
現状2020年5月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10317.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10317.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 402.432 Å		1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 402.432 Å		1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 402.432 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-1.5276842 - 3.2818265
平均 (標準偏差)0.010998556 (±0.09880309)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 402.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0481.0481.048
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z402.432402.432402.432
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-1.5283.2820.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex III of the III2-IV(5B)1 respiratory supercomplex from S. ...

全体名称: Complex III of the III2-IV(5B)1 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
要素
  • 複合体: Complex III of the III2-IV(5B)1 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 10

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超分子 #1: Complex III of the III2-IV(5B)1 respiratory supercomplex from S. ...

超分子名称: Complex III of the III2-IV(5B)1 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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分子 #1: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL

分子名称: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
配列文字列: MLRTVTSKTV SNQFKRSLAT AVATPKAEVT QLSNGIVVAT EHNPSAHTAS VGVVFGSGAA NENPYNNGV SNLWKNIFLS KENSAVAAKE GLALSSNISR DFQSYIVSSL PGSTDKSLDF L NQSFIQQK ANLLSSSNFE ATKKSVLKQV QDFEENDHPN RVLEHLHSTA ...文字列:
MLRTVTSKTV SNQFKRSLAT AVATPKAEVT QLSNGIVVAT EHNPSAHTAS VGVVFGSGAA NENPYNNGV SNLWKNIFLS KENSAVAAKE GLALSSNISR DFQSYIVSSL PGSTDKSLDF L NQSFIQQK ANLLSSSNFE ATKKSVLKQV QDFEENDHPN RVLEHLHSTA FQNTPLSLPT RG TLESLEN LVVADLESFA NNHFLNSNAV VVGTGNIKHE DLVNSIESKN LSLQTGTKPV LKK KAAFLG SEVRLRDDTL PKAWISLAVE GEPVNSPNYF VAKLAAQIFG SYNAFEPASR LQGI KLLDN IQEYQLCDNF NHFSLSYKDS GLWGFSTATR NVTMIDDLIH FTLKQWNRLT ISVTD TEVE RAKSLLKLQL GQLYESGNPV NDANLLGAEV LIKGSKLSLG EAFKKIDAIT VKDVKA WAG KRLWDQDIAI AGTGQIEGLL DYMRIRSDMS MMRW

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分子 #2: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL

分子名称: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
配列文字列: MLSAARLQFA QGSVRRLTVS ARDAPTKIST LAVKVHGGSR YATKDGVAHL LNRFNFQNTN TRSALKLVR ESELLGGTFK STLDREYITL KATFLKDDLP YYVNALADVL YKTAFKPHEL T ESVLPAAR YDYAVAEQCP VKSAEDQLYA ITFRKGLGNP LLYDGVERVS ...文字列:
MLSAARLQFA QGSVRRLTVS ARDAPTKIST LAVKVHGGSR YATKDGVAHL LNRFNFQNTN TRSALKLVR ESELLGGTFK STLDREYITL KATFLKDDLP YYVNALADVL YKTAFKPHEL T ESVLPAAR YDYAVAEQCP VKSAEDQLYA ITFRKGLGNP LLYDGVERVS LQDIKDFADK VY TKENLEV SGENVVEADL KRFVDESLLS TLPAGKSLVS KSEPKFFLGE ENRVRFIGDS VAA IGIPVN KASLAQYEVL ANYLTSALSE LSGLISSAKL DKFTDGGLFT LFVRDQDSAV VSSN IKKIV ADLKKGKDLS PAINYTKLKN AVQNESVSSP IELNFDAVKD FKLGKFNYVA VGDVS NLPY LDEL

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分子 #3: CYTOCHROME B

分子名称: CYTOCHROME B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
配列文字列: MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIM RDVHNGYILR YLHANGASFF FMVMFMHMAK GLYYGSYRSP RVTLWNVGVI I FILTIATA FLGYCCVYGQ MSHWGATVIT NLFSAIPFVG NDIVSWLWGG ...文字列:
MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIM RDVHNGYILR YLHANGASFF FMVMFMHMAK GLYYGSYRSP RVTLWNVGVI I FILTIATA FLGYCCVYGQ MSHWGATVIT NLFSAIPFVG NDIVSWLWGG FSVSNPTIQR FF ALHYLVP FIIAAMVIMH LMALHIHGSS NPLGITGNLD RIPMHSYFIF KDLVTVFLFM LIL ALFVFY SPNTLGHPDN YIPGNPLVTP ASIVPEWYLL PFYAILRSIP DKLLGVITMF AAIL VLLVL PFTDRSVVRG NTFKVLSKFF FFIFVFNFVL LGQIGACHVE VPYVLMGQIA TFIYF AYFL IIVPVISTIE NVLFYIGRVN K

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分子 #4: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL

分子名称: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
配列文字列: MFSNLSKRWA QRTLSKSFYS TATGAASKSG KLTQKLVTAG VAAAGITAST LLYADSLTAE AMTAAEHGL HAPAYAWSHN GPFETFDHAS IRRGYQVYRE VCAACHSLDR VAWRTLVGVS H TNEEVRNM AEEFEYDDEP DEQGNPKKRP GKLSDYIPGP YPNEQAARAA ...文字列:
MFSNLSKRWA QRTLSKSFYS TATGAASKSG KLTQKLVTAG VAAAGITAST LLYADSLTAE AMTAAEHGL HAPAYAWSHN GPFETFDHAS IRRGYQVYRE VCAACHSLDR VAWRTLVGVS H TNEEVRNM AEEFEYDDEP DEQGNPKKRP GKLSDYIPGP YPNEQAARAA NQGALPPDLS LI VKARHGG CDYIFSLLTG YPDEPPAGVA LPPGSNYNPY FPGGSIAMAR VLFDDMVEYE DGT PATTSQ MAKDVTTFLN WCAEPEHDER KRLGLKTVII LSSLYLLSIW VKKFKWAGIK TRKF VFNPP KPRK

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分子 #5: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL

分子名称: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
配列文字列: MLGIRSSVKT CFKPMSLTSK RLISQSLLAS KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSA GAKSTVETFI SSMTATADVL AMAKVEVNLA AIPLGKNVVV KWQGKPVFIR H RTPHEIQE ANSVDMSALK DPQTDADRVK DPQWLIMLGI CTHLGCVPIG ...文字列:
MLGIRSSVKT CFKPMSLTSK RLISQSLLAS KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSA GAKSTVETFI SSMTATADVL AMAKVEVNLA AIPLGKNVVV KWQGKPVFIR H RTPHEIQE ANSVDMSALK DPQTDADRVK DPQWLIMLGI CTHLGCVPIG EAGDFGGWFC PC HGSHYDI SGRIRKGPAP LNLEIPAYEF DGDKVIVG

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分子 #6: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6

分子名称: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
配列文字列:
MGMLELVGEY WEQLKITVVP VVAAAEDDDN EQHEEKAAEG EEKEEENGDE DEDEDEDEDD DDDDDEDEE EEEEVTDQLE DLREHFKNTE EGKALVHHYE ECAERVKIQQ QQPGYADLEH K EDCVEEFF HLQHYLDTAT APRLFDKLK

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分子 #7: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7

分子名称: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
配列文字列:
MPQSFTSIAR IGDYILKSPV LSKLCVPVAN QFINLAGYKK LGLKFDDLIA EENPIMQTAL RRLPEDESY ARAYRIIRAH QTELTHHLLP RNEWIKAQED VPYLLPYILE AEAAAKEKDE L DNIEVSK

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分子 #8: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8

分子名称: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
配列文字列:
MGPPSGKTYM GWWGHMGGPK QKGITSYAVS PYAQKPLQGI FHNAVFNSFR RFKSQFLYVL IPAGIYWYW WKNGNEYNEF LYSKAGREEL ERVNV

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分子 #9: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9

分子名称: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
配列文字列:
MSFSSLYKTF FKRNAVFVGT IFAGAFVFQT VFDTAITSWY ENHNKGKLWK DVKARIAAGD GDDDDE

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分子 #10: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 10

分子名称: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288C
配列文字列:
MAYTSHLSSK TGLHFGRLSL RSLTAYAPNL MLWGGASMLG LFVFTEGWPK FQDTLYKKIP LLGPTLEDH TPPEDKPN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 microliter of sample applied to negatively glow discharged grid, blot force -10; blotting time 8.5 sec..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 56.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 73042
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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